COMFA

[Vanya Ivanov]

Я составлял COMFA модель, N-ских ингибиторов, и наткнулся на мысль:
- а как оценить, какое из полей больше влияет на изменение биоактивности - стерическое или електростатическое? Подскажите пожалуста, кто в курсе, где это можно посмотреть? и как посчитать?

- после расчета предсказанной биоактивности, я получаю два значения: предсказанную биоактивность
в стерическом поле и такую же активность в электростатическом поле. Просто найти среднюю величину между
двумя активностями - мне кажется, это не совсем верно, а расчитать с учетом большего влияния одного из полей это будет верней. Как поступаете Вы в данном случае?
Помогите если кто в курсе.

[Marxist]

Мне кажется, вы не совсем понимаете суть метода. На активность влияют не поля, а структура молекулы. Поля -- это дескрипторы всего лишь, и рассуждать о том, как они влияют на активность, грешно.

я получаю два значения: предсказанную биоактивность в стерическом поле и такую же активность в электростатическом поле.

WTF? лог в студию. Нет там такого.

[Vanya Ivanov]

без сомнения на биологическу активность влияет структура, но каждый дескриптор
опосредует биоактивность больше или меньше. Возможно молекула взаимодействует только
за счет фактора пространства, а электростатическое взаимодействие не существенно. Возможно.
в обычном qsar мы определяем параметры r2 и q2, чтобы убедиться в действенности дескрипторов в
уравнении, а в comfa такой оптимизации дескрипторов не предусмотрено, они определены как данность.
Как правильно усреднить значения обоих значений предсказанной биоактивности?
про wtf, - я не пользуюсь sybil, а только somfa2.

[Marxist]

без сомнения на биологическу активность влияет структура, но каждый дескриптор опосредует биоактивность больше или меньше. Возможно молекула взаимодействует только за счет фактора пространства, а электростатическое взаимодействие не существенно. Возможно. в обычном qsar мы определяем параметры r2 и q2, чтобы убедиться в действенности дескрипторов в уравнении, а в comfa такой оптимизации дескрипторов не предусмотрено, они определены как данность.

Ерунда. Очень хочется отправить вас читать классиков до просветления, но всё же объясню. Дескрипторы в методе CoMFA -- значения стерического и электростатического потенциала в точках решётки. Оптимизация PLS отбирает из этих дескрипторов важные. Если играет роль только стерический фактор, никаких электростатических полей вы не увидите, например, и результаты не будут зависеть от используемой зарядовой схемы. И q² в стандартной реализации метода тоже определяется.

Как правильно усреднить значения обоих значений предсказанной биоактивности?

Из общих соображений можно предположить, что их надо не усреднять, а складывать. Впрочем, более разумно было бы проконсультироваться с мануалом к вашей реализации метода.

[Vanya Ivanov]

Если нет оформленного ответа на прямой вопрос, то отправлять кого-то куда-то (даже и читать классиков), не очень интеллигентно, хотя "марксисты" как правило рябята простые с "рабочих окраин" - или от сохи в науку.
Мне странно слышать о том, что при реальном отсуствии взаимодействия (стерич. или электростат.) между лигандом и рецептором -мы не получим результата. В этом то и суть метода, что он формализует это взаимодействие, при любых условиях я получаю одну цифру по электростат. полу и другую (отличную от первой) по стерич. полю. Складывать эти значения я даже не пытался, это сильно завышает предсказанную активность по отношению к экспериментальной (полученной после предсказания), я высчитывал среднее из двух, а мануал предлагает метод "one live out", я таки не нашел русской аналогии этого термина в мат статистике.
В своей работе r2 и q2 зависят от конформации, алаймента, размера решетки и ячейки, а так же еще хрен занает от чего, чуть ли
не от начального положения молекулы в решетке (не уверен ?).

[Marxist]

Мда. Какая-то у вас путаница. Кажется, я ни слова не сказал про отсутствие взаимодействия между лигандом и рецептором. Не пытайтесь читать между строк. Классики, кстати, пишут, что соотносить поля, полученные данным методом, со структурой рецептора некорректно. В методе используются энергии взаимодействия с пробным атомом в узлах решётки, рецептор не используется ни в каком виде.

Опять же, я не понимаю, почему в вашей реализации метода предсказание идёт по разным полям -- в стандартной реализации оба поля учитываются. Ну сделайте подгонку уравнения по двум дескрипторам вида activity = x*steric + y*electrostatic, может получиться лучше.

Что такое "one live out", я не знаю. И гугл не знает. Есть метод "leave-one-out" (LOO), по-русски называется методом исключения по одному и применяется для перекрёстного контроля.

От начального положения молекулы в решётке ничего не зависит -- решётка строится так, чтоб включить все молекулы выборки. Если, конечно, выравнивание правильное.

[Vanya Ivanov]

Спасибо, за плодотворную идею, обязательно попробую. О методе LOO, подумаю.
Кстати, читал лет так пять назад статью американских китайцев о влиянии размера ячейки решетки и положения молекулы в решетке на параметры качества предикшина - r2 и q2. Статья мутная, но заставила оноситься аккуратней к этим параметрам. Попытаюсь в ближайшие дни отыскать эту статью, может я что не так понял в ней. Они, кстати, писали какой-то скрипт для sybil, чтобы оптимально начинать продцедуру взаимодействия пробного заряда с атомами в решетке.