координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)

[Hitman]

Здравствуйте!
Помогите разобраться в таком вопросе: в каком формате хранятся координаты атомов в
cif файлах (файлы Кембриджской базы данных). Я предположил что это fractional coordinates (по-русски они, кажется называются косоугольные).
Попробовал сделать перевод из косоугольных в декартовы, как описано здесь http://en.wikipedia.org/wiki/Fractional_coordinates и сравнить
с тем, что получится, если сохранить cif-файл в формате pdb или mol. Оказалось, что они не совпадают
Возможно это связано с тем начало этих двух координатных систем не находиться в одной точке?
Если кто-нибудь сталкивался с данной проблемой, подскажите в чем дело.

[ИСН]

Было бы странно, если бы совпадали! Действительно, pdb не регламентирует ни положение, ни ориентацию молекулы.

[Marxist]

При корректном экспорте координаты не должны меняться

[ИСН]

Не гони.

[Marxist]

А с чего им меняться? нули совпадают, преобразование координат однозначно

[ИСН]

Нули не обязаны совпадать. Файл pdb ничего не знает о ячейке - почему бы ему не иметь ноль где-нибудь в другом месте? Да и ориентацию заодно.

[Marxist]

С чего вдруг ему выбирать ноль и ориентацию? Принцип минимальных затрат. Можно ещё покурить код бабеля; кстати, я не удивлюсь, если ТС пользуется каким-то странным софтом, на что намекает "сохранить как", а у бабеля всё в порядке.

[ИСН]

Ну, поехали абстракции. Ты мне будешь рассказывать, как работает кристаллографический софт? "C чего бы ему расстреливать мирную демонстрацию". Значит, было с чего!
Может быть, он приводит молекулу к главным осям. Может, хотя бы переносит её центр в начало координат. Это, например, чтобы облегчить сравнимость молекул, полученных из разных структур. Или из одной структуры, но в разных выборах ячейки.

[Marxist]

На все эти предположения сразу следует ответный вопрос: "Зачем?". Просто софту для молекулярного моделирования такое продвинутое поведение несвойственно.

[ИСН]

Это, например, чтобы облегчить сравнимость молекул, полученных из разных структур. Или из одной структуры, но в разных выборах ячейки.

[Marxist]

Тем не менее, это контринтуитивное поведение программы, вследствие чего жизнь усложняется, а не облегчается. Почему люди обязательно должны сравнивать молекулы, полученные из разных структур?

[ИСН]

Затем, чтобы узнать, чем они отличаются. Да ёлки в рот! Это как раз интуитивное, а наоборот было бы контр. Описание целой структуры и описание молекулы - две разных абстракции, и то, что в одной из них является существенной частью (конкретно - вот эта информация о начале координат ячейки), в другой становится мешающим мусором. Это как ты хочешь пройти на Химфак, а тебе говорят нет, покажи-ка сначала паспорт, диплом, свидетельство о рождении, банковские документы. Ты такой - да вот же пропуск! А они такие - а неееет, это у вас контринтуитивное поведение, почему это Вы представляетесь там одним документом, а здесь другим...

[Marxist]

А что, cif без преобразования сравнивать нельзя?

[ИСН]

Нет. Может, там, кроме интересующей нас молекулы, ещё какая-то хрень. Может, ячейки разные. Мало ли.

[Marxist]

А если по теме, проблема ТС непонятна. Форматы все вроде стандартизованы и описаны. Ему хочется парсер написать или преобразовать координаты или что?

[Himera]

Мне тоже не очень ясна подоплёка вопроса. Проверить правильность перехода к декартовым координатам? -- Так посчитайте межатомные расстояния, в прямоугольных координатах это просто.

Не знаю, насколько точна Википедия, но вот тут я в своё время выкладывал матрицу, которой сам пользуюсь. И да -- ИСН прав -- преобразование периодической системы к конечной (finite) не может быть однозначным.

[Hitman]

Доброго времени суток!

При корректном экспорте координаты не должны меняться

Тем не менее, если экспортировать через Mercury, они меняются. Видимо ета программка ничего не знает о принципе минимальных затрат
А бабель еще не пробовал, благодарю за подсказку
Для чего это мне нужно? Объяснять долго, но все таки-попробую )
Мне нужно написать прогу для получения ближайшего окружения молекулы в кристалле, чтобы потом посчитать кой-какие характеристики,
типа межатомных расстояний и т.д. Да, я знаю, что многие проги это умеют, но мне это нужно проделать для ОЧЕНЬ большого количесства структур.
Поэтому решил написать сам). А поскольку я с кристаллографией не очень, то решил генерировать молекулы в меркури, сохранять координаты, и проверять себя по ним, т. е. правильно ли я выполнил симметричные преобразования. Только вот оказалось, что в сиф файлах косоугольные координаты, а в пдб - декартовы(, и переход за ними не такой уж однозначный.
такая вот подоплека вопроса)
P.S. Himera, благодарю за матрицу, буду смотреть.

[Hitman]

Попробовал переводить координаты через бабель - результат тот же(
В том смысле, что совпадает с Mercury.
Himera, попробовал посчитать по Вашей матрице, результат получился отличный от первых двух ,
кроме того первая координата получилась на порядок больше, чем нужно. У себя вроде ошибки не нашел.

Вопрос к кристаллографам: как можно учесть изменение начала координат в таком случае? или может кто-нибудь знает,
исходя из каких принципов происходит его перемещение? (e.g. в центр масс, в геометрический центр или еще как )

[Himera]

У Вас с моей матрицей неправильные расстояния получились? Или просто отличные от других программ координаты? Если второе, то это нормально, поскольку каждая программа сама решает как направить декартовы оси. В моей матрице на месте остаётся ось 'c'. Оси 'a' и 'b' подстраиваются.

Вопрос к кристаллографам: как можно учесть изменение начала координат в таком случае? или может кто-нибудь знает,
исходя из каких принципов происходит его перемещение? (e.g. в центр масс, в геометрический центр или еще как )

Исходя из элементов симметрии (кристаллографических). Для центросимметричных групп начало координат в центре инверсии, для нецентросимметричных регламентировано положение элементов симметрии (например, в группе P2 ось второго порядка должна иметь x=0, z=0). Наконец, в группе P1 начало координат может быть где угодно.

[Marxist]

А вот интересно, нормально ли в данном случае работает мегапрога PLATON?