Растворить ДНК

[Maryna]

Коллеги, в чем можно растворить одноцепочечную ДНК? Вода, формамид, пропиленгликоль не подходят. Задача не биохимическая, а физхимическая, народ хочет смотреть какие-то особенные эффекты. Ищут растворитель с минимально возможной полярностью. Я понимаю, что прошу почти оксюморон, но вдруг кто-то сталкивался с экзотическими вариантами.

[ Post made via Android ]

[Cherep]

гексафторизопропанол? трифторэтанол? их смеси с метиленом?

[Maryna]

Это из эксперимента?

[avor]

Жидкий СО2 попробуйте, но практически безнадега.Еще можно попробовать СТАВ соль получить. Для этого надо использовать его 1,5-2% растворы в NaCl, концентрацию NaCl надо подобрать где-то между 0,5 и1,5М если соли мало - плохо садится, если много - натрий вытесняет СТАB из комплекса с ДНК. Да, осадок образуется меедленно, надо подождать ночку или несколько часов на льду или в холодильнике. Осадок СТАВ-ДНК комплекса высушить и пробовать растворять в хлороформе желательно с добавкой СТАВ или чем-то подобном. Только я боюсь этим сумашедшим физикам такой комплекс не подойдет.

[avor]

Алиса! Какой эксперимент? Надо быть большим психом, что бы пытаться ратстворить, полиэлектролит с полиуглеводным скелетом в гексане.

[Maryna]

гексафторизопропанол

ага, я смотрю, он в хроматографии используется.

Еще можно попробовать СТАВ соль получить

CTAB - в смысле Cetyltrimethyl ammonium bromide?

Только я боюсь этим сумашедшим физикам такой комплекс не подойдет.

а кто их знает? Может, наоборот, пригодится.

[avor]

CTAB - в смысле Cetyltrimethyl ammonium bromide?

Оно, родимое!

[Upstream]

Слава прав, с фторированными спиртами шансы есть, особенно если предварительно перевести ДНКу в соль с амином, например с 1-метилморфолином. По диэлектрической проницаемости скорее всего ниже ничего не подберёшь:
CF3CH2OH e 26.67 pKa 12.5 AN 53.8 DN 0
(CF3)2CHOH e 16.62 pKa 9.39 AN 88.0 DN 0
Они обладают уникальной способностью сольватировать анионы.
Требуемую растворимость можно было бы и оговорить - для определённости. Но больше чем на несколько мг/мл - вряд ли.

[maks]

Игорь, позвольте развить вашу мысль и спросить , а может ДНК переводить в соль с 4-Morpholineethanol,CAS 622-40-2
тогда может будут с одной стороны соль, а с другой водородные связи с фторированными спиртами ,повысит растворимость еще
ну и стоит копейки

[Upstream]

Хороший вариант, Володя! Пан просто ориентировался на то, что должно быть у Пани под рукой.

[Vanya Ivanov]

че-это все на личности стали преходить? Где правила форума, где днк?

[гаер*]

Спокойствие, Геннадий! Солюбилизация ДНК в органике за счёт противоионов используется много-много лет, так что это хороший совет. Вот очередной пример.

[Cherep]

кому не нравится деанонимизация, подавайте жалобу только не мне.

[Maryna]

Извините, коллеги, была далеко от интернета. Из всего, что тут написали, я делаю вывод, что растворить ДНК в органике можно только с помощью третьего агента? Это плохая новость. Тем не менее, люди будут рады определенности. Я передала все ваши рекомендации. Откопали в интернетах еще вариант с т.н. deep eutectics, но тоже сомнительно.

[Upstream]

Делать акцент на ДНК - не вполне корректно, проблема в удволетворении сольватационных требований противоионов - маленьких, жёских и жутко требовательных катионов натрия. Придумаешь как удволетворить их - за ДНКой дело не станет. Ещё один вариант - 18-краун-6, могут сработать и полиэтиленгликоли, в присутствии которых даже кондовая неорганика солюбилизируется в бензоле.

[Ptizza]

Если покупать в виде солей, то растворяется в буферах на ура. Использовала только буферы для разных - третичных и четвертичных ДНК

[гаер*]

третичных и четвертичных ДНК

[Ptizza]

Крадруплексная и трехцепочная ДНК звучит лучше? Наверняка тоже мимо будет.

[гаер*]

Так по-вашему ДНК триплекс - третичная структура, а квадруплекс - четвертичная?

[avor]

Птичку.... Жалко! Ну, чо, привязались к даме с терминологической тягомотиной? Все ж уже поняли, что она имела ввиду.

Кстати, практически не встречал классификацию для нуклеиновых кислот, похожую на белковую. Где есть первичная структура - последовательность АК. Вторичная структура - укладка цепи в спиральные или складчатые структуры, Третичная структура - укладка спиральных и складчатых участков ОДНОЙ цепи в сложную трехмерную структуру. Четвертичная структура - устойчивое образование комплекса трехмерных структур из нескольких цепей.

А с НК такая логика плохая. Ну первичная структура проходит - последовательность нуклеотидов, а вторичная? Да, есть спирали, даже нескольких типов, но по умолчанию, если специально не оговорено они двухцепочечные, т.е. по белковой классификации - это уже не вторичная,а четвертичная структура. Ну и одноцепочечные могут образовывать внутрицепочечные гибриды, но это относительно редкая вещь, хорошо изученная только для т-РНК и рибосом. Ну и вроде рибосома и есть классический нуклеиновый аналог четвертичной структуры белка, но что-то никто ее так не обзывает(видимо потому-что это единственная такая структура).

Птицца, про растворение в водных растворах речь в данном топике не идет, не идет речь даже и о полярных неводных растворителях. Речь идет о НЕВОДНЫХ и НЕПОЛЯРНЫХ растворителях.

Алиса: "Коллеги, в чем можно растворить одноцепочечную ДНК? Вода, формамид, пропиленгликоль не подходят. Задача не биохимическая, а физхимическая, народ хочет смотреть какие-то особенные эффекты. Ищут растворитель с минимально возможной полярностью."