докинг бессмысленный и беспощадный

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Ответить
Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1741
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

докинг бессмысленный и беспощадный

Сообщение Vanya Ivanov » Пн авг 15, 2022 1:15 pm

Наука сложное явление человеческой жизни, по этому "научно\не научно" - это просто выбор активной (крикливой и\или властолюбивой) части научного собщества. НО ... выуступая экспертами в рамках своего опыта и компетенций, мы - простые ученые, не вольно начинаем судить других не только научно-ненаучно, но и более тонко ... Ну, в общем, работу ревьюверов вы понимаете ...
Так вот. Столкнулся с обычным случаем: народ протестировал свои новые компаунды на линии А549 (карцинома из легочной ткани), получил IC50 и принялся дочить их в EGFR - известную рецепторную тирозин киназу, надежную мишень терапии карциномы легкого (немелкоклеточного рака легкого). Ненаказуемо! хотя и слишком уж вольные допущения. НО, .. поскольку, первичный скриниг на линии А549 они провели против 5-фторурацила (5-FU), вещества с общим цитотоксическим эффектом, то тут же задочили и 5-FU в EGFR.
Я пишу рецензию, чутка прифигев, товарище дорогие, чё вы творите, зачем эти "molecules in the curls" ? 5-FU необратимый ингибитор тимидилат синтазы. Мне с "резоном" отвечают, а никто не публиковал результаты докинга 5-FU в EGFR, научная спекуляция, имеем право и бла-бла-бла ....
Вот пишу вам, коллеги с немым вопросом и надеждой на одобрение. Проблема бессмысленного докинга и "molecules in the curls" для украшения статей не нова, но какие аргументы привести, что дочить ИЗВЕСТНЫЕ компаунды в "чужие" ИЗВЕСТНЫЕ белки - это уже НЕНАУКА, это имитация. Ну ведь так же?

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 4948
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: докинг бессмысленный и беспощадный

Сообщение bigM » Пн авг 15, 2022 10:39 pm

неужели вы дадите такую рецензию, что это научная спекуляция и имитация бурной деятельности?
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Sartorius84
Сообщения: 1147
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: докинг бессмысленный и беспощадный

Сообщение Sartorius84 » Пн авг 22, 2022 11:20 pm

Каковы результаты? Хорошо дочится?

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 4948
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: докинг бессмысленный и беспощадный

Сообщение bigM » Пн авг 22, 2022 11:36 pm

Sartorius84 писал(а):
Пн авг 22, 2022 11:20 pm
Каковы результаты? Хорошо дочится?
С фторурацилом всё хорошо. Не зря он почти во всех схемах химеотерапии
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1741
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: докинг бессмысленный и беспощадный

Сообщение Vanya Ivanov » Пт сен 23, 2022 10:57 am

Я таки "победил" авторов и редакторов. С третьего раза "imitation of science" была убрана и со мной все согласились. Гы-гы ... но от чего-то не особо радостно. :?

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1741
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: докинг бессмысленный и беспощадный

Сообщение Vanya Ivanov » Пт сен 23, 2022 11:02 am

bigM писал(а):
Пн авг 22, 2022 11:36 pm
С фторурацилом всё хорошо. Не зря он почти во всех схемах химеотерапии
К сожалению 5-FU не селективен и базовым принципам химиотерапии не отвечает.
Все что ХОРОШО дочится .... не имеет смысла. Главное не ХОРОШО, а ПРАВИЛЬНО ... а вот это уже совсем другая тема.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 4948
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: докинг бессмысленный и беспощадный

Сообщение bigM » Пт сен 23, 2022 7:47 pm

Vanya Ivanov писал(а):
Пт сен 23, 2022 11:02 am
bigM писал(а):
Пн авг 22, 2022 11:36 pm
С фторурацилом всё хорошо. Не зря он почти во всех схемах химеотерапии
К сожалению 5-FU не селективен и базовым принципам химиотерапии не отвечает.
ага, им еще панкреонекроз можно лечить :very_shuffle:
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1741
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: докинг бессмысленный и беспощадный

