дескрипторы

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Ответить
Аватара пользователя
dmigunin
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср мар 03, 2010 9:04 pm

дескрипторы

Сообщение dmigunin » Вт июн 21, 2011 8:43 pm

Здраствуйте! Прошу помощи откликнутся людям,которые имеют представление и работал с молекулярными дескрипторами. Имеется набор дескрипторов(описынных ниже), расчитанных программой DRAGON (http://www.talete.mi.it/)). Произведен их перевод онлайн-переводчиком. Собственно вопрос. Какие из них можно отнести к тем, которые влияют на физ.активность веществ. И второе, если не затруднит подкорректируйте мне их перевод. Один из них непосредственно завязан на активность (ALogp).
1.Дескрипторы группы "молекулярные свойства"
а.ALogp- Chose Grippen octanol-water partition coeff.(Коэффициент распределения вещества в системе октанол- вода)

2.Дескрипторы группы RDF(Radial Distribution function)
а.RDF(цифровое значение)u - Radial Distribution function/unweighted (радиальная функция распределения/невзвешенный)
б.RDF(цифровое значение)v -Radial Distribution function/weighted by atomic van der Waals volume (радиальная функция распределения/ взвешенный по атомным ван дер вальсовским объемам
в.RDF(цифровое значение)p -Radial Distribution function/weighted by atomic polarizabilities (радиальная функция распределения/ взвешенный по атомной поляризуемости

3. Дескрипторы группы 3-d morse(3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction)
а.Mor(цифровое значение)u- 3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction descriptors/unweighted (3х мерное представление структуры мoлекулы основанное на электронных дескрипторах(описателях) дифракции/невзвешенный)
б.Mor(цифровое значение)v- 3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction descriptors/weighted by atomic van der Waals volume (3х мерное представление структуры мoлекулы основанное на электронных дескрипторах(описателях) дифракции/взвешенный по атомным ван дер вальсовским объемам
в.Mor(цифровое значение)e- 3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction descriptors/weighted by atomic Sanderson electronegativities (3х мерное представление структуры мoлекулы основанное на электронных дескрипторах(описателях) дифракции/взвешенный по атомной электроотрицательности Сандерсона)
г.Mor(цифровое значение)p- 3-d Reprezentation of structure based on Electron Difraction descriptors/weighted by atomic polarizabilities (3х мерное представление структуры мoлекулы основанное на электронных дескрипторах(описателях) дифракции/взвешенный по атомной поляризуемости)

4.дескрипторы группы WHIM(Weighted Holistic Invariant Molecular)-взвешенные целостные инвариантные молекулярные дескрипторы(описатели)
а.E2u- 2nd component accessibility directional WHIM index/unweighted (Второй компонент доступности направленных взвешенных целостных инвариантных молекулярных индексов/невзвешенные)
б.P2v- 2nd component shape directional WHIM index/weighted by atomic van der Waals volume(Второй компонент направленной формы взвешенных целостных инвариантных молекулярных индексов/взвешенный по атомным ван дер вальсовским объемам )
в.E2e- 2nd component accessibility directional WHIM index/weighted by atomic Sanderson electronegativities (Второй компонент доступности направленных взвешенных целостных инвариантных молекулярных индексов/взвешенный по атомной электроотрицательности Сандерсона)
г.P2p- 2nd component shape directional WHIM index/weighted by atomic polarizabilities (Второй компонент направленной формы взвешенных целостных инвариантных молекулярных индексов/взвешенный по атомной поляризуемости)

5.дескрипторы группы GeTAWAY
a.Hats(цифровое значение)u-leverage-weighted autocorrelation of lag/unweighted(использовать взвешенный автокорреляции отставание/невзвешенный)
Буду рад любой помощи. Спасибо!!!

Marxist

Re: дескрипторы

Сообщение Marxist » Вт июн 21, 2011 9:09 pm

Дескрипторы не влияют на физ. активность (что это, кстати, такое?).

Перевод названий дескрипторов на форуме обсуждался, поищите.

Аватара пользователя
dmigunin
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср мар 03, 2010 9:04 pm

Re: дескрипторы

Сообщение dmigunin » Вт июн 21, 2011 9:32 pm

их значение может указывать на активность(рост того или иного значения влияет на паказатели активности вещества) а перевод про который вы говорите только букварем схож с моими дескрипторами. книга handbook of descriptors написана научным языком и очень сложна к восприятию

Marxist

Re: дескрипторы

Сообщение Marxist » Вт июн 21, 2011 10:16 pm

dmigunin писал(а):их значение может указывать на активность(рост того или иного значения влияет на паказатели активности вещества)
Читайте про отбор дескрипторов. Их значение не может указывать на активность. Ваша постановка задачи некорректна.
dmigunin писал(а):а перевод про который вы говорите только букварем схож с моими дескрипторами.
Это не ваши дескрипторы, а стандартные дескрипторы DRAGON. Если вам трудно из грамматически несогласованного перевода сделать согласованный, вам не следует заниматься переводом.
dmigunin писал(а):книга handbook of descriptors написана научным языком и очень сложна к восприятию
Очень хорошая и простая книга. Вы пытаетесь украсить статью QS(A/P)R-ом, в нём не разбираясь? Лучше не позорьтесь и обратитесь к людям, которые разбираются.

Аватара пользователя
dmigunin
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср мар 03, 2010 9:04 pm

Re: дескрипторы

Сообщение dmigunin » Вт июн 21, 2011 11:36 pm

Причем здесь украсить? Вы не правы. Да согласен что в английском слаб. В школе учил немецкий (поэтому и указывал что переводил с помощью онлайн переводчика). А что касается QSAR я просмотрел определенное количество источников и не пришел к конкретному выводу какие из них можно выделть при построении выше указанной модели. Поэтому и обратился к умным людям. А оскорблять не надо.

Marxist

Re: дескрипторы

Сообщение Marxist » Вт июн 21, 2011 11:43 pm

dmigunin писал(а):Причем здесь украсить? Вы не правы.
В вашем вопросе нет постановки задачи. Непонятно, зачем вы роетесь в дескрипторах, непонятно, зачем взялись за дрэгон, непонятно, что и с какой целью пытаетесь моделировать.
dmigunin писал(а):Да согласен что в английском слаб. В школе учил немецкий (поэтому и указывал что переводил с помощью онлайн переводчика).
Я про ваше владение русским.
dmigunin писал(а):А что касается QSAR я просмотрел определенное количество источников и не пришел к конкретному выводу какие из них можно выделть при построении выше указанной модели.
Любые, которые коррелируют. Поэтому я и советую вам читать про отбор дескрипторов. Из общих соображений выбрать хороший дескриптор нельзя, там работает голая статистика.

Аватара пользователя
dmigunin
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср мар 03, 2010 9:04 pm

Re: дескрипторы

Сообщение dmigunin » Вт июн 21, 2011 11:47 pm

Я выполнил корреляцию. Те у которых значения были выше 0.9 были отобраны.

Marxist

Re: дескрипторы

Сообщение Marxist » Вт июн 21, 2011 11:59 pm

Как проверяли? Значения чего? Корреляцию чего с чем? Сколько дескрипторов использовали? Сколько соединений в обучающей выборке? Во внутреннем контроле? Во внешнем контроле? Какое свойство предсказывали? Насколько точны исходные данные? Делали ли бутстреппинг? Делаете ли модель описательную либо прогностическую? Каково химическое разнообразие изучаемых соединений?

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1767
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: дескрипторы

Сообщение Vanya Ivanov » Чт окт 06, 2011 2:26 pm

Поделитесь, пожалуйста, инфой - как считать "Загребский индекс".

Аватара пользователя
MOL2nik
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Пт май 30, 2008 3:54 pm

Re: дескрипторы

Сообщение MOL2nik » Пн ноя 14, 2011 11:38 pm

Vanya Ivanov писал(а):Поделитесь, пожалуйста, инфой - как считать "Загребский индекс".

http://cdelib.sourceforge.net/doc/descr ... dices.html

http://www.schrodinger.com/kb/1439

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1767
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: дескрипторы

Сообщение Vanya Ivanov » Чт ноя 17, 2011 11:25 am

Спасибо за инфу!
1.JPG
Т.е. первый загребский индекс - суммируют для разнотипных вершин произведения "степень" вершины и квадрата количества этих вершин.
таким образом, первый загребский индекс 3-метил-1,2,3,4-тетрагидро-хинолина должен быть:

М=(1)^2*1+(7)^2*2+(3)^2*3=126

Это правильно?

Но со вторым загребским индексом - я что то не понял совсем.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей