определение первичной структуры тетрапептида

[Makasusha]

Доброго времени суток!помогите,пожалуйста,объяснить решение!заранее благодарна.
тетрапептид содержит в своем составе аланин,лизин,пролин и валин.Врезультате р-ции тетрапептида с 2,4-динитрофторбензолом и последующего гидролиза ДНФ-пептида 20%-ным раствором соляной к-ты был получен ДНФ-аланин.Гидролиз тетрапептида трипсином дает два соединения, одно из которых окрашивается нингидрином в сине-фиолетовый,а другое-в желтый цвет.Какова первичная структура тетрапептида?

[pH<7]

Динитрофторбензол (реактив Сангера) определяет N-концевую аминокислоту (свободная аминогруппа нуклеофильно замещает фтор). Только не понимаю, боковая аминогруппа лизина не мешает?

Сине-фиолетовую окраску с нингидрином дают первичные амины, жёлтую -- вторичные (пролин).

The aspartate residue (Asp 189) located in the catalytic pocket (S1) of trypsins is responsible for attracting and stabilizing positively-charged lysine and/or arginine, and is thus responsible for the specificity of the enzyme. This means that trypsin predominantly cleaves proteins at the carboxyl side (or "C-terminal side") of the amino acids lysine and arginine, except when either is followed by proline.

Здесь followed что значит? Нумерация ведь идёт от N-конца, значит фрагмент -LysPro- не будет гидролизоваться? Тогда мне непонятно, как получится необходимый остаток пролина.

[Marxist]

Динитрофторбензол (реактив Сангера) определяет N-концевую аминокислоту (свободная аминогруппа нуклеофильно замещает фтор). Только не понимаю, боковая аминогруппа лизина не мешает?

Такое впечатление, что либо не мешает, либо задача бумажная.

Здесь followed что значит? Нумерация ведь идёт от N-конца, значит фрагмент -LysPro- не будет гидролизоваться? Тогда мне непонятно, как получится необходимый остаток пролина.

это значит, что такого фрагмента в структуре нет -- там же первичную структуру надо определить

[Makasusha]

это получается,концевая кислота лизин или все-таки аланин?насколько я понимаю,трипсин дает возможность определить лизин?

[Serty]

Если авторы задачи знали, что связь Lys-Pro не расщепляется трипсином, то задача не имеет решения А если незнали , то H-Ala-Val-Lys-Pro-OH

[Marxist]

Если авторы задачи знали, что связь Lys-Pro не расщепляется трипсином, то задача не имеет решения А если незнали , то H-Ala-Val-Lys-Pro-OH

Ви таки неправы! Посмотрите внимательно на условие задачи!

[Serty]

Если авторы задачи знали, что связь Lys-Pro не расщепляется трипсином, то задача не имеет решения А если незнали , то H-Ala-Val-Lys-Pro-OH

Ви таки неправы! Посмотрите внимательно на условие задачи!

Укажи ошибку: DNP указывает, что Ala N-терминальный однозначно. Желтую окраску может давать только Pro, значит он С-терминальный. Если предположить, что считалось, что любая связь Lys-X щепится трипсином, то С-терминальным является -Lys-Pro-OH, ну а валин на оставшееся место. Единственное, в чем я не уверен, какую окраску будут давать дипептиды H-Pro-X-OH.

[Marxist]

Условие:

тетрапептид содержит в своем составе аланин,лизин,пролин и валин <bla-bla-bla> Какова первичная структура тетрапептида?

Почему Вы не рассматриваете вариант AKVP, удовлетворяющий всему сказанному?

[Serty]

Почему Вы не рассматриваете вариант AKVP, удовлетворяющий всему сказанному?

При гидролизе трипсином он даст H-Val-Pro-OH, а он будет давать с нингидрином фиолетовое окрашивание, так как N-терминальной аминокислотой является первичная аминокислота - Val. По крайней мере мне кажется, что характер окрашивания с нингидрином зависит от характера свободной аминогруппы.

[Marxist]

ЭЭ! Я понял. Ошибаемся мы оба. Есть решение, полностью подходящее, но только если нингидрин не различает амины и амиды.
Хотя чёрт их знает, что они имели в виду. Может, и AVKP.

[Serty]

Действительно, похоже задачка-то не очень корректо поставлена, ибо если начинается с аланина, и пептид нормальный(циклический и разветвленный по Lys дадут не ту реакцию с ДНФ), то имеем 6 вариантов:

AKVP нет желтой окр.
AKPV возможно, если сработает трипсин по KP, и дипептид красится как и пролин
APKV нет желтой окр.
APVK не щепится трпсином
AVKP возможно, если сработает трипсин по KP
AVPK не щепится трпсином

вот и вся комбинаторика

Makasusha Не скажете откуда взята задачка?

[Archeolog]

Доброго времени суток!помогите,пожалуйста,объяснить решение!заранее благодарна.
тетрапептид содержит в своем составе аланин,лизин,пролин и валин.Врезультате р-ции тетрапептида с 2,4-динитрофторбензолом и последующего гидролиза ДНФ-пептида 20%-ным раствором соляной к-ты был получен ДНФ-аланин.Гидролиз тетрапептида трипсином дает два соединения, одно из которых окрашивается нингидрином в сине-фиолетовый,а другое-в желтый цвет.Какова первичная структура тетрапептида?

Решали мы эту задачку в прошлом годе на семинаре по биохимии взята она вроде из какой-то методички МПГУ (точно не уверен). Проблемы определенные с решением были, правда к стыду своему что там к чему не помню. Попробую найти тетрадку, тогда может точно скажу.

[Makasusha]

задачка взята из методического указания для самостоятельной подготовки к лабораторным занятиям по биологической химии.3 курс.

[Алексей Хрущёв]

Всем привет!
У меня BocLys(Z)-ProOMe на ТСХ желтым был. Пластинку нагревал.
Вполне возможно что это AKVP, а то и APKV...
Хотя думаю в методе имели ввиду все же банальный AVKP

[pH<7]

Это с нингидрином? А нагревать зачем? И сильно?

[Алексей Хрущёв]

Это с нингидрином? А нагревать зачем? И сильно?

Да, проявлял нингидрином. Распылял раствор нингидрина в ацетоне на пластинку для ТСХ, а затем грел на плитке, что бы ускорить проявление. Плитка была нагрета примерно до 80 гр.