дескрипторы
дескрипторы
Здраствуйте! Прошу помощи откликнутся людям,которые имеют представление и работал с молекулярными дескрипторами. Имеется набор дескрипторов(описынных ниже), расчитанных программой DRAGON (http://www.talete.mi.it/)). Произведен их перевод онлайн-переводчиком. Собственно вопрос. Какие из них можно отнести к тем, которые влияют на физ.активность веществ. И второе, если не затруднит подкорректируйте мне их перевод. Один из них непосредственно завязан на активность (ALogp).
1.Дескрипторы группы "молекулярные свойства"
а.ALogp- Chose Grippen octanol-water partition coeff.(Коэффициент распределения вещества в системе октанол- вода)
2.Дескрипторы группы RDF(Radial Distribution function)
а.RDF(цифровое значение)u - Radial Distribution function/unweighted (радиальная функция распределения/невзвешенный)
б.RDF(цифровое значение)v -Radial Distribution function/weighted by atomic van der Waals volume (радиальная функция распределения/ взвешенный по атомным ван дер вальсовским объемам
в.RDF(цифровое значение)p -Radial Distribution function/weighted by atomic polarizabilities (радиальная функция распределения/ взвешенный по атомной поляризуемости
3. Дескрипторы группы 3-d morse(3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction)
а.Mor(цифровое значение)u- 3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction descriptors/unweighted (3х мерное представление структуры мoлекулы основанное на электронных дескрипторах(описателях) дифракции/невзвешенный)
б.Mor(цифровое значение)v- 3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction descriptors/weighted by atomic van der Waals volume (3х мерное представление структуры мoлекулы основанное на электронных дескрипторах(описателях) дифракции/взвешенный по атомным ван дер вальсовским объемам
в.Mor(цифровое значение)e- 3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction descriptors/weighted by atomic Sanderson electronegativities (3х мерное представление структуры мoлекулы основанное на электронных дескрипторах(описателях) дифракции/взвешенный по атомной электроотрицательности Сандерсона)
г.Mor(цифровое значение)p- 3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction descriptors/weighted by atomic polarizabilities (3х мерное представление структуры мoлекулы основанное на электронных дескрипторах(описателях) дифракции/взвешенный по атомной поляризуемости)
4.дескрипторы группы WHIM(Weighted Holistic Invariant Molecular)-взвешенные целостные инвариантные молекулярные дескрипторы(описатели)
а.E2u- 2nd component accessibility directional WHIM index/unweighted (Второй компонент доступности направленных взвешенных целостных инвариантных молекулярных индексов/невзвешенные)
б.P2v- 2nd component shape directional WHIM index/weighted by atomic van der Waals volume(Второй компонент направленной формы взвешенных целостных инвариантных молекулярных индексов/взвешенный по атомным ван дер вальсовским объемам )
в.E2e- 2nd component accessibility directional WHIM index/weighted by atomic Sanderson electronegativities (Второй компонент доступности направленных взвешенных целостных инвариантных молекулярных индексов/взвешенный по атомной электроотрицательности Сандерсона)
г.P2p- 2nd component shape directional WHIM index/weighted by atomic polarizabilities (Второй компонент направленной формы взвешенных целостных инвариантных молекулярных индексов/взвешенный по атомной поляризуемости)
5.дескрипторы группы GeTAWAY
a.Hats(цифровое значение)u-leverage-weighted autocorrelation of lag/unweighted(использовать взвешенный автокорреляции отставание/невзвешенный)
Буду рад любой помощи. Спасибо!!!
1.Дескрипторы группы "молекулярные свойства"
а.ALogp- Chose Grippen octanol-water partition coeff.(Коэффициент распределения вещества в системе октанол- вода)
2.Дескрипторы группы RDF(Radial Distribution function)
а.RDF(цифровое значение)u - Radial Distribution function/unweighted (радиальная функция распределения/невзвешенный)
б.RDF(цифровое значение)v -Radial Distribution function/weighted by atomic van der Waals volume (радиальная функция распределения/ взвешенный по атомным ван дер вальсовским объемам
в.RDF(цифровое значение)p -Radial Distribution function/weighted by atomic polarizabilities (радиальная функция распределения/ взвешенный по атомной поляризуемости
3. Дескрипторы группы 3-d morse(3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction)
а.Mor(цифровое значение)u- 3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction descriptors/unweighted (3х мерное представление структуры мoлекулы основанное на электронных дескрипторах(описателях) дифракции/невзвешенный)
б.Mor(цифровое значение)v- 3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction descriptors/weighted by atomic van der Waals volume (3х мерное представление структуры мoлекулы основанное на электронных дескрипторах(описателях) дифракции/взвешенный по атомным ван дер вальсовским объемам
в.Mor(цифровое значение)e- 3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction descriptors/weighted by atomic Sanderson electronegativities (3х мерное представление структуры мoлекулы основанное на электронных дескрипторах(описателях) дифракции/взвешенный по атомной электроотрицательности Сандерсона)
г.Mor(цифровое значение)p- 3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction descriptors/weighted by atomic polarizabilities (3х мерное представление структуры мoлекулы основанное на электронных дескрипторах(описателях) дифракции/взвешенный по атомной поляризуемости)
4.дескрипторы группы WHIM(Weighted Holistic Invariant Molecular)-взвешенные целостные инвариантные молекулярные дескрипторы(описатели)
а.E2u- 2nd component accessibility directional WHIM index/unweighted (Второй компонент доступности направленных взвешенных целостных инвариантных молекулярных индексов/невзвешенные)
б.P2v- 2nd component shape directional WHIM index/weighted by atomic van der Waals volume(Второй компонент направленной формы взвешенных целостных инвариантных молекулярных индексов/взвешенный по атомным ван дер вальсовским объемам )
в.E2e- 2nd component accessibility directional WHIM index/weighted by atomic Sanderson electronegativities (Второй компонент доступности направленных взвешенных целостных инвариантных молекулярных индексов/взвешенный по атомной электроотрицательности Сандерсона)
г.P2p- 2nd component shape directional WHIM index/weighted by atomic polarizabilities (Второй компонент направленной формы взвешенных целостных инвариантных молекулярных индексов/взвешенный по атомной поляризуемости)
5.дескрипторы группы GeTAWAY
a.Hats(цифровое значение)u-leverage-weighted autocorrelation of lag/unweighted(использовать взвешенный автокорреляции отставание/невзвешенный)
Буду рад любой помощи. Спасибо!!!
Re: дескрипторы
Дескрипторы не влияют на физ. активность (что это, кстати, такое?).
Перевод названий дескрипторов на форуме обсуждался, поищите.
Перевод названий дескрипторов на форуме обсуждался, поищите.
Re: дескрипторы
их значение может указывать на активность(рост того или иного значения влияет на паказатели активности вещества) а перевод про который вы говорите только букварем схож с моими дескрипторами. книга handbook of descriptors написана научным языком и очень сложна к восприятию
Re: дескрипторы
Читайте про отбор дескрипторов. Их значение не может указывать на активность. Ваша постановка задачи некорректна.dmigunin писал(а):их значение может указывать на активность(рост того или иного значения влияет на паказатели активности вещества)
Это не ваши дескрипторы, а стандартные дескрипторы DRAGON. Если вам трудно из грамматически несогласованного перевода сделать согласованный, вам не следует заниматься переводом.dmigunin писал(а):а перевод про который вы говорите только букварем схож с моими дескрипторами.
Очень хорошая и простая книга. Вы пытаетесь украсить статью QS(A/P)R-ом, в нём не разбираясь? Лучше не позорьтесь и обратитесь к людям, которые разбираются.dmigunin писал(а):книга handbook of descriptors написана научным языком и очень сложна к восприятию
Re: дескрипторы
Причем здесь украсить? Вы не правы. Да согласен что в английском слаб. В школе учил немецкий (поэтому и указывал что переводил с помощью онлайн переводчика). А что касается QSAR я просмотрел определенное количество источников и не пришел к конкретному выводу какие из них можно выделть при построении выше указанной модели. Поэтому и обратился к умным людям. А оскорблять не надо.
Re: дескрипторы
В вашем вопросе нет постановки задачи. Непонятно, зачем вы роетесь в дескрипторах, непонятно, зачем взялись за дрэгон, непонятно, что и с какой целью пытаетесь моделировать.dmigunin писал(а):Причем здесь украсить? Вы не правы.
Я про ваше владение русским.dmigunin писал(а):Да согласен что в английском слаб. В школе учил немецкий (поэтому и указывал что переводил с помощью онлайн переводчика).
Любые, которые коррелируют. Поэтому я и советую вам читать про отбор дескрипторов. Из общих соображений выбрать хороший дескриптор нельзя, там работает голая статистика.dmigunin писал(а):А что касается QSAR я просмотрел определенное количество источников и не пришел к конкретному выводу какие из них можно выделть при построении выше указанной модели.
Re: дескрипторы
Я выполнил корреляцию. Те у которых значения были выше 0.9 были отобраны.
Re: дескрипторы
Как проверяли? Значения чего? Корреляцию чего с чем? Сколько дескрипторов использовали? Сколько соединений в обучающей выборке? Во внутреннем контроле? Во внешнем контроле? Какое свойство предсказывали? Насколько точны исходные данные? Делали ли бутстреппинг? Делаете ли модель описательную либо прогностическую? Каково химическое разнообразие изучаемых соединений?
- Vanya Ivanov
- Сообщения: 1767
- Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm
Re: дескрипторы
Поделитесь, пожалуйста, инфой - как считать "Загребский индекс".
Re: дескрипторы
Vanya Ivanov писал(а):Поделитесь, пожалуйста, инфой - как считать "Загребский индекс".
http://cdelib.sourceforge.net/doc/descr ... dices.html
http://www.schrodinger.com/kb/1439
- Vanya Ivanov
- Сообщения: 1767
- Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm
Re: дескрипторы
Спасибо за инфу!
Т.е. первый загребский индекс - суммируют для разнотипных вершин произведения "степень" вершины и квадрата количества этих вершин.
таким образом, первый загребский индекс 3-метил-1,2,3,4-тетрагидро-хинолина должен быть:
М=(1)^2*1+(7)^2*2+(3)^2*3=126
Это правильно?
Но со вторым загребским индексом - я что то не понял совсем.
Т.е. первый загребский индекс - суммируют для разнотипных вершин произведения "степень" вершины и квадрата количества этих вершин.
таким образом, первый загребский индекс 3-метил-1,2,3,4-тетрагидро-хинолина должен быть:
М=(1)^2*1+(7)^2*2+(3)^2*3=126
Это правильно?
Но со вторым загребским индексом - я что то не понял совсем.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей