Изомеры белков

[Polar]

Подскажите пожалуйста какие-нибудь белки-изомеры с соответсвующими качественными реакциями для определния каждого из них. Чем больше молекулярная масса, тем лучше.

[Iskander]

Берём любой фермент. Легонько его кипятим. При этом он вусмерть денатурирует и теряет активность.

Вот и имеем 2 изомера: активный белок и денатурированный.
Один даёт реакцию с субстратом, второй нет.

[Polar]

Спасибо, метод хороший. А можно что-нибудь помягче, без денатурации?

[avor]

Спасибо, метод хороший. А можно что-нибудь помягче, без денатурации?

А все же что вы имеете в ввиду под изомерами белков.

И что такое качественная реакция на белок.

Вообще идентификация какого-либо белка может вылится в исследование достойное защиты докторской или кандидатской диссертации, если конечно это не тривиальщина какая.

[Polar]

По-поводу изомеров: нужна пара молекул, отличающися положением нескольких групп(собственно это подходит под определение изомеров). Важно что-бы эти положения были устойчивыми. Для примера: резорцин и гидрохинон - устойчивые изомеры. Алильная перегруппировка (часто обратима) - пример неустойчивых изомеров.
Здесь устойчивость - скорее физический термин.
Вот и хочется что-то аналогичное найти и у белков.
А качественые реакции - метод отличить один из белков от его изомера(в указанном выше смысле). Т.е. пусть в пробирке есть известный белок А, во второй пробирке его известный изомер В. Реакция(метод) должна позволять определить, имеется ли в пробирке с А примесь В и наоборот, имеется ли в В примесь А.

[avor]

По-поводу изомеров: нужна пара молекул, отличающися положением нескольких групп(собственно это подходит под определение изомеров). Важно что-бы эти положения были устойчивыми. Для примера: резорцин и гидрохинон - устойчивые изомеры. Алильная перегруппировка (часто обратима) - пример неустойчивых изомеров.
Здесь устойчивость - скорее физический термин.
Вот и хочется что-то аналогичное найти и у белков.
А качественые реакции - метод отличить один из белков от его изомера(в указанном выше смысле). Т.е. пусть в пробирке есть известный белок А, во второй пробирке его известный изомер В. Реакция(метод) должна позволять определить, имеется ли в пробирке с А примесь В и наоборот, имеется ли в В примесь А.

Угу! Заява: В таком понимании белковых изомеров в природе не существует.

Объясняю почему. Белки есть продукт жизнедеятельности, и в рамках своего существования они имеют такую характеристику, как Функция. Те Белки синтезируются организмами с какой-то утилитарной целью(задачей) , которую призваны исполнять. Да! чиста химически, эти самые белки представляют определенную последовательность аминокислот(из набора 20 наиболее употребимых). В принципе можно представить себе два белка имеющих совершенно одинаковое число элементарных пептидных звеньев и при этом разную аминокислотную последовательность(те порядок следования аминокислот друг за другом), однако в природе такового практически не встречается ибо размер и аминокислотная последовательность есть результат отбора и приспособляемости данного конкретного организма в данных конкретных условиях. Поэтому даже очень важные ключевые белки выполняющие одни и теже ключевые функции в разных организмах отличаются, как по длине цепи, так и по последовательности аминокислот. Что же касается белков выполняющих совершенно разные функции, но имеющие абсолютно одинаковую длинну и совершенно различные последовательности аминокислот, но при этом совершенно идентичный аминокислотный состав. (Те число каждой из 20 аминокислот входящей в цепь этих белков должно совпадать), то вероятность такого совпадения представоляется крайне маловероятной.

Тем не менее если вы этого очень хотите. Генбанк является общедоступной базой данных и вы можете поискать среди известных науке белков, тн "изомеры", написав соответствующий софт

Что касается качественной реакции на белки "изомеры". То на мой взгляд самым простым способом для их выявления будет использование протеолитических ферментов. Такие ферменты обладают известной специфичностью. Те гидролиз аминокислотной цепи происходит не случайным образом, а в месте с определенным сочетанием аминокислот. Так как последовательность АК в "изомерах" отличается, то протеолиз даст разные размеры гидролизовавшихся пептидов. Эту разницу потом можно будет обнаружить. Кроме ферментативных способов существуют и химические способы специфичного гидролиза пептидных цепей. Так например, с помощью обработки бромистым цианом, пептидную цепь разрушают только в тех местах, где в цепи встречается аминокислота метионин.

[Polychemist]

По-поводу изомеров: нужна пара молекул, отличающися положением нескольких групп(собственно это подходит под определение изомеров). Важно что-бы эти положения были устойчивыми. Для примера: резорцин и гидрохинон - устойчивые изомеры. Алильная перегруппировка (часто обратима) - пример неустойчивых изомеров.
Здесь устойчивость - скорее физический термин.
Вот и хочется что-то аналогичное найти и у белков.
А качественые реакции - метод отличить один из белков от его изомера(в указанном выше смысле). Т.е. пусть в пробирке есть известный белок А, во второй пробирке его известный изомер В. Реакция(метод) должна позволять определить, имеется ли в пробирке с А примесь В и наоборот, имеется ли в В примесь А.

Если есть деньги - закажите кому-нибудь пару полипептидов (5-10-20...) аминокислот, перетасовав их как надо. Анализ - HPLC.

[Iskander]

Эх, гулять так гулять
Берём ген, кодирующий какой-либо белок. Готовим (не спрашивайте как) его мутант, который будет кодировать тот же белок, но с разницей в 1 аминокислоту. Опять же, необходимо чтобы белок проявлял ферментную активность, иначе мы его не обнаружим.

Берём белок, вешаем на него, скажем, ПЭГ. Снова имеем два белка, но со слегка разными свойствами.

При биосинтезе белка используем тяжёлую воду. (Такие опыты проводились. Сперва все бактерии дохли, но потом приобрели устойчивость). Имеем "изотопные" изомеры.

Короче, вот Вам "мозговой штурм".

Творите, выдумывайте, пробуйте.

[avor]

Эх, гулять так гулять
Берём ген, кодирующий какой-либо белок. Готовим (не спрашивайте как) его мутант, который будет кодировать тот же белок, но с разницей в 1 аминокислоту. Опять же, необходимо чтобы белок проявлял ферментную активность, иначе мы его не обнаружим.

Берём белок, вешаем на него, скажем, ПЭГ. Снова имеем два белка, но со слегка разными свойствами.

При биосинтезе белка используем тяжёлую воду. (Такие опыты проводились. Сперва все бактерии дохли, но потом приобрели устойчивость). Имеем "изотопные" изомеры.

Короче, вот Вам "мозговой штурм".

Творите, выдумывайте, пробуйте.

--который будет кодировать тот же белок, но с разницей в 1 аминокислоту

Вигвам, это будет не изомер в понимании polar'a

Что бы был изомер надо поменять местами хотябы 2 аминокислоты, но они обе должны остаться в составе белка.

---Опять же, необходимо чтобы белок проявлял ферментную активность, иначе мы его не обнаружим.

Вовсе не обязательно(изменение массы можно засечь на масспеке(MALDI), к тому же, если замена(делеция) произошла далеко от активного центра фермента это вооще может не сказаться на активности.

---Берём белок, вешаем на него, скажем, ПЭГ. Снова имеем два белка, но со слегка разными свойствами.

Опять тоже это не изомеры. Второго монстра я не рискнул бы назвать белком, к томуже их свойства могут оказаться разными весьма не слегка.

[Walter Simons]

Изомеры белка? не знаю, но вроде при замене аминокислот просто получается другой белок. А изомером можно считать белок у которого структура не линейная, такая ==>--- а не -------. Хотя в природе такие не существуют. Но какми свойствами могли бы обладать такие и.белки?

[eukar]

Изомеры белка? не знаю, но вроде при замене аминокислот просто получается другой белок. А изомером можно считать белок у которого структура не линейная, такая ==>--- а не -------. Хотя в природе такие не существуют. Но какми свойствами могли бы обладать такие и.белки?

Чего???

[Walter Simons]

Чего???

Ну, одна из аминокислот измененная и содержит радикал, к которому модет пристроиться еще одна цепочка аминокислот, как вилка!

[Marxist]

Sorry, но это не изомеры, это хрень какая-то. Скорее разумно предположить, что изомеры отличаются фолдингом или порядком ак.

[Walter Simons]

Sorry, но это не изомеры, это хрень какая-то. Скорее разумно предположить, что изомеры отличаются фолдингом или порядком ак.

х.з. зачем мессаджи стирать?

Ну хотя бы от радикалов Asp, Glu и Lys брали начало новые пептидные цепи. тогда, возможно, при меньших затратах АК достигалась таже функция.

[Marxist]

Ну это уже чистая синтетика. Типа отдельный раздел химии полимеров. eukar, наверно, больше знает о том, делают ли такую радость и зачем она может кому-то понадобиться. Но биологический смысл в них вряд ли есть.

[ИСН]

Не полимеров ни разу. No way. ХПС или энзимологии.

[Marxist]

Не полимеров ни разу. No way. ХПС или энзимологии.

Вот им-то это нах не надо, подозреваю.

[Walter Simons]

Ну это уже чистая синтетика. Типа отдельный раздел химии полимеров. eukar, наверно, больше знает о том, делают ли такую радость и зачем она может кому-то понадобиться. Но биологический смысл в них вряд ли есть.

Зато, есть смысл научный! http://walter-simons.livejournal.com/37609.html