Статистика и био-что-угодно

[VTur]

Что-то нет желающих поспорить, что значительное количество величин в медицине, биологии и фармации, представленных (рассчитанных) в виде средних, совершенно неадекватны. Более того, эти числа дают ложную информацию. Я бы сказал так, рассчитаны правильно, но вранье отменное.

[Marxist]

Что-то нет желающих поспорить, что значительное количество величин в медицине, биологии и фармации, представленных (рассчитанных) в виде средних, совершенно неадекватны. Более того, эти числа дают ложную информацию. Я бы сказал так, рассчитаны правильно, но вранье отменное.

Извините уж, но на эту тему с Вами спорить бесполезно, потому что Вы не приводите конкретных примеров. Будут примеры -- будет и разговор.

[Константин_Б]

Извините уж, но на эту тему с Вами спорить бесполезно, потому что Вы не приводите конкретных примеров. Будут примеры -- будет и разговор.

Как пример - средняя температура по больнице 36,6^оС.

[Marxist]

Как пример - средняя температура по больнице 36,6^оС.

Это неконкретный пример

[VTur]

Что-то нет желающих поспорить, что значительное количество величин в медицине, биологии и фармации, представленных (рассчитанных) в виде средних, совершенно неадекватны. Более того, эти числа дают ложную информацию. Я бы сказал так, рассчитаны правильно, но вранье отменное.

Извините уж, но на эту тему с Вами спорить бесполезно, потому что Вы не приводите конкретных примеров. Будут примеры -- будет и разговор.

Ну хоть один ответил! Не могу сделать рисунков, весь в ремонте. В на днях отвечу. Жду ещё возражений. Неужели никого не задел?

[Marxist]

Не могу сделать рисунков, весь в ремонте. В на днях отвечу. Жду ещё возражений. Неужели никого не задел?

Меня интересуют в первую очередь не Ваши рисунки, а конкретные примеры из конкретных статей. Безу рисунков никуда, но статьи -- в первую очередь.

[VTur]

Не могу сделать рисунков, весь в ремонте. В на днях отвечу. Жду ещё возражений. Неужели никого не задел?

Меня интересуют в первую очередь не Ваши рисунки, а конкретные примеры из конкретных статей. Безу рисунков никуда, но статьи -- в первую очередь.

Всмысле статьи? Во всех медицинских, биологических и фарм статьях даются именно средние величины. Возьмите любую из тех, что у Вас есть.
Но рисунок я сделал.

Рисунок.doc

Me - медиана, Mo - мода, Av - среднее значение.
Отложим от каждой величины в обе стороны небольшой отрезок dX. Полученные площади - вероятность появления данной величины (по определению). Вероятность появления среднего значения меньше, чем у медианы, и тем более у моды. Следствия:
1. Среди Me, Mo и Av, - среднее значение наименее редко появляющаяся величина.
2. Информация (точечная оценка) зависит от вероятности - среднее наименее информативная величина.
3. Среди Me, Mo и Av, у среднего значения самая наибольшая дисперсия и, следовательно, наибольшая ошибка определения.
4. Такая дисперсия при увеличении числа опытов может не стремиться к нулю, а к какой-то постоянной величине, отличной от нуля - не является "состоятельной" оценкой. См. определение состоятельности в любой энциклопедии.
5. Av - это момент первого порядка, почему не используются другие. Они по информативности совпадают.
И, наконец, самое главное.
В небольших и средних выборках среднее значение подвержено "принципу рычага". Мода вообще не подвержена, медиана смещается незначительно. Т.е. среднее не является "состоятельной" оценкой.
Единственное оправдание - считать легче всего.

[ИСН]

VTur, Вы вначале говорите полезные вещи, о которых многие забывают, но начиная с п.3 - несёте жесть, покрытую мохом. У кого там дисперсия наибольшая? Если речь идёт о конечной выборке, дак у неё моды вообще нет (или извольте определить), а дисперсии медианы и среднего могут соотноситься как угодно, это лотерея. Последняя из них при известных условиях стремится к нулю известным образом, об этом нам неиллюзорно вещает Центральная предельная теорема.

[Marxist]

Всмысле статьи? Во всех медицинских, биологических и фарм статьях даются именно средние величины. Возьмите любую из тех, что у Вас есть.

Вот во вложении первая попавшаяся статья с подробным описанием метода. Делали французы. Критикуйте.

2005_BMC_Laronze_Pyrrolocarbazoles.pdf

Но рисунок я сделал.

А можно рисунок в графическом формате для пользователей свободного ПО?

Me - медиана, Mo - мода, Av - среднее значение.

А если все они равны? А если несколько измерений дают результат одинаковый или в пределах погрешности метода?

[VTur]

Me - медиана, Mo - мода, Av - среднее значение. А если все они равны? А если несколько измерений дают результат одинаковый или в пределах погрешности метода?

Они равны для симметричных распределений. В фармации и медицине таковых почти нет. Точнее может где-то и есть, но я таких не знаю. Есть целая куча факторов, нарушающих симметрию.
Другое дело, что это можно делать исскуственно. Отбирая только нужные результаты.

[VTur]

Марксист, в статье 21 страница!!! Это нарушение прав человека. Скажите, какую страницу читать, где описана метод измерения и метод обработки данных.

[Marxist]

Марксист, в статье 21 страница!!! Это нарушение прав человека. Скажите, какую страницу читать, где описана метод измерения и метод обработки данных.

Результаты измерений -- в таблицах. Метод -- в конце, после методов синтеза и перед списком литературы.

[VTur]

Марксист, статью прочитал. В ней только физика и химия. Возможно, я не понял специальных терминов, но я не нашел ни стат. обработки данных, ни представления данных, ни обработки ошибок. Там синтез, что меряли, как меряли и измеренные величины. Поэтом, ничего сказать не могу. Если есть желание еще что-то показать, то лучше переводную статью или нашу. Там хоть спец. термины переведены.

[Marxist]

Марксист, статью прочитал. В ней только физика и химия. Возможно, я не понял специальных терминов, но я не нашел ни стат. обработки данных, ни представления данных, ни обработки ошибок. Там синтез, что меряли, как меряли и измеренные величины. Поэтом, ничего сказать не могу. Если есть желание еще что-то показать, то лучше переводную статью или нашу. Там хоть спец. термины переведены.

Почему же? там измеряли IC₅₀ соединений. Вот Вам и данные, которые подвергались статистической обработке. С ней что-то не так? Если хотите, могу дать статью про испытания какого-нибудь вещества на крысках.

[VTur]

Марксист, статью прочитал. В ней только физика и химия. Возможно, я не понял специальных терминов, но я не нашел ни стат. обработки данных, ни представления данных, ни обработки ошибок. Там синтез, что меряли, как меряли и измеренные величины. Поэтом, ничего сказать не могу. Если есть желание еще что-то показать, то лучше переводную статью или нашу. Там хоть спец. термины переведены.

Почему же? там измеряли IC₅₀ соединений. Вот Вам и данные, которые подвергались статистической обработке. С ней что-то не так? Если хотите, могу дать статью про испытания какого-нибудь вещества на крысках.

Данные есть и сказано, что и как меряли, про обработку ничего не сказано. Хотелось бы что-то такого
http://lib.chistopol.ru/?a_id=6433.
А еще бы лучше такого http://www.book.ru/186130. Но этой книги я в инете не видел. У меня она бумажная. Но думаю, что в МГУ она должна быть.

Если хотите, могу дать статью про испытания какого-нибудь вещества на крысках.

Если на русском, то давайте. С удовольствием прочту.

[Marxist]

Если хотите, могу дать статью про испытания какого-нибудь вещества на крысках.

Если на русском, то давайте. С удовольствием прочту.

В моей тематике на русском статей нет. Точнее, может и есть, но найти их нереально.

[VTur]

Вам самим легко определить нужное место.
Если это не физика и не техника (науки имеющие дело с одним и тем же объектом или набором неразличимых объектов), то перво-наперво, перед любым статистическим действием нужно установить вид распределения (статистику, это тема "Проверка гипотез" в любом хорошем учебнике статистики). Если этого не сделано, а обработка ведется как для нормального закона, то можно ли доверять этим цифрам? Большинство распределений в медицине и биологии к нормальным не относится.
Если у Вас есть статья с таким расчетом, скинте, а то у меня подобных ссылок нет, а иногда нужно некоторым знакомым показать - вот так нужно делать!

[Marxist]

Если это не физика и не техника (науки имеющие дело с одним и тем же объектом или набором неразличимых объектов), то перво-наперво, перед любым статистическим действием нужно установить вид распределения (статистику, это тема "Проверка гипотез" в любом хорошем учебнике статистики). Если этого не сделано, а обработка ведется как для нормального закона, то можно ли доверять этим цифрам? Большинство распределений в медицине и биологии к нормальным не относится.

Прежде всего, изначально предполагается, что все объекты неразличимы. Вот ещё одна статейка для примера, там меряли влияние вещества на засыпание и просыпание крыс.

2001_Psychopharmacology_Arnaud_sleep-waking.pdf

Прежде всего, крысы берутся одинаковые -- с одинаковым генотипом и одного возраста (и то, здесь сказано "adult", что может означать достаточно большой разброс. По-хорошему, надо было бы брать, скажем, всех трёхмесячных или сколько они там взрослеют из одной партии. Но это сложно). Соответственно, если для них получаются более-менее воспроизводимые результаты, то можно предположить, что модель верна. Дальше, смотрим первый график и видим, что с веществом и без вещества наблюдается статистически значимая разница. Следовательно, вещество активно.
Конечно, по хорошему надо бы мерять не для семи крысок, а хотя бы для двух-трёх десятков, но, во-первых, ни у кого нет таких денег, а во-вторых, съедят защитники животных...

А вот если люди не заморачиваются на то, чтоб купить хороших крыс, тогда начинаются проблемы. И если воспроизводимость страдает, это тоже плохо.

[VTur]

Прочитал. Но такие статьи я и раньше видел.
Во-первых, крыс мало, всего 7 (неужели крысы такие дорогие?). Значит нужно использовать непараметрический анализ. Для параметрического в медицине нужно иметь более сотни значений, лучше более несколько сотен. Иначе, "принцип рычага".
Во-вторых. Вопрос: в популяции есть другие, не похожие крысы (другой массы, пола, возраста), чем эти? Ответ - есть. Значит выборка нерепрезентативна и данные относятся только к подобным (как в эксперименте) крысам и эти данные не могут быть отнесены на других крыс. Возможно, у тех будут другие цифры, а возможно и такие же (воспроизводимость будет хромать). Лучше использовать как много больше разных крыс, чем несколько одинаковых. Больше вероятность компенсации (уравновешивания) ошибок.
В-третьих. Изначально предполагается нормальный закон распределения - используется т критерий Стьюдента (почему? разных статистик как собак не резанных). При этом! Не сказано, внесена ли поправка на множественные сравнения (Бонфероне или Ньюмена-Кейлса или Тьюки).
В-четвертых, Не указано, были ли сравнены дисперсии. Без такого сравнения применять сравнение средних нельзя. Фраза "A significant F test (>2.9, P<0.04) was followed by a pairedsample student’s t-test." относится ко всем данным? Это каждый раз так? Автору, за такую фразу руки оторвать.
В-пятых, непонятен выбор измеряемой величины. Почему они сравнивают длительность (duration), а не частоту? скважность? И почему в процентах? Для подобных величин одночисловое выражение не совсем корректно, здесь должен быть применен гармонический анализ (хотя осознаю, что штука тяжелая).
Но следует отметить, что авторы в обсуждении используют "seem". Дальше про рецепторы непонятно.
Я бы на их месте использовал непараметрический анализ, там придирок меньше.

[Marxist]

Во-первых, крыс мало, всего 7 (неужели крысы такие дорогие?). Значит нужно использовать непараметрический анализ. Для параметрического в медицине нужно иметь более сотни значений, лучше более несколько сотен. Иначе, "принцип рычага".

Дело не только в том, что крысы дорогие (ну как дорогие? большие до 40 баксов, но проблема в том, что они одноразовые), а ещё и в защитниках животных. А ещё каждой крысе надо сделать операцию, потому что icv -- это не так просто.

Во-вторых. Вопрос: в популяции есть другие, не похожие крысы (другой массы, пола, возраста), чем эти? Ответ - есть. Значит выборка нерепрезентативна и данные относятся только к подобным (как в эксперименте) крысам и эти данные не могут быть отнесены на других крыс. Возможно, у тех будут другие цифры, а возможно и такие же (воспроизводимость будет хромать). Лучше использовать как много больше разных крыс, чем несколько одинаковых. Больше вероятность компенсации (уравновешивания) ошибок.

Слишком сложно и дорого. Прежде всего, потому, что на инбредных крысах хоть какую-то воспроизводимость можно получить, а на обычных нельзя сравнивать одну крысу с другой. Тем более что в случае с нервной системой-то как раз всё просто, она у всех одинаковая, только вот фенотипические различия могут скрадывать действие на нервную систему. Есть стандарт -- значит, надо пользоваться стандартом.

В-третьих. Изначально предполагается нормальный закон распределения - используется т критерий Стьюдента (почему? разных статистик как собак не резанных). При этом! Не сказано, внесена ли поправка на множественные сравнения (Бонфероне или Ньюмена-Кейлса или Тьюки).

По умолчанию ничего особенного не применяли. А почему должны были? что в них лучше? они дадут лучшее отношение сигнал-шум? Тут всё по Оккаму. Или потому, что не учили в универе

В-четвертых, Не указано, были ли сравнены дисперсии. Без такого сравнения применять сравнение средних нельзя. Фраза "A significant F test (>2.9, P<0.04) was followed by a pairedsample student’s t-test." относится ко всем данным? Это каждый раз так? Автору, за такую фразу руки оторвать.

Если поглядет внимтельно на наиболее важные графики, то видно, что (ну всё-таки не дисперсии, но среднеквадратичные отклонения, но один хрен) практически одинаковые для всех случаев.

В-пятых, непонятен выбор измеряемой величины. Почему они сравнивают длительность (duration), а не частоту? скважность? И почему в процентах? Для подобных величин одночисловое выражение не совсем корректно, здесь должен быть применен гармонический анализ (хотя осознаю, что штука тяжелая).

Что такое скважность? Они сравнивают вполне логичные вещи -- относительную продолжительность бодрствования, медленного сна и парадоксального сна. Какую частоту здесь можно сравнивать? И как здесь применять гармонический анализ?

Но следует отметить, что авторы в обсуждении используют "seem".

Это фигура речи

Я бы на их месте использовал непараметрический анализ, там придирок меньше.

Мне так кажется, что реальная придирка здесь возможна только одна -- маленькая выборка. Но это неизбежно.