что считать de novo design?

[Vanya Ivanov]

Уважаемые коллеги,
подскажите, пожалуйста, есть ли четкие критерии, что считать de novo в дизайне молекул?
Какие нибудь литературные ссылки?
Если рассматривать метод "комбинирования активных фрагментов", то известные фрагменты - просто
тасуются - до достижения оптимальной активности. Получается - если при этом получено соединение,
принадлежащее формально другому химическому классу (эфир -> кетон и тд..) по номенкралатуре,
то это de novo? Но при этом ядро часто остается неизменным, а вместо бокового радикала вставляется
другой активный фрагмент. Это de novo?

[Cherep]

Да вот вроде в JMC эта фраза часто встречается.
Может найти несколько статей и посмотреть конкретнее?

[Marxist]

Есть виртуальный скрининг -- когда просматривают уже известные соединения (ZINC, PubChem, проприетарные базы), а есть де ново -- когда строят нечто принципиально новое из фрагментов или вокруг фрагмента. В моделировании белков де ново -- это когда что-то строят без использования шаблона, только из общих физических соображений.

Да, это всё относится только к рациональному дизайну. Ежели люди варили по принципу "у нас есть исходники, давайте из них что-нибудь сварим", то это не де ново, а просто варильное исследование.

[Vanya Ivanov]

Вот формальная сторона вопроса понятно:
- если создано (или предложено виртуально, или синтезированно) соединение относащееся к другому химическому классу по номенклатуре, но обладающего однотипной биологической активностью с исходным соединением.
Биоизостерическая замена, простейший пример "de novo" дизайна.

Однако неформальная сторона вопроса - практика!
иногда de novo называют дизайном соединении относящихся к тому же классу (группе) но имеющие какой нибудь
отличительный, крупный фрагмент и за счет него изменяются параметры и положения связывания - лиганда и рецептора.
примеры то же имеются - ингибиры катехоламиновых транспортеров - селектиный (для серотонина или норадреналина - антидепрессанты ), вводят объемный заместитель и получают не селективный ингибитор (серотонин, норадреналин и дофамин транспортеры - все сразу - для снятия абстинентного синдрома). Тоже редакторы из JMC разрешают авторам называть дизайн - de novo.

Коллеги встречал ли кто нибудь в литературе "определения" или общепринятые аксиомы - "de novo" дизайна ?

[Marxist]

Вот формальная сторона вопроса понятно:
- если создано (или предложено виртуально, или синтезированно) соединение относащееся к другому химическому классу по номенклатуре, но обладающего однотипной биологической активностью с исходным соединением.
Биоизостерическая замена, простейший пример "de novo" дизайна.

Биоизостерическая замена формально не является дизайном де ново, потому что идея её основывается не на компьютерном предсказании, а на знании аналогов. Это knowledge-based design.

иногда de novo называют дизайном соединении относящихся к тому же классу (группе) но имеющие какой нибудь
отличительный, крупный фрагмент и за счет него изменяются параметры и положения связывания - лиганда и рецептора.
примеры то же имеются - ингибиры катехоламиновых транспортеров - селектиный (для серотонина или норадреналина - антидепрессанты ), вводят объемный заместитель и получают не селективный ингибитор (серотонин, норадреналин и дофамин транспортеры - все сразу - для снятия абстинентного синдрома). Тоже редакторы из JMC разрешают авторам называть дизайн - de novo.

Ссылку, пожалуйста

Коллеги встречал ли кто нибудь в литературе "определения" или общепринятые аксиомы - "de novo" дизайна ?

De novo may also be a term used to define methods for making predictions about biological features using only a computational model without extrinsic comparison to existing data. © из википузии

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18428090
De novo ligand design was introduced in 1991 as a purely structure-based method to suggest ligands for synthesis and was later augmented by ligand-based approaches.