Виртуальный скрининг

[propellane]

Господа, подскажите пожалуйста программы, которые проверяют соединение на биологическую активность, причем я так понял есть два подхода, 1ый от уже известных биологически активных веществ (2D и 3D скриннинг) и от сайта к лиганду второй, интересуют программы по первому типу

[Marxist]

Если бы вы ставили знаки препинания и нормально строили предложение, я был бы уверен в своём ответе. А так могу только предположить, что вас интересует, например, ROCS.

[RED_OX]

А можно, пожалуйтса, пару конкретных ссылок на подобный софт? Метод расчёта биоактивности не важен, просто интересно поработать с такими программами и рассчитать активность одного нового препарата. После суточго поиска удалось найти только дизайнер молекул и кучу ссылок либо на документации. либо вообще не работающих.

[Marxist]

О Б-же. Рассчитать биоактивность нельзя. В вашей постановке задача делается за деньги, причём часть денег берётся вперёд, а остальная часть вычисляется в зависимости от проведённой работы.

[Vanya Ivanov]

уважаемый RED_OX,
вероятно вы имели ввиду не "расчитать" биологическую активность, а соотнести химическую структуру в виде формулы с вероятной биологической активностью, тогда регистрируйтесь на сайте, сделанным под руководством очень толкового ученого:
www.ibmc.msk.ru/PASS

однако если Вы хотите, именно, провести расчет, биологической активности, то
этим занимается вся медицинская химия - в кратце:
- прочесть учебник по мед химии (учебник Граника в этом не очень поможет, рекомендую An Introduction to a Medicinal Chemistry. Patrick)
- собрать данные по структурам близким к вашей
- выбрать один из методов мед химии
- построить корреляционную модель структура - активность (вычислить r2 и q2)
- и по полученным параметрам r2 и q2 в рамках вашей модели "расчитать" предполагаемую биологическую активность.
"программки" порекомендовать могу, так как это зависит от выбранного метода:
корреляционные методы - MS Exсel (бесплатно ), дескрипторы бесплатно расчитывайте на www.molinspiration.com
структурные методы - бесплатно AutoDoc (качайте с сайта ин-та Скрипса в Калифорнии), или простенькую (можно делать алаймент, посмотреть расстояния углы и тп) Accelrys_DS Visualizer на сайте этой компашки бесплатно. Есть еще масса возможностей бесплатно делать самому расчеты в отдельных программах или on-line.
Задавайте больше вопросов на языке мед химии и мы сможем вам лучше помочь.

[StYV]

Автор последнего сообщения правильно говорит, что активность соединения сможет посчитать только один господь бог. А вот если дадите целый ряд, то посчитает и обычный человек. У нас тут тоже носится человек и пристает ко всем - дайте я вам все посчитаю, может это и правильно?
С уважением StYV.

[chemist]

У нас тут тоже носится человек и пристает ко всем - дайте я вам все посчитаю, может это и правильно?

Несколько раз таким человекам давал свою базу со структурами, в которую вставлял (для проверки на вшивость ) вещества с известной активностью из Medicinal Data Drug Reports. Так вот, результаты ни разу не совпадали даже приблизительно! . Поэтому это правильно только для замыливания глаз Учёному Совету при защитах, для практики же это - только отвлечение рабочего времени и средств, хотя и очень даже интеллигентное

[Marxist]

Несколько раз таким человекам давал свою базу со структурами, в которую вставлял (для проверки на вшивость ) вещества с известной активностью из Medicinal Data Drug Reports. Так вот, результаты ни разу не совпадали даже приблизительно!

Большая часть универсальных моделей не находит для аспирина ни одной активности, хотя их у него мильён. Поэтому надо делать всё весьма вдумчиво.

[Vanya Ivanov]

совершенно согласен. Правильно посчитать активность - необходимыы знание и опыт, как впрочем в любой области химии. Существуют, показатели правильности модели - наиболее общие: r2 и q2. Однако, есть глас вопиющий - не верь цифрам:

Golbraikh A, Tropsha A. Beware of q2! J Mol Graph Model. 2002 Jan;20(4):269-76.

Более того, в приличных фирмах существует "скоринг" самих мед химиков. Типа количество удачных/не удачных моделей на рыло. Если взглянуть на проблему обобщенно, мед химический предикшен - сложней квантовой физики/химии. Исключительно одни приближенные расчеты. Во!

[chemist]

Большая часть универсальных моделей не находит для аспирина ни одной активности, хотя их у него мильён. Поэтому надо делать всё весьма вдумчиво.

Так ведь не аспирин давал . А вдумчивость, видать, (мульти)процессор позводить себе не может, ему цыфры трясти надо!

совершенно согласен. Правильно посчитать активность - необходимыы знание и опыт, как впрочем в любой области химии.

Расчётная химия = разновидность инженерной математики, ИМХО, только рассчитываются не конструкции и механизмы, а молекулярные модели.

Однако, есть глас вопиющий - не верь цифрам:
Golbraikh A, Tropsha A. Beware of q2! J Mol Graph Model. 2002 Jan;20(4):269-76.

От него бегут куда могут, но куда бежать не знают, поэтому получается затык

Более того, в приличных фирмах существует "скоринг" самих мед химиков. Типа количество удачных/не удачных моделей на рыло.

Вот и я говорю - на вшивость их надо периодически проверять, если вшив - иди переучивайся на бухгалтера чтоле

Если взглянуть на проблему обобщенно, мед химический предикшен - сложней квантовой физики/химии. Исключительно одни приближенные расчеты. Во!

Я их делаю точнее с помощью обычной чашки кофе

[Vanya Ivanov]

раздергали пост на цитаты, приятно!
Однако, я ведь не против машинных методов предикшина. Я, даже больше, не работаю без них. Они дают не только банальную экономию электроэнергии и реактивов, но неуловимое "вдохновение", a new direction, ect. Я говорил лишь о разумном равновесии между работой головы и рук при создании биоактивных молекул. Да и q2 я считаю всегда, для себя, правда...

[chemist]

Я говорил лишь о разумном равновесии между работой головы и рук при создании биоактивных молекул.

[suprachemister]

С помощью программ считают ADME/T свойства соединения, а также соответствие правилам Липинского (Lipinski "rule of 5" )...
http://en.wikipedia.org/wiki/ADME
Реально, есть ли биологическая активность или ее нет, проверяют биологи нормальным скринингом (например, на фирмах Pfizer, Bayer, Abbott...),
уж слишком дорого стоит проверят активность дальше "лида" (lead )...
Для построения молекулярных моделей можно использовать Computation Program Corina 2.62
Узнать активность уже проверенных норм. скринингом препаратов и орг.веществ можно по некоторым сайтам...

Например:

PubMed

Код: Выделить всё

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

Symyx

Код: Выделить всё

http://www.discoverygate.com/

[FOX-7]

а есть ли примеры, когда расчитали, синтезировали - иии в точку!
....бах бах и мимо уже было (Свадьба в Малиновке)

[Marxist]

Ну чтоб активность была -- примеров полно. А дальше всё равно идёт сначала оптимизация хита, потом оптимизация лида и т.д. Часто приходится идти на понижение активности. Ну и клинические испытания -- это долго.

[FOX-7]

Ну чтоб активность была -- примеров полно. А дальше всё равно идёт сначала оптимизация хита, потом оптимизация лида и т.д. Часто приходится идти на понижение активности. Ну и клинические испытания -- это долго.

понятно, значит нет таких

[Marxist]

Просто непонятно, что вы имеет в виду под "в точку". ЕМНИП, ни одно новое лекарство из недавно принятых не было предложено сразу в виде той молекулы, которая продаётся. И нереально это.

[FOX-7]

Вот и я об этом же говорю.
Чашка чая, сигарета, интуиция и долгие размышления с разговорами у тяги - лучше всякой навороченной проги.
Еще бы Я в вашу фразу может быть добавил .. и для той цели для которой его изобретали.
Теперь, что такое в точку. Хочу например я избавить мир от некоей болезни, например СПИД. Рассчитала мне прога, и предложила кучу вариантов по которым можно трудиться. Отбраковал я те, которые имеют побочные действия с помощью той же проги, выбрал бы ну два три самых простых варианта которые точно лечат мне болезнь. Ну и затем синтезнул. На выходе получил бы то, что мне предсказал компутер и я ето айда в производство зарабатывать на хлеб с маслом.
ну примитивно вот так - были ли такие лихие предсказания от какой-нибудь проги?

[Marxist]

Вы ставите несколько нереальную задачу. Программы виртуального скрининга служат не для замены мозгу и эксперименту, а для отбраковки заведомо неудачных вариантов. Это во-первых. А во-вторых, любое лекарство должно пройти клинические испытания. Если модели для некоторых эффектов в принципе работоспособны, это не значит: (а) что они применимы для вашего соединения, (б) что данный эффект вообще нужно рассматривать. Реальной замены испытаниям вещества in vivo пока нет, и в ближайшие десятилетия она вряд ли появится.

Ну и наконец, не существует какой-то одной универсальной программы. Методы моделирования разных вещей тоже сильно различаются.

[Vanya Ivanov]

Хочу поддержать и несколько дополнить Marxist-а:
программы по моделированию отражают точку зрения создателей моделей. А корректное использование моделей в виде компьютерных программ или в другом виде зависит от Ваших способностей и опыта.
Как и органики, медицинские химики предпочитают тот или иной метод достижения цели:
- хотите успеть достичь больше результатов, цените свое время и чужие деньги - пользуйтесь компьютерными моделями.
- если "химическое исследование окружающей реальности" ваш стиль жизни, то кружка (очень часто не мытая) чая и долгие разговоры у тяги, вполне могут привести к интересному, лично для вас, результату.

Альтернативы компьютерному моделированию нет! Даже сравнительно современные методы, типа FBLD (fragment based lead discovery), сводящие к минимальным функции моделирования также опираются на базы данных.
Не нравятся копьютеры - сделайте базы данных на бумажных карточках, чтобы тасовать "активные фрагменты" и активность.
В игре в карты по-научному все средства хороши, Выигрывай!
Но, пока выигрывают фарм фирмы с огромными компьютерными департментами.