Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
Cherep
Сообщения: 23169
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Cherep » Вс авг 16, 2009 3:06 pm

Ситуация такова, что спектры записываются на брюкеровских машинах. К родному TopSpin доступа не дают. Спектры выкладывают на сетевой диск.

Пробовал Delta от JEOL. Вещь хорошая, современная, интерактивная. Но есть баги в конвертации двумерных спектров (не понимает параметр O2). В итоге во втором измерении - левая шкала с нулём в центре. Впринципе, если есть углеродник, то можно откалибровать заново. Если его нет, то хз, как с этим бороться.

Установил сегодня GIFA.
Опять таки проблема с конверацией от брюкера. Даже одномерника.
ux2cach работать отказывается, не понимает те параметры которые я в командной строке пишу. Вобщемто, не исключена ошибка с моей стороны, но спросить некого.

Тут ещё упоминали NMRPipes.
viewtopic.php?p=171454#p171454
Написал мыло чуваку, который там его раздаёт. Посмотрим.

Вот интересно мнение общественности о сабже.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2781
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение EvgeniX » