Природа

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3181
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Природа

Сообщение Ahha » Вт ноя 03, 2020 12:55 am

С Природой не работаю, но из общекомпьютерных соображений строчка выглядит как сигнал о какой-то ошибке при записи во временный файл.
Варианты:

1) поиграться с параметром disk? (ничего конкретного посоветовать не могу, потому что не знаю, в контексте Природы "disk=40" - это мало или много?)

2) кончилось отведенное вам дисковое место на кластере? (связаться с админом/проверить настройки, если вы сам админ :) )
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1844
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Вт ноя 03, 2020 7:29 am

Вы не указали место для размещения временных файлов (path=), а по умолчанию они создаются на /tmp. Это, скорее всего, на мастер-ноде. Могу сказать, что у меня такое тоже бы не посчиталось, т.к. у нас дисковая память мастер-ноды жестко квотирована, и квота у меня всегда почти выбрана. Для больших временных файлов предназначен специальный быстрый дисковый массив, смонтированный у нас на /mnt/scratch, на других кластерах м.б. по другому.

Если на ноде достаточно оперативки, то можно временные файлы размещать в ней. При этом и считать будет немного быстрее. Например, memory=9000 disk=-14000 для 24 Гб оперативки (для вашей задачки 24 Гб должно хватить). Больше одной ноды использовать не нужно, у природы почему-то плохо с параллелизацией за пределы ноды.

KuznetsovSM
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Ср апр 04, 2018 1:13 am

Re: Природа

Сообщение KuznetsovSM » Пт ноя 06, 2020 2:41 am

Большое спасибо за ответы!
Ahha писал(а):
Вт ноя 03, 2020 12:55 am
1) поиграться с параметром disk? (ничего конкретного посоветовать не могу, потому что не знаю, в контексте Природы "disk=40" - это мало или много?)
Скорее всего, 40 ГБ может и не хватить, я ставил так и на обычном ПК - природа написала "We need 1.5 GB of memory...". Не знаю, с чем это связано. Сейчас, к сожалению, на ПК не могу выделить больше. Но попрошу побольше места на кластере, спасибо за совет!
amge писал(а):
Вт ноя 03, 2020 7:29 am
Вы не указали место для размещения временных файлов (path=), а по умолчанию они создаются на /tmp.
С этим проблем нет, если path не указано, то временные файлы создаются в той же директории, где лежит *.in файл. К слову, я попробовал и с папкой tmp - всё равно та же ошибка записи файла.
Кстати, с памятью больше, чем memory=9250 disk=-9250, всегда выскакивает такая ошибка:

Код: Выделить всё

0: malloc( цифры ) failed
где "цифры" в скобках показывают память disk в байтах. Раз уж зашла речь про это, Вы знаете, что за ошибка такая malloc failed?

Ну и насчёт параллелизации... Системы до (примерно) 105 атомов Природа считает всё уверенно (оптимизация, диполь, гессиан). Я предполагаю, что мои ошибки связаны не с этим.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3181
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Природа

Сообщение Ahha » Пт ноя 06, 2020 2:54 am

KuznetsovSM писал(а):
Пт ноя 06, 2020 2:41 am
Скорее всего, 40 ГБ может и не хватить, я ставил так и на обычном ПК - природа написала "We need 1.5 GB of memory...". Не знаю, с чем это связано.
Вероятно с тем, что ей надо 1.5 Гб памяти, а 40 Гб диска на их наличие не влияют. :)
KuznetsovSM писал(а):
Пт ноя 06, 2020 2:41 am
Раз уж зашла речь про это, Вы знаете, что за ошибка такая malloc failed?
По какой-то причине не удается зарезервировать указанный объем памяти. :dontknow: malloc - это функция такая, если интересуют подробности о ней, гугл их знает.
Последний раз редактировалось Ahha Сб ноя 07, 2020 5:30 am, всего редактировалось 4 раза.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1844
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт ноя 06, 2020 6:49 am

KuznetsovSM писал(а):
Пт ноя 06, 2020 2:41 am
если path не указано, то временные файлы создаются в той же директории, где лежит *.in файл.
Действительно, так, но только если $TMPDIR не задана. И судя по имени /tmp/tmp9633.11 из вашего первого поста, она была задана. Но в любом случае, ни /tmp, ни текущая директория - не подходящие места на кластере для больших временных файлов. На кластере, на котором я считаю, задачка с таким инпутом тоже вылетела бы.

Если хотите, кидайте координаты - попробую запустить себя, и в случае удачи будет точно известно, сколько памяти и диска требуется.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1844
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт ноя 06, 2020 7:34 am

Стоп, с последним предложением я погорячился, т.к. ни у меня, ни на сайте Лайкова нет базиса 4z.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3181
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Природа

Сообщение Ahha » Сб ноя 07, 2020 12:17 am

KuznetsovSM писал(а):
Пт ноя 06, 2020 2:41 am
Скорее всего, 40 ГБ может и не хватить
И кстати да, вы уверены, что disk=40 означает именно 40 Гигабайт? Что-то, исходя из того, что писал вам выше amge, мне сдается, что это всё же 40 Мегабайт:
amge писал(а):
Вт ноя 03, 2020 7:29 am
Например, memory=9000 disk=-14000 для 24 Гб оперативки (для вашей задачки 24 Гб должно хватить).
Я предупреждал изначально, что с Природой дела не имею, поэтому не в курсе и могу быть неправ. Просто обратите внимание на этот момент.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12185
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Сб ноя 07, 2020 5:08 am

disk=%d positive: disk space in gigabytes
negative: amount of memory in megabytes to use as disk emulation
https://monitor.hpc.umanitoba.ca/doc/Pr ... NCWiki.pdf

Для CH-молекулы 4z-bas опубликован в https://www.mdpi.com/2073-4360/12/9/2153/s1 (осторожно ссылка на скачивание pdf).
Запись меня если честно смущает плюс при копировании минусы убиваются в какие то левые символы, поэтому сюда постить небуду.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3181
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Природа

Сообщение Ahha » Сб ноя 07, 2020 5:20 am

Интересно. Именно этот мануал у меня почему-то не нагуглился, хотя я вроде по-разному пробовал. Нелогично как-то один и тот же параметр в одной и той же программе измерять в разных попугаях, ну да ладно. Возможно, на то есть причины.

Гесс'у отдельное спасибо :up: за то, что, благодаря ему, я заметил, что накосоручил настолько, что радикально покорёжился мой пост от 6 ноября.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1844
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Вс ноя 08, 2020 10:46 am

Гесс, спасибо за ссылку на 4z и за предупреждение о неправильных минусах (у меня то при копировании минусы выглядят правильно - сейчас бы сидел и думал, почему не работает :)).
Сделал себе 4z, проверил - вроде работает. Так что предложение "посчитать" вновь в силе.

Кстати, проверял OLYP/4z на С17Н36 (у этой молекулы из-за дисперсионных взаимодействий наиболее стабильная конформация не линейная, а П-образная). Заодно убедился, что у OLYP, как и у B3LYP без D3, хуже с дисперсией, чем у PBE - ножки буквы П еще более не параллельны.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1844
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Вс ноя 08, 2020 1:30 pm

Ahha писал(а):
Сб ноя 07, 2020 5:20 am
Нелогично как-то один и тот же параметр в одной и той же программе измерять в разных попугаях, ну да ладно. Возможно, на то есть причины.
memory=9000 disk=-14000
Некоторая логика м.б. в том, что то и другое - оперативная память, размер которой нельзя превышать. Сложить Мб+Мб проще, чем Мб+Гб. Других резонов я не вижу. С другой стороны, не факт, что такое "облегчение" стоит того, чтобы помнить о еще одном исключении.

Аватара пользователя
Tasha
Сообщения: 1122
Зарегистрирован: Вт дек 27, 2005 10:04 pm

Re: Природа

Сообщение Tasha » Пт июн 11, 2021 11:19 am

Любитель_Манниха писал(а):
Пн ноя 12, 2018 5:13 pm
Во-первых, нужна версия Природы, которая это поддерживает.
Во-вторых, идёте качаете цыгвин:
https://cygwin.com/setup-x86_64.exe

и в установщике выбираете (там есть поиск сверху) пакет openmpi (ставите галочку), установку дефолтных пакетов не отменяете.
Цыгвин ставится. Далее цитирую EvgeniX, только из-за того, что версия openmpi будет постарше, там нет файлов cygopen-pal-13.dll cygopen-rte-12.dll а есть ...pal40 и rte-40, берёте их.
Для запуска параллельной 64-разрядной версии нужно скачать 64-разрядную CygWin, установить базовую поставку, плюс библиотеку OpenMPI, оттуда перекачать следующие модули (больше CygWin будет не нужен):
1) cygwin1.dll
2) cyggcc_s-seh-1.dll
3) cygmpi-12.dll
4) cygopen-pal-13.dll
5) cygopen-rte-12.dll
6) orterun.exe
cygwin1.dll нужно брать именно из поставки CygWin, т.к. версии остальных DLL работают только с ней.

Чтобы не запускать из-под терминала CygWin, нужно на директорию выше, из которой запускается ПРИРОДА создать директорию dev, а внутри поддиректории shm и mqueue. (Когда библиотеки CygWin не находят установленное окружение, они считают, что корень окружения / находится на директорию выше, чем то место, откуда происходит запуск.) Если программа лежит в системных директориях, вроде C:\Program Files, то запуск нужно вести от администратора.

Сам запуск ведётся командой вида:

orterun.exe -np 2 p.exe "C:\Work\file.in" "C:\Work\file.out"
Примечание. Если у вас комп подключён через WiFi, при этом в списке устройств есть LAN-адаптер - отключите его.
Иначе тупой Openmpi будет вываливаться с ошибкой
"tcp_peer_send_blocking: send() to socket 12 failed: Transport endpoint is not connected (128)"
Столкнулась с проблемой. На дворе 2021 год, и инструкция от 2018 годе перестала работать. Операционка Win10-64.
Запускаю под cygwin64 терминалом, но выдает следующую ошибку:
2021-06-11_11-19-14.jpg
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Нельзя уйти от своей судьбы, - другими словами, нельзя уйти от неизбежных последствий своих собственных действий. Ф.Энгельс

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость