вот здесь не совсем вся правда озвучена, они еще выигрывают и из-за огромного бабла, перекупая у небольших компаний готовые идеиVanya Ivanov писал(а):Но, пока выигрывают фарм фирмы с огромными компьютерными департментами.
Виртуальный скрининг
Re: Виртуальный скрининг
Re: Виртуальный скрининг
Фокс седьмой, вы бы статистикой вооружились хотя бы, она есть в общедоступных источниках. Во-первых, далеко не всякая небольшая компания способна довести идею до продаваемого состояния (нужно по крайней мере proof-of-concept). Во-вторых, подавляющее большинство инновационных лекарств сделано большими или средними компаниями с нуля. В-третьих, огромное бабло служит не для перекупки, а для собственных исследований. Выигрыш достигается за счёт объёма просмотренной информации, но при этом ни одна уважающая себя фирма не будет делать HTS для всей своей базы, иначе она разорится. Именно поэтому столь востребованы методы ВС, именно поэтому они разрабатываются серьёзными фирмами.
Re: Виртуальный скрининг
вы хотите сказать, что таких сюжетов с выкупом готовой идеи совсем не было? И если уж вы первый произнесли слово статистика-так приведите, не будьте голословны.Marxist писал(а):Фокс седьмой, вы бы статистикой вооружились хотя бы, она есть в общедоступных источниках.
Re: Виртуальный скрининг
Я хочу сказать, что это очень большая удача. Требования см. выше.FOX-7 писал(а):вы хотите сказать, что таких сюжетов с выкупом готовой идеи совсем не было?
НаслаждайтесьFOX-7 писал(а):И если уж вы первый произнесли слово статистика-так приведите, не будьте голословны.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
- suprachemister
- Сообщения: 4884
- Зарегистрирован: Пн май 18, 2009 5:34 pm
Re: Виртуальный скрининг
я там говорил про расчет ADMET (Administration, Distribution, Metabolism, Excretion and Toxicity) parameters of drugs and drug-like compounds.
вот приведу пример такого расчета

вот приведу пример такого расчета

посоветуйте, пожалуйста, програмки или методы расчета этих r2 и q2- построить корреляционную модель структура - активность (вычислить r2 и q2)


У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Последний раз редактировалось suprachemister Вт дек 22, 2009 10:27 pm, всего редактировалось 1 раз.
Re: Виртуальный скрининг
Методы: http://en.wikipedia.org/wiki/R_squaredsuprachemister писал(а):посоветуйте, пожалуйста, програмки или методы расчета этих r2 и q2![]()
Любая статистическая программа умеет считать R2, для скользящего контроля (q2) иногда приходится извращаться. Но вообще в экселе по формуле считается за пару минут, если есть данные.
- suprachemister
- Сообщения: 4884
- Зарегистрирован: Пн май 18, 2009 5:34 pm
Re: Виртуальный скрининг
спасибо.
А есть так чтоб вставил формулу молекулы в комп. программу и она считает ?
А есть так чтоб вставил формулу молекулы в комп. программу и она считает ?
у вас будет образец такого Excel файлика с подсчетом...?Но вообще в экселе по формуле считается за пару минут, если есть данные.
Re: Виртуальный скрининг
А зачем файлик? там в статьях формулы есть. Может быть, вы не поняли? R2 и Q2 -- это характеристики модели (воспроизводимость и предсказательная способность), а не характеристики молекулы.
А из программ, в которые сунул -- считает, выше уже приводили в пример PASS -- более того, у них и веб-сервер есть. Но в приличном месте ссылаться на это предсказание несколько не комильфо, это годится для дипломника, которому надо хоть как-то обосновать наваренное, но для публикации в качестве единственного метода предсказания это несерьёзно.
А из программ, в которые сунул -- считает, выше уже приводили в пример PASS -- более того, у них и веб-сервер есть. Но в приличном месте ссылаться на это предсказание несколько не комильфо, это годится для дипломника, которому надо хоть как-то обосновать наваренное, но для публикации в качестве единственного метода предсказания это несерьёзно.
Re: Виртуальный скрининг
например:FOX-7 писал(а):а есть ли примеры, когда расчитали, синтезировали - иии в точку!
....бах бах и мимо уже было (Свадьба в Малиновке)
Success Stories in Computer-Aided Drug Design:
FKBP ligand (docking and scoring) P. Burkhard et al., J. Mol. Biol. 287. 853-858 (1999)
Ca2+ antagonist / T-channel blocker (pharmacophore similarity search) G. Schneider et al., Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 23, 4130-4133 (2000)
Glyceraldehyde-phosphate DH inhibitors (combinatorial docking) J. C. Bressi et al., J. Med. Chem. 44- 2080-2093 (2001)
Thrombin inhibitor (docking, de novo design) H.-J. Bohm et al., J. Comput,-Aided Mol. Design 13, 51-56 (1999)
HIV-1 RNA TAR inhibitor (docking, database search) A. V. Filikov et al., J. Comput-Aided Mol. Design U, 593-610 (2000)
Aldose reductase inhibitors (3D database searching) Y. Iwata et al., J. Med. Chem. 44,1718-1728(2001)
DNA gyrase inhibitor (structure-based virtual screening) H.-J. Boehmetal., J. Med. Chem. 42, 2664-2674 (2000)
- suprachemister
- Сообщения: 4884
- Зарегистрирован: Пн май 18, 2009 5:34 pm
Re: Виртуальный скрининг
спасибо MOL2nik за интересные статьи
почитаю
вот они все сразу, кто еще желает ознакомиться
еще есть целая глава книги Success Stories of Computer-Aided Design
Chapter Author: Hugo Kubinyi
Computer Applications in Pharmaceutical Research and Development
Published Online: 5 Jun 2006
скачать можна здесь


вот они все сразу, кто еще желает ознакомиться

Chapter Author: Hugo Kubinyi
Computer Applications in Pharmaceutical Research and Development
Published Online: 5 Jun 2006
скачать можна здесь
Код: Выделить всё
http://ifile.it/t1xoz2
Re: Виртуальный скрининг
вот ещё Success Stories of Computer-Aided Design

CADD - computer aided drug design
SBDD - structure based drug design (docking)

CADD - computer aided drug design
SBDD - structure based drug design (docking)
- Vanya Ivanov
- Сообщения: 1767
- Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm
Re: Виртуальный скрининг
Коллеги, в споре "расчитывать модель или задумчиво пить чай у тяги" - 10:0 в нашу пользу. Однако, мы ушили в сторону от сути вопроса:
как же наиболее просто и рационально провести виртуальный скрининг библиотеки.
Все же, наиболее простым методом считаю: выделение общих структурных фрагментов у активных молекул и поиск их или биоизостеров в структурной базе данных.
Я их иногда не формально называю "активными фрагментами" . Все молекулы содержащие эти фрагменты потенциально могут проявлять активность.... Значит для виртуального скрининга мы можем ограничится ISIS-base или ChemFinder и Excel ... и все?
как же наиболее просто и рационально провести виртуальный скрининг библиотеки.
Все же, наиболее простым методом считаю: выделение общих структурных фрагментов у активных молекул и поиск их или биоизостеров в структурной базе данных.
Я их иногда не формально называю "активными фрагментами" . Все молекулы содержащие эти фрагменты потенциально могут проявлять активность.... Значит для виртуального скрининга мы можем ограничится ISIS-base или ChemFinder и Excel ... и все?
Re: Виртуальный скрининг
Если нас интересует именно поиск в базе, то лучше всего считается такой порядок действий:
1-2. Подобие
1-2. Фармакофор
3. Докинг
4. Визуальный анализ
1-2. Подобие
1-2. Фармакофор
3. Докинг
4. Визуальный анализ
- Vanya Ivanov
- Сообщения: 1767
- Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm
Re: Виртуальный скрининг
Да кстати о докинге. Я тут пробовал встроить молекулу аминогликозидного антибиотика обратно в А сайт РНК. Файлы типа 2ESI.pdb ..2OE8.pdb , программа AutoDoc 4.0 , алгоритм "генетического вытеснения". Поскольку вещество встраивается в жесткую РНК/ДНК с затратой энергии, то этот алгоритм будет предпочтительней, однако несколько попыток с различными условиями ничего не дали. Программа отражала, только не специфическое связывание.
Marxist, Вы не сталкивались случайно с докингом РНК\ДНК лигандов? В чем там тонкость? Все таки в нуклеиновых кислотах понятие "активного центра" - относительно.
Marxist, Вы не сталкивались случайно с докингом РНК\ДНК лигандов? В чем там тонкость? Все таки в нуклеиновых кислотах понятие "активного центра" - относительно.
Re: Виртуальный скрининг
К сожалению, нет. Даже не очень представляю, что там как взаимодействует с лигандом, если это не интеркаляция.Vanya Ivanov писал(а):Marxist, Вы не сталкивались случайно с докингом РНК\ДНК лигандов? В чем там тонкость? Все таки в нуклеиновых кислотах понятие "активного центра" - относительно.
Посмотрел на структурку в pdb... в общем, думаю, что скрининг или слепой докинг здесь трудновато проводить. А следовательно, непонятно, зачем вообще здесь применять докинг. Пытаться воспроизвести кристаллическую ориентацию?
- Vanya Ivanov
- Сообщения: 1767
- Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm
Re: Виртуальный скрининг
Работы по скринингу и синтезу "small-mol-ов" для ДНК/РНК с различной функциональностью набирает обороты. Я пологаю, не плохо бы, как то соорентировать синтез, тупо варить - скринировать скучно.
Re: Виртуальный скрининг
Возможно какую-то пользу могло бы дать изучение ДНК и РНК - связывающих белков, в смысле трехмерного строения их НК связывающих доменов, например транскрипционных факторов. А также ферментов типа РНКаз рестриктаз, ревертаз, НК-полимераз.Vanya Ivanov писал(а):Работы по скринингу и синтезу "small-mol-ов" для ДНК/РНК с различной функциональностью набирает обороты. Я пологаю, не плохо бы, как то соорентировать синтез, тупо варить - скринировать скучно.
Re: Виртуальный скрининг
Сначала нужно научиться реальный скрининг делать, активность от способа введения ох как зависит, а затем к виртуальному переходить. Как - то пришлось работать с одним институтом. Просили провести синтез серии веществ. Синтезировали, подтвердили структуру, передали клиентам - нет активности. В литобзорах есть, а у них нет и вещество в воде не растворяется. Скандал! Закупили образцы Fluka, передали - то же самое. Сравнили состав - да же примеси совпадают. Стали сравнивать методы введение - они оказались абсолютно разные. После повторных испытаний с указаным способом введения - все образцы прошли! А вы виртуальный скрининг!
Уважающие себя физики и математики обходят стороной антинаучных художников рисущих молекулы и называющих себя химиками.
Re: Виртуальный скрининг
Типичный пример невнимательного чтения литературы, не более чем.nikkochem писал(а): Стали сравнивать методы введение - они оказались абсолютно разные.
Re: Виртуальный скрининг
Я к тому, что для составления корректной базы данных необходим один способ введения. Технически это не всегда возможно.
Уважающие себя физики и математики обходят стороной антинаучных художников рисущих молекулы и называющих себя химиками.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 7 гостей