Программа для подсчета масс в МС

[Пушла]

Здравствуйте, коллеги!

Может ли кто из Вас поделиться экселевским вариантом сабжа для подсчета количеств компонентов в МС?

Пример. Есть МС-спектр, в котором много сигналов. Есть их точные массы. Есть исходные данные: точные массы фрагментов (н-р, фенил, бензил, ацетонитрил, вода). Вопрос: сколько и каких фрагментов нужно взять, чтобы получить конечную массу конкретного иона? Все это обсчитывается в эксель, в котором я не сильна))) Обсчитывать все вручную - не вариант. Поделитесь, плиз, если есть у кого. Или можно составить формулу. Для спецов в эксель это не проблема)))

Заранее спасибо за помощь!

[Deminolog]

Не понял, что Вы хотите получить... То ли интерпретацию спектров, то ли атомную композицию... Если второе - MS interpreter Вам поможет.

[Пушла]

Ни то, ни другое.
У меня есть фрагменты с определенной массой (не атомы, а целые куски, н-р, фенил, бензил, ацетонитрил). Масса этих кусков известна (ее можно посчитать, речь о моноизотопной массе). Вот и вопрос: сколько в моем ионе этих кусков? Именно кусков, а не атомов, т.к. спектры сложные, состав не известен. Приходится гадать в области больших масс, вариантов слишком много. Поэтому и массу я подбираю кусками-фрагментами. Хочется это автоматизировать.

[Deminolog]

Чувствую себя идиотом, причем клиническим. Я не силен в интерпретации масс-спектров, поэтому начну задавать идиотские вопросы:
1) Вот Вы получили спектр, в нем видите тропилиевый ион, какие-нибудь ряды, вроде алканового... И что Вы хотите из этого извлечь? По интенсивности получаемого иона посчитать, сколько там было кусков, способных образовать тропилиевый ион? Или что-то еще? Если смесь сложная - по-моему это как-то нереально... Может я что-то не понимаю... Можете привести статью или пример конкретный, где это показано? Нет, конечно, можно рассчитать ожидаемую интенсивность пика в масс-спектре (см. учебники Лебедева и МакЛафферти), но вот что-то мне кажется, что это немного не то...

[iskariot]

Чувствую себя идиотом, причем клиническим.

Есть такое А каким образом был получен масс-спектр? Как ионизировали - ЭУ или другими методами? детектор? Было ли проведено хроматографическое разделение смеси?

[Пушла]

Еще раз))) электроспрей, металлорганика
Смешиваем источник металла с остальной органикой. Регим спектр. Получаем 30 сигналов с характерным распеределением (это интермедиаты, которые меня интересуют), указывающим на наличие металла. Задача: установить структуру этих образовавшихся комплексов. Да, часть процессов идет в электроспрее, но все же. Делить - маразм, их итак прекрасно видно, они разрешаются, выделить их невозможно и не нужно.
Как будем спектр расшифровывать? Прикидываем, было у меня там 2 таких остатка с такой массой, 3 таких, 5 таких, может быть еще то и то, и то, и то. Сколько масса получается суммарно? Совпадает с массой на спектре? Если да - симулируем спектр, подходит - оно, нет - не оно. Если масса не совпадает (5 ппм не уложились) - не оно. И ПОДБИРАЕМ ВСЕ СНОВА. 30 сигналов - 1 спектр, а если спектров штук 20? Просто не хватит фантазии и времени перебрать все варианты, чтобы подогнать точную массу. А представьте сигнал 2513. Это ж сколько вариантов можно нафантазировать? Что я хочу:
Забиваем в эксель инфу: точные массы компонентов x, y, z, n... Забиваем диапазоны их кол-ва (например, я по распеределению вижу, что там у меня есть иод или хлор, причем 1, так и вбиваю, что компонента m обязательно 1, а вот сколько фосфора в моем конкретном комплексе - я не знаю, но его не меньше 2 и не больше 8 - это точно, ставлю границы для этого компонента. Знаю, что может цепляться ацетонитрил, т.к. в нем регили спектр, вбиваю, что компонента n с массой 41.1111 может быть от 1 молекулы до 2, т.к. больше не удержит. Такая же штука с водой и т.п. Всего таких фрагментов пара десятков - представьте это вручную подбирать???). Дальше забиваю точную массу моноизотопного сигнала, н-р, 829.4235 и границы (+- 5ппм). А эксель мне рассчитает сколько компонентов x, y, z, n с указанными массами надо взять, чтобы получить в сумме массу 829,4325 +-5 ппм. Будет там 3-5 вариантов - не больше. Для них я симулирую спектр и смотрю распределение. Задача выполнена. Это в 100 раз быстрее, чем фантазировать вручную.
Спасибо за поддержку!
Задача полностью математическая, нет тут химии)))

[Polychemist]

Попробуйте "Поиск решения".

[МОNSТА]

Ёксель-моксель таки не особо уважаем научным народом, но некоторые надстройки у него, должен прямо заявить, сделаны на совесть! Так что попробуйте, штука явно хорошо сделана!

[Лекарь МС]

Я тоже борюсь с чувством.
Или статистика написана по-другому, или это сленг такой.
А как это

829,4325 и границы (+-5ппм)

???
Это то, что означает "частей на миллион"?

[Deminolog]

Ага. Я так понял, что все-таки требуется расчет атомной композиции с учетом граничных условий...

[ Post made via iPad ]

[SkydiVAR]

Вот эту программку не смотрели?

[Пушла]

ппм это ppm Тут все просто. Есть у нас масса иона, например, 123,1324. Мы поскладывали-нарисовали формулу и получили массу 123,1234. Это оно? Вычитаем из одного значения другое, делим на значение массы из спектра и получаем число и сравниваем его с числом 5*10-6 (т.е. 5 ппм). Если наше число меньше 5ппм, значит, мы попали в предел погрешности и состав, скорее всего, найден верно. Если мы не попали, т.е. наше число больше 5 ппм, значит, это ТОЧНО не оно и можно продолжать поиски дальше. Так вот эти 5 ппм и надо забивать для массы конечного иона, в прогах-симуляторах эта штука есть и она настраиваемая, т.е. можно задать грубее или точнее. Чем грубее, тем и результатов больше будет, но они будут менее достоверными.
мне не надо атомную композицию, таких программ у меня 4 штуки. Смотрите, забиваю я в такую прогу (какую скинул SkydiVAR, за что ему спасибо) массу М+. Он мне выдает брутто типа С65Н56P5N2O5I2Pd и что это? У этого брутто состава может быть 3-4 решения или вообще может не быть. А самое смешное, что таких составов прога рисует 30-40 штук на каждую массу))) И все они укладываются в погрешность. Сиди-гадай, день-то длинный, и ночь впереди. Вот только отношения к реалиям такие формулы чаще всего не имеют.
Еще раз: вот вы все знаете прогу-симулятор (ее пример скинул SkydiVAR). ОК, заходим и ставим там границы, углерода от 10 до 20, водорода от 20 до 30, фосфора от 2 до 5 и т.п. Забиваем массу иона и тыкаем сосчитать. Он пишет возможные варианты, что вот может быть такой состав или такой, короче СxHyPz. Причем, таких решений может быть от 0 до в принципе бесконечности. Я хочу то же самое, только чтобы вместо отдельных атомов я забивала группы атомов, например, ацетонитрил с массой 41.1324, трифенилфосфин с массой 262.1234 и т.п. А прога бы мне считала, сколько каких групп у меня в моем ионе с известной массой. Именно групп атомов, а не отдельных атомов.
Друзья, я иссякла объяснять одно и то же)))
С поиском решения все понятно. Я собственно и спрашиваю: есть у кого готовое и/или мегадрузья, шарящие в эксель, для которых это дело 10 минут? А тут целая дискуссия развелась))))
неужели придется разбираться самостоятельно

[Лекарь МС]

Понятно.
Для двух компонент это ещё можно написать. У меня знакомый лихо наваял бы. Но для N-компонент...
........ двумерных таблиц.

[Пушла]

Так а в чем проблема-то? Мне нужно этих компонентов штук 30, не больше. Там это все делается для одного-двух столбцов, а далее растягивается. Т.е. сегодня мне нужно обсчитать ион, в котором 4 составляющих, а завтра 5, послезавтра 8. Т.е. в остальных столбцах просто стоит 0. Или это еще сложнее чем я думаю?)))
Хорошо, тогда, может быть, есть у кого-то друзья-программеры, которые в состоянии изменить прогу, в которой есть подсчет композиции, состоящей из атомов. Т.е. в этом файле (который можно изменить) нужно поменять точную массу, например, углерода на нужное значение и где-нить записать у себя, что С=группа 1 и держать это в уме. Также для остальных элементов. Насколько это реально? Получается, что алгоритм там уже забит, вопрос в числах, которые обсчитывает прога.

[rainman_v84]

Это пишется на любом доступном языке программирования за 10 минут.
Когда-то писал на Perl генератор брутто-формул по точной массе и допуску, получилось неплохо.

[amge]

Когда-то писал на Perl генератор брутто-формул по точной массе и допуску, получилось неплохо.

Не поделитесь программой?

[kenguru]

Интересная тема. У меня LCMS TOF в процессе пуско-наладки, надеюсь скоро заработает! Я думаю, что возникнут такие же вопросы, как и у Вас. К тому времени, надеюсь, Вы обретёте, то чего хотите.
Поиск по массам, это известная вещь (у меня, кстати, высокого разрешения, до 4-го знака после запятой) рассчёт брутто-формулы и т.д. и т.п. Я сталкивался с такой проблемой о которой в говорите, кога на массу даётся огромное число вариантов брутто-формулы. Дальше, я не стал углубляться, т.к. пока не коснулось, тем не менее, интересно, как будет зависеть число вариантов формул от точности определённой массы? ПО юзаю масс-хантер, там есть много возможностей, и одино из приложений, как раз по этой теме, но честно говоря, я ещё не разобрался с ним до конца.
Всё это я к тому, можно ли будет в последствии обратиться к Вам за советом по этой теме и как это можно будет сделать (написать или позвонить)?
Спасибо.