Protein Data Bank: нужна помощь

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Ответить
FeO4
Сообщения: 178
Зарегистрирован: Ср окт 15, 2014 10:43 am

Protein Data Bank: нужна помощь

Сообщение FeO4 » Пн янв 31, 2022 8:26 pm

Всем привет!
Мне нужно измерить расстояния в белковых молекулах. Например, расстояние от железа до лигандов в гемоглобине. Я захожу в базу данных www.rcsb.org, нахожу нужный белок и... и все. Он-лайн я измерить ничего не могу. Или опция отключена, или я не туда иду. Если скачать cif-файл, тоже проблемы. Не понимаю, то ли молекула слишком большая и все подвешивает (признаки этого есть), то ли чего то другого не хватает.
Не подскажет ли кто, в чем могут быть проблемы? Спасибо!

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Protein Data Bank: нужна помощь

Сообщение Ahha » Пн янв 31, 2022 9:00 pm

Если хочется именно он-лайн, можно как-то так:
Screenshot_2022-01-31_20-55-27.png
Найдя нужный белок, идете в "3D View", там уже разбираетесь. Главное, как у меня оказалось, переключить режим выделения с "Residue" на "Atom".

Если офф-лайн - c .cif почти не связывался, а с .pdb проблем ни разу не возникало. :dontknow:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

FeO4
Сообщения: 178
Зарегистрирован: Ср окт 15, 2014 10:43 am

Re: Protein Data Bank: нужна помощь

Сообщение FeO4 » Пн янв 31, 2022 9:10 pm

Мерси! Сейчас попробую. А чем открываете .pdb?

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Protein Data Bank: нужна помощь

Сообщение Ahha » Пн янв 31, 2022 9:14 pm

FeO4 писал(а):
Пн янв 31, 2022 9:10 pm
А чем открываете .pdb?
По-моему, их практически любая химическая смотрелка открывает... Лично я - чаще марвином или молденом, по-моему, jmol'ом, было дело, открывал. Или pymol'ом?.. Не помню.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

FeO4
Сообщения: 178
Зарегистрирован: Ср окт 15, 2014 10:43 am

Re: Protein Data Bank: нужна помощь

Сообщение FeO4 » Пн янв 31, 2022 9:21 pm

Там вот очень удобно отрезать все лишнее: полимер, воду. Прям все, что надо, остается. А измерить не могу...

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Protein Data Bank: нужна помощь

Сообщение Ahha » Пн янв 31, 2022 9:22 pm

Там - это, простите, где? :D
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

FeO4
Сообщения: 178
Зарегистрирован: Ср окт 15, 2014 10:43 am

Re: Protein Data Bank: нужна помощь

Сообщение FeO4 » Пн янв 31, 2022 9:46 pm

Вроде чего-то получается. Большое спасибо!! Вы меня пнули в нужную сторону. А тут еще одни мозги оказались под рукой.
Спасибо!!

Cherep
Сообщения: 23301
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Protein Data Bank: нужна помощь

Сообщение Cherep » Пн янв 31, 2022 11:46 pm

UCSF Chimera

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя