Виртуальный скрининг

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Аватара пользователя
FOX-7
Сообщения: 7379
Зарегистрирован: Пн окт 10, 2005 10:28 am

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение FOX-7 » Пн дек 14, 2009 12:39 am

Vanya Ivanov писал(а):Но, пока выигрывают фарм фирмы с огромными компьютерными департментами.
вот здесь не совсем вся правда озвучена, они еще выигрывают и из-за огромного бабла, перекупая у небольших компаний готовые идеи

Marxist

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение Marxist » Пн дек 14, 2009 12:44 am

Фокс седьмой, вы бы статистикой вооружились хотя бы, она есть в общедоступных источниках. Во-первых, далеко не всякая небольшая компания способна довести идею до продаваемого состояния (нужно по крайней мере proof-of-concept). Во-вторых, подавляющее большинство инновационных лекарств сделано большими или средними компаниями с нуля. В-третьих, огромное бабло служит не для перекупки, а для собственных исследований. Выигрыш достигается за счёт объёма просмотренной информации, но при этом ни одна уважающая себя фирма не будет делать HTS для всей своей базы, иначе она разорится. Именно поэтому столь востребованы методы ВС, именно поэтому они разрабатываются серьёзными фирмами.

Аватара пользователя
FOX-7
Сообщения: 7379
Зарегистрирован: Пн окт 10, 2005 10:28 am

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение FOX-7 » Пн дек 14, 2009 1:22 am

Marxist писал(а):Фокс седьмой, вы бы статистикой вооружились хотя бы, она есть в общедоступных источниках.
вы хотите сказать, что таких сюжетов с выкупом готовой идеи совсем не было? И если уж вы первый произнесли слово статистика-так приведите, не будьте голословны.

Marxist

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение Marxist » Пн дек 14, 2009 1:52 pm

FOX-7 писал(а):вы хотите сказать, что таких сюжетов с выкупом готовой идеи совсем не было?
Я хочу сказать, что это очень большая удача. Требования см. выше.
FOX-7 писал(а):И если уж вы первый произнесли слово статистика-так приведите, не будьте голословны.
Наслаждайтесь
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
suprachemister
Сообщения: 4884
Зарегистрирован: Пн май 18, 2009 5:34 pm

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение suprachemister » Пн дек 21, 2009 10:20 pm

я там говорил про расчет ADMET (Administration, Distribution, Metabolism, Excretion and Toxicity) parameters of drugs and drug-like compounds.
вот приведу пример такого расчета :arrow:
ADMET example.pdf
- построить корреляционную модель структура - активность (вычислить r2 и q2)
посоветуйте, пожалуйста, програмки или методы расчета этих r2 и q2 :issue: :very_shuffle:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Последний раз редактировалось suprachemister Вт дек 22, 2009 10:27 pm, всего редактировалось 1 раз.

Marxist

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение Marxist » Пн дек 21, 2009 10:44 pm

suprachemister писал(а):посоветуйте, пожалуйста, програмки или методы расчета этих r2 и q2 :issue: :very_shuffle:
Методы: http://en.wikipedia.org/wiki/R_squared

Любая статистическая программа умеет считать R2, для скользящего контроля (q2) иногда приходится извращаться. Но вообще в экселе по формуле считается за пару минут, если есть данные.

Аватара пользователя
suprachemister
Сообщения: 4884
Зарегистрирован: Пн май 18, 2009 5:34 pm

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение suprachemister » Пн дек 21, 2009 10:48 pm

спасибо.
А есть так чтоб вставил формулу молекулы в комп. программу и она считает ?
Но вообще в экселе по формуле считается за пару минут, если есть данные.
у вас будет образец такого Excel файлика с подсчетом...?

Marxist

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение Marxist » Пн дек 21, 2009 11:17 pm

А зачем файлик? там в статьях формулы есть. Может быть, вы не поняли? R2 и Q2 -- это характеристики модели (воспроизводимость и предсказательная способность), а не характеристики молекулы.

А из программ, в которые сунул -- считает, выше уже приводили в пример PASS -- более того, у них и веб-сервер есть. Но в приличном месте ссылаться на это предсказание несколько не комильфо, это годится для дипломника, которому надо хоть как-то обосновать наваренное, но для публикации в качестве единственного метода предсказания это несерьёзно.

Аватара пользователя
MOL2nik
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Пт май 30, 2008 3:54 pm

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение MOL2nik » Чт дек 24, 2009 5:02 pm

FOX-7 писал(а):а есть ли примеры, когда расчитали, синтезировали - иии в точку!
....бах бах и мимо уже было (Свадьба в Малиновке)
например:
Success Stories in Computer-Aided Drug Design:

FKBP ligand (docking and scoring) P. Burkhard et al., J. Mol. Biol. 287. 853-858 (1999)

Ca2+ antagonist / T-channel blocker (pharmacophore similarity search) G. Schneider et al., Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 23, 4130-4133 (2000)

Glyceraldehyde-phosphate DH inhibitors (combinatorial docking) J. C. Bressi et al., J. Med. Chem. 44- 2080-2093 (2001)

Thrombin inhibitor (docking, de novo design) H.-J. Bohm et al., J. Comput,-Aided Mol. Design 13, 51-56 (1999)

HIV-1 RNA TAR inhibitor (docking, database search) A. V. Filikov et al., J. Comput-Aided Mol. Design U, 593-610 (2000)

Aldose reductase inhibitors (3D database searching) Y. Iwata et al., J. Med. Chem. 44,1718-1728(2001)

DNA gyrase inhibitor (structure-based virtual screening) H.-J. Boehmetal., J. Med. Chem. 42, 2664-2674 (2000)

Аватара пользователя
suprachemister
Сообщения: 4884
Зарегистрирован: Пн май 18, 2009 5:34 pm

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение suprachemister » Чт дек 24, 2009 8:02 pm

спасибо MOL2nik за интересные статьи :D почитаю :235:
вот они все сразу, кто еще желает ознакомиться :arrow:
articles Success Stories.rar
еще есть целая глава книги Success Stories of Computer-Aided Design
Chapter Author: Hugo Kubinyi
Computer Applications in Pharmaceutical Research and Development
Published Online: 5 Jun 2006
скачать можна здесь

Код: Выделить всё

http://ifile.it/t1xoz2

Аватара пользователя
MOL2nik
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Пт май 30, 2008 3:54 pm

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение MOL2nik » Чт дек 24, 2009 10:09 pm

вот ещё Success Stories of Computer-Aided Design

Изображение
CADD - computer aided drug design
SBDD - structure based drug design (docking)

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1767
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение Vanya Ivanov » Пт дек 25, 2009 8:36 pm

Коллеги, в споре "расчитывать модель или задумчиво пить чай у тяги" - 10:0 в нашу пользу. Однако, мы ушили в сторону от сути вопроса:
как же наиболее просто и рационально провести виртуальный скрининг библиотеки.
Все же, наиболее простым методом считаю: выделение общих структурных фрагментов у активных молекул и поиск их или биоизостеров в структурной базе данных.
Я их иногда не формально называю "активными фрагментами" . Все молекулы содержащие эти фрагменты потенциально могут проявлять активность.... Значит для виртуального скрининга мы можем ограничится ISIS-base или ChemFinder и Excel ... и все?

Marxist

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение Marxist » Сб дек 26, 2009 2:20 pm

Если нас интересует именно поиск в базе, то лучше всего считается такой порядок действий:
1-2. Подобие
1-2. Фармакофор
3. Докинг
4. Визуальный анализ

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1767
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение Vanya Ivanov » Пт янв 01, 2010 10:58 pm

Да кстати о докинге. Я тут пробовал встроить молекулу аминогликозидного антибиотика обратно в А сайт РНК. Файлы типа 2ESI.pdb ..2OE8.pdb , программа AutoDoc 4.0 , алгоритм "генетического вытеснения". Поскольку вещество встраивается в жесткую РНК/ДНК с затратой энергии, то этот алгоритм будет предпочтительней, однако несколько попыток с различными условиями ничего не дали. Программа отражала, только не специфическое связывание.
Marxist, Вы не сталкивались случайно с докингом РНК\ДНК лигандов? В чем там тонкость? Все таки в нуклеиновых кислотах понятие "активного центра" - относительно.

Marxist

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение Marxist » Пт янв 01, 2010 11:16 pm

Vanya Ivanov писал(а):Marxist, Вы не сталкивались случайно с докингом РНК\ДНК лигандов? В чем там тонкость? Все таки в нуклеиновых кислотах понятие "активного центра" - относительно.
К сожалению, нет. Даже не очень представляю, что там как взаимодействует с лигандом, если это не интеркаляция.

Посмотрел на структурку в pdb... в общем, думаю, что скрининг или слепой докинг здесь трудновато проводить. А следовательно, непонятно, зачем вообще здесь применять докинг. Пытаться воспроизвести кристаллическую ориентацию?

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1767
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение Vanya Ivanov » Вт янв 05, 2010 1:49 pm

Работы по скринингу и синтезу "small-mol-ов" для ДНК/РНК с различной функциональностью набирает обороты. Я пологаю, не плохо бы, как то соорентировать синтез, тупо варить - скринировать скучно.

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12650
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение avor » Вт янв 05, 2010 5:33 pm

Vanya Ivanov писал(а):Работы по скринингу и синтезу "small-mol-ов" для ДНК/РНК с различной функциональностью набирает обороты. Я пологаю, не плохо бы, как то соорентировать синтез, тупо варить - скринировать скучно.
Возможно какую-то пользу могло бы дать изучение ДНК и РНК - связывающих белков, в смысле трехмерного строения их НК связывающих доменов, например транскрипционных факторов. А также ферментов типа РНКаз рестриктаз, ревертаз, НК-полимераз.

Аватара пользователя
nikkochem
Сообщения: 1401
Зарегистрирован: Чт ноя 26, 2009 12:47 pm
Контактная информация:

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение nikkochem » Ср янв 06, 2010 7:17 pm

Сначала нужно научиться реальный скрининг делать, активность от способа введения ох как зависит, а затем к виртуальному переходить. Как - то пришлось работать с одним институтом. Просили провести синтез серии веществ. Синтезировали, подтвердили структуру, передали клиентам - нет активности. В литобзорах есть, а у них нет и вещество в воде не растворяется. Скандал! Закупили образцы Fluka, передали - то же самое. Сравнили состав - да же примеси совпадают. Стали сравнивать методы введение - они оказались абсолютно разные. После повторных испытаний с указаным способом введения - все образцы прошли! А вы виртуальный скрининг!
Уважающие себя физики и математики обходят стороной антинаучных художников рисущих молекулы и называющих себя химиками.

Marxist

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение Marxist » Ср янв 06, 2010 7:18 pm

nikkochem писал(а): Стали сравнивать методы введение - они оказались абсолютно разные.
Типичный пример невнимательного чтения литературы, не более чем.

Аватара пользователя
nikkochem
Сообщения: 1401
Зарегистрирован: Чт ноя 26, 2009 12:47 pm
Контактная информация:

Re: Виртуальный скрининг

Сообщение nikkochem » Ср янв 06, 2010 7:50 pm

Я к тому, что для составления корректной базы данных необходим один способ введения. Технически это не всегда возможно.
Уважающие себя физики и математики обходят стороной антинаучных художников рисущих молекулы и называющих себя химиками.

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 7 гостей