Фибрилла коллагена

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Аватара пользователя
howrip
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб мар 19, 2011 11:50 am

Фибрилла коллагена

Сообщение howrip » Сб мар 19, 2011 12:40 pm

Ищу современные детальные сведения о структуре коллагеновой фибриллы (от1985 до 2011). Кто знает, пожалуйста, посоветуйте.

Относительно имеющихся пространственных моделей, предлагаемых принципов самосборки

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12650
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение avor » Сб мар 19, 2011 9:35 pm

тут не пробовали смотреть?
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure?term=collagen

Аватара пользователя
howrip
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб мар 19, 2011 11:50 am

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение howrip » Вт мар 22, 2011 10:55 am

Спасибо, большое

Аватара пользователя
howrip
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб мар 19, 2011 11:50 am

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение howrip » Вт мар 22, 2011 11:13 am

Не нашел четвертичных структур

Marxist

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение Marxist » Вт мар 22, 2011 12:25 pm

А они есть? Посмотрите работы по динамике коллагена

Аватара пользователя
howrip
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб мар 19, 2011 11:50 am

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение howrip » Вт мар 22, 2011 1:05 pm

? четвертичные структуры?
- фибрилла вроде является таковой)

Marxist

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение Marxist » Вт мар 22, 2011 1:06 pm

Так вы biologic unit восстановите, возможно, она по симметрии получается. И посмотрите работы по молдинамике и моделированию структуры коллагена

Аватара пользователя
howrip
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб мар 19, 2011 11:50 am

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение howrip » Вт мар 22, 2011 1:12 pm

Работ много, встречал до 1985 - моделирование. Противоречивое

Дальше тольк диагностика структур разн методами.
Моделинг подробный трехцепочной суперспирали, в ПДБ.

А вот большего агрегата что-то не нашел геом моделей

Marxist

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение Marxist » Вт мар 22, 2011 1:34 pm

howrip писал(а):Работ много, встречал до 1985 - моделирование. Противоречивое
Вот не верю, что после 1985 не моделировали. Туманян этим и сейчас занимается.
howrip писал(а):А вот большего агрегата что-то не нашел геом моделей
А куда вам больше? Разве это не фибрилла? Вы вообще размер системы себе представляете?

Аватара пользователя
howrip
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб мар 19, 2011 11:50 am

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение howrip » Вт мар 22, 2011 1:46 pm

Размер системы представляю, сам пробовал в условиях матлаба, тысяч 20-40 на два продольных периода получается макромолекул от (1,5 нм до 50 нм).

Но так как это не профессионально, поэтому интересуюсь правильными путями моделирования

Аватара пользователя
howrip
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб мар 19, 2011 11:50 am

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение howrip » Вт мар 22, 2011 1:48 pm

нет, это не фибрилла.

Иногда называют - протофибриллой, макромолекулой, тропоколлагеном

Marxist

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение Marxist » Вт мар 22, 2011 1:50 pm

Правильно -- с крупнозернистыми силовыми полями при таких размерах. Да и диапазон размеров у вас какой-то безбожный, 15 ангстрем -- совсем не то же, что 500. При этом длина должна быть значительно больше толщины.

Аватара пользователя
howrip
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб мар 19, 2011 11:50 am

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение howrip » Вт мар 22, 2011 2:02 pm

Видел автореф. Филатова И.В. под рук. Туманяна В.Г. - стереохимия коллагеновой макромолекулы.

А интересует как раз между стереохимией и моделью пористых тел))

Аватара пользователя
howrip
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб мар 19, 2011 11:50 am

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение howrip » Вт мар 22, 2011 2:05 pm

Случайно не видели молекулярных моделей кератинов?

Не смог найти в рекомендованном архиве (2 сообщение)

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12650
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение avor » Вт мар 22, 2011 4:30 pm

howrip писал(а):Случайно не видели молекулярных моделей кератинов?

Не смог найти в рекомендованном архиве (2 сообщение)
Есть не кератины, а промежуточные филаменты. Поищите по фамилии Strelkov

Аватара пользователя
howrip
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб мар 19, 2011 11:50 am

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение howrip » Чт мар 24, 2011 11:53 am

Очень извиняюсь за идиотизм.
Вот страница кератина
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/P04264.6

Я не могу из нее *.pdb или *.cn3 получить?
Или совсем что-то нето говорю? :issue:

Marxist

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение Marxist » Чт мар 24, 2011 2:34 pm

howrip писал(а):Я не могу из нее *.pdb или *.cn3 получить?
http://pdb.org

Аватара пользователя
howrip
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб мар 19, 2011 11:50 am

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение howrip » Чт мар 24, 2011 4:11 pm

Спасибо :shuffle: всем большое

нашел димерную модель кератина кое-как из 8 фрагментов (Словения).

Но на осн. вопрос так нет ответа "фибрилла коллагена" :D или чтот нето спрашиваю

Аватара пользователя
howrip
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб мар 19, 2011 11:50 am

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение howrip » Чт мар 24, 2011 4:15 pm

:D А как на ПДБ авторов ссылаться? Можно пример..

У меня Stojan J

Marxist

Re: Фибрилла коллагена

Сообщение Marxist » Чт мар 24, 2011 4:31 pm

Так там же ссылка на статью есть. Если нет -- по дои. И обязательно упоминать код.

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя