Коллега, Вы абсолютно правы насчет пиков и мануала, там это действительно есть

И в учебниках тоже

Тут действительно надо просто потратить часик и почитать

Хотя, в идеале, лучше сначала почитать книжку

Насчет первого вопроса, если я Вас правильно понял, Вас интересует допустим ли выход соединений во время прохождения градиента по температуре. Если я прав - то да, это абсолютно нормально. Дам небольшое пояснение...
Итак, как известно, не все соединения могут быть определены в условиях изотермического анализа. Поэтому нами используется температурный градиент. Градиент строится из соображений получения наилучшего разделения аналитов, грубо говоря. Делить же все подряд не нужно (если не все соединения - аналиты), ибо это уже не хроматография, а порнография будет. То, что некоторые соединения выходят во время температурного градиента - нормальное, естественное явление.
Вероятно Вас смутил немного тот факт, что индексы удерживания Ковача классически считаются для изотермических условий. Не пугайтесь. В любом учебнике Вы увидите формулу для расчета индексов удерживания в условиях программируемого нагрева (температурный градиент для многих звучит как жаргонизм, поэтому не пугайтесь разным формулировкам), при этом формула будет не так уж и сильно отличаться.
Изотермический анализ - простейший случай, либо случай тонкого подбора условий, когда получается добиться разделения лишь варьируя потоки, при этом не потеряв экспрессности и эффективности.
Написал немного сумбурно, поэтому если что - Вы не стесняйтесь, спрашивайте

P.S. Было сказано о перегрузке колонки... Действительно, это очень распространенное явление. Дело в том, что меньшая толщина пленки удобна в работе, однако чем тоньше пленка - тем проще перегрузить колонку. Поэтому толщина пленки, внутренний диаметр, а также длина колонки и тип НЖФ определяются исключительно Вашими задачами.
P.P.S. Если будет что-то непонятно или будет просто лень читать книжки - можете выложить хроматограмму тут, описание условий анализа, тип НЖФ и обсудим

В некоторые головы мысли приходят умирать...
Здравствуйте, мои любимые, до боли знакомые грабли... Давно я на вас не наступал...