Коллега, добрый вечер! АМДИС довольно ограниченно поддерживает форматы Термо (по-моему, он легко открывает Финнигановские файлы и начинает открывать все, когда на компе уже стоит XCalibur). Лучше всего (и проще всего) просто поставить XCalibur на компьютер. Лицензию он не просит, так что это не проблема.
Или другой вариант - пользоваться прогой XConvert, чтобы конвертировать raw в AIA файлы.
Если нужен XCalibur - народ у нас тут не жадный, поделимся

В некоторые головы мысли приходят умирать...
Здравствуйте, мои любимые, до боли знакомые грабли... Давно я на вас не наступал...