Обработка ЯМР
Re: Обработка ЯМР
У меня чисто теоретический интерес, обрабатывать ничего не надо. Просто, мне кажется, что делать фитинг руками в Ориджине для этой задачи - очень непрактично. По этому и спрашиваю, может там есть более удобные способы?
Fitting - же англиское слово. Как хочу его так и пишу, хоть транслитом. Предлагаю то, что Вас бесит, и что Вы ненавидите оставить вне форума.
Fitting - же англиское слово. Как хочу его так и пишу, хоть транслитом. Предлагаю то, что Вас бесит, и что Вы ненавидите оставить вне форума.
Последний раз редактировалось duke2003 Вт мар 13, 2012 9:26 pm, всего редактировалось 1 раз.
-
- Сообщения: 9448
- Зарегистрирован: Вт дек 21, 2004 11:42 am
Re: Обработка ЯМР
Как я понимаю, аппроксимация несколькими гауссовыми кривыми в Origin делается автоматически, как - не знаю, мой аспирант как-то разобрался за несколько часов. Я вообще-то хотел сказать другое - правка базовой при перекрывающихся полосах заведомо ведёт к ошибкам. Более правильный путь - разобрать общую кривую на несколько отдельных и потом каждую проинтегрировать. Origin - лишь один из вариантов. Их должно быть много, включая бесплатные, Гугл должен знать.
Re: Обработка ЯМР
Ну, на счет терминов. Есть вполне себе корректные и общепринятые, вроде подбора параметров зависимости. Но, действительно, не стоит об этом.
Из бесплатных программ могу посоветовать Fityk. C одним нюансом: программа некогда была абсолютно бесплатной, сейчас - за деньги. Но с официального сайта до сих пор можно скачать предыдущие бесплатные версии, то есть автор им кислород не перекрыл. Они имеют разные варианты коррекции фона, различные достаточно сложные функции для пиков, автоматическую подгонку (после обязательного ручного вмешательства, задающего начальные приближения). На моем стареньком рабочем компе, правда, програма нещадно тормозила, да и с разделением пиков мне редко приходится работать. В общем, не пошла у меня программка, но функционал понравился.
Из бесплатных программ могу посоветовать Fityk. C одним нюансом: программа некогда была абсолютно бесплатной, сейчас - за деньги. Но с официального сайта до сих пор можно скачать предыдущие бесплатные версии, то есть автор им кислород не перекрыл. Они имеют разные варианты коррекции фона, различные достаточно сложные функции для пиков, автоматическую подгонку (после обязательного ручного вмешательства, задающего начальные приближения). На моем стареньком рабочем компе, правда, програма нещадно тормозила, да и с разделением пиков мне редко приходится работать. В общем, не пошла у меня программка, но функционал понравился.
Re: Обработка ЯМР
Этот процесс называется лоренцевская/гауссовская деконволюция, во всех нормальных пакетах для обработки ЯМР он есть. В родном брукеровском топспине вызывается командой dcon.
Re: Обработка ЯМР
Полностью согласен. Единственно ваше спасение, это попробовать сделать деконволюцию. И делать ее умеют многие, очень многие программыЭтот процесс называется лоренцевская/гауссовская деконволюция...
(начиная от origin и заканчивая Mathematica (4.1 уже это умела, нынешняя 8 более чем уверен продолжает традиции)).
Мой знакомый на этом добрую часть диссера сделал. При чем он работал не только с данными ямр но с уф. По его отзывам очень продуктивный подход.
ps поглядите в линке там вроде примера по деконволюции спектра
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
- ChemNavigator
- Сообщения: 2086
- Зарегистрирован: Пт янв 28, 2005 3:02 am
Re: Обработка ЯМР
А почему бы не взять CCl4 (в нём Ваш образец должен растворяться) и не высушить его?max_pro писал(а):В ацетоне и ДМСО образец не растворим... Единственное, что мне приходит в голову - по максимуму высушить дейтероDCM. Да кто ж мне его даст...
Re: Обработка ЯМР
Насколько мне известно, современные ЯМР спектрометры устроены таким образом, что им в любом случае необходим дейтерий для настройки прибора. Поэтому чистый CCl4, даже с применением внутреннего стандарта, не подойдёт.ChemNavigator писал(а):max_pro писал(а): А почему бы не взять CCl4 (в нём Ваш образец должен растворяться) и не высушить его?
Ситуация решиться, скорее всего, когда мы купим достаточное кол-во дейтеро-DCM, и по-человечески его высушим...
А насчёт точности эксперимента хочу сказать, что если удастся добиться точности в 5-10%, то это нам уже будет за счастье
Re: Обработка ЯМР
Подойдет - я делал неоднократно (и не только с ССl4, была ситуация, когда полгода не работал lock). Вот статья о бездейтериевом ЯМРПоэтому чистый CCl4, даже с применением внутреннего стандарта, не подойдёт.
Tyrans descendez au cercueil!!!
Re: Обработка ЯМР
Спасибо, буду изучать!
Re: Обработка ЯМР
Главное - это только для 1Н. С13 не получится, как и любой эксперимент с долгим накоплением - поле уползёт.
Tyrans descendez au cercueil!!!
Re: Обработка ЯМР
:Offtopic:
P.S. Спрашиваю потому, что Origin неплох для fitting (извините мой французский ), да и в целом, самый универсальный пакет для работы с графиками. И эту задачу, в крайнем случае, Origin-ом тоже можно было бы решать.
А чем пользуетесь (предполагаю, что не Excel, по крайней мере для графопостроения) ? KaleidaGraph ?MONSTA писал(а): Лично я ненавижу Ориджин.
P.S. Спрашиваю потому, что Origin неплох для fitting (извините мой французский ), да и в целом, самый универсальный пакет для работы с графиками. И эту задачу, в крайнем случае, Origin-ом тоже можно было бы решать.
Re: Обработка ЯМР
Labplot
qtiplot
scidavis
свободные!!!!!
qtiplot
scidavis
свободные!!!!!
Re: Обработка ЯМР
Спасибо, будет интересно посмотреть.Cherep писал(а):Labplot ... свободные!!!!!
Re: Обработка ЯМР
Итоги: Labplot - вроде только под Линь, qtiplot - поигрался, и, замечу, очень неплохо (правда версия "неофициальная", т.е. могут быть сбои, но я их не видел. С импортом из Origin тоже неплохо - стили конечно коверкает страшно, но это не критично), и действительно очень просто переходить после Origin - это почти точный клон. SciDavis - слабо, нет даже индивидуальной адресации ячеек.
В итоге, под Windows рекомендовал бы сразу пробовать qtiplot.
P.S. Попробовал заодно Fityk - увы, вылетел на 5-ой секунде пользования. Программа действительно нестабильна (может потому, что уменя Win 64, хотя скорее просто программа сырая). Пользоваться наверно можно, но с такими "фичами" неинтересно.
В итоге, под Windows рекомендовал бы сразу пробовать qtiplot.
P.S. Попробовал заодно Fityk - увы, вылетел на 5-ой секунде пользования. Программа действительно нестабильна (может потому, что уменя Win 64, хотя скорее просто программа сырая). Пользоваться наверно можно, но с такими "фичами" неинтересно.
Re: Обработка ЯМР
замечу, что "неофициальная" означает, что аффтар не заботится о любителях форточек и просто распространяет исходники, а энтузиасты их компилируют под венды... ну насколько возможно
Re: Обработка ЯМР
вернее, под венды вроде аффтар барыгует за деньги, но распространяет исходники
GPL она такая... добрая
GPL она такая... добрая
Re: Обработка ЯМР
GraFit, старый, еще под Win 3.0. Есть проблемы с большими массивами данных, а так - просто идеал.IB писал(а):А чем пользуетесь (предполагаю, что не Excel, по крайней мере для графопостроения) ?
Re: Обработка ЯМР
Я, конечно, не большой специалист в ЯМР. Но недавно открыл для себя вполне адекватный для просмотра и анализа спектров ЯМР программный пакет, входящий в бесплатный набор от ACD/Labs: ACD/NMR Proccesor Academic Edition. Может кому поможет в поиске ПО для спектров.
По сравнению c MestreC, на мой взгляд, более удобен и бесплатен . Скачать саму программу можно с оф. сайта после регистрации.
PS: файлы спектров от ЯМР-спектрометров Bruker Avance 400 и 500.
По сравнению c MestreC, на мой взгляд, более удобен и бесплатен . Скачать саму программу можно с оф. сайта после регистрации.
PS: файлы спектров от ЯМР-спектрометров Bruker Avance 400 и 500.
Выполнение любого научного задания включает шесть стадий:
1) энтузиазм;
2) разочарование;
3) паника;
4) поиск виноватого;
5) наказание невиновного;
6) похвала и почести тем, кто в работе не участвовал.
©
1) энтузиазм;
2) разочарование;
3) паника;
4) поиск виноватого;
5) наказание невиновного;
6) похвала и почести тем, кто в работе не участвовал.
©
Re: Обработка ЯМР
Агга, золотое правило: в любой непонятной ситуации раскладывайте на гауссы (лоренцы, полиномы, экспоненты, ряд Фурье)Polychemist писал(а):Вообще-то, если охота делать такие вещи правильно - разлагайте на гауссовы (лоренцовы и пр.) кривые. Origin точно умеет, наверняка есть и бесплатные, а уж потом интегрируйте.
Make quantum chemistry, not war
Re: Обработка ЯМР
1) под GNU/Linux есть?Eugene писал(а): входящий в бесплатный набор от ACD/Labs: ACD/NMR Proccesor Academic Edition. Может кому поможет в поиске ПО для спектров.
2) Спектры в графическом формате ps или eps или pdf экспортирует?
3) В двумерных спектрах можно выставить по всем 4-м сторонам одномерные? Не проэкции из двумерника, а именно одтельно снятые одномерные?
4) Размер шрифта для интегралов, шкалы, пиков меняется?
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 48 гостей