Сообщение Vanya Ivanov » Чт авг 03, 2023 6:56 pm

Коллеги,
я встретился при рецензировании с работой, выполненной индийскими коллегами. В ней ребята провели докинг полифенолов (типа флавоноидов - рутина) в PDB-файл основной протеазы вируса covid-19, где в активном центре был кристаллизован ингибитор-пептидомиметик.
Выбрали один-два флавонола с наилучшими значениями дельта-G, а потом провели для выбранных флаванолов симуляцию мол-динамикой (MD) - взаимодействия флавонола и белка. RSMD был показан не изменным, и на этом основании они радостно заявили, что нашли "удачный новый лиганд-ингибитор" для этого вирусного белка.
Как объяснить этим коллегам, что выбор виртуальных соединений на основе дельта-G это только первая часть работы? Нужно выбирать виртуальные соединения, которые связываются "похожим образом" с реальным ингибитор-пептидомиметиком. Т.е. с теми же аминокислотами активного центра и тем же способом. Т.е. провести какую-то перекрестную проверку результатов. MD - не достаточно!
Мне не хочется отклонять работу. НО ... люди утверждают, что МD - симуляции достаточно для "подтверждения" правильности результатов докинга.
Есть ли у вас мнения на этот счёт?

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: докинг бессмысленный и беспощадный

Сообщение Ahha » Чт авг 03, 2023 10:07 pm

bigM писал(а):
Пт сен 23, 2022 7:47 pm
Как объяснить этим коллегам, что выбор виртуальных соединений на основе дельта-G это только первая часть работы? Нужно выбирать виртуальные соединения, которые связываются "похожим образом" с реальным ингибитор-пептидомиметиком. Т.е. с теми же аминокислотами активного центра и тем же способом.
Честно, не понимаю, почему прямо так и не написать? Можно обозвать это major revision. Хотя конечно зависит еще от того, что за журнал.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1741
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: докинг бессмысленный и беспощадный

Сообщение Vanya Ivanov » Пт авг 04, 2023 10:09 am

Ahha писал(а):
Чт авг 03, 2023 10:07 pm
Честно, не понимаю, почему прямо так и не написать? Можно обозвать это major revision. Хотя конечно зависит еще от того, что за журнал.
Если честно, то так и написал первый раз, но ... The main concern about it was ignored.
Люди принципиально не стали обращать на это внимание. Странно, почему?
Разве это не очевидно, что докинг, сам по себе, интересен лишь как отличный генератор идей по созданию лиганда для известного белка/НК.
Молдинамика - отличный способ посмотреть "поведение" молекул в определенных условиях, но это так же модель для новых идей.
Новые идеи, даже виртуальные, требуют проверки и уточнений.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: докинг бессмысленный и беспощадный

Сообщение Гесс » Пт авг 04, 2023 11:31 am

Vanya Ivanov писал(а):
Пт авг 04, 2023 10:09 am
Ahha писал(а):
Чт авг 03, 2023 10:07 pm
Честно, не понимаю, почему прямо так и не написать? Можно обозвать это major revision. Хотя конечно зависит еще от того, что за журнал.
Если честно, то так и написал первый раз, но ... The main concern about it was ignored.
Люди принципиально не стали обращать на это внимание. Странно, почему?
The main concern about it was ignored. - это прямая цитата из их ответа? :?
То есть вы на втором раунде рецензирования?

Major revision.
With all respect I would like once again to draw attention of authors to following problem:
{...}
Im my opinion it is a principal aspect of [...] and I strongly recommend to add [...] to the manuscript.
In my opinion without these data the paper would be incomplete and I would have problems to recommend it for publications in [...]

предельно коряво, но я только проснулся и не имею сил/желания делать хорошо.

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей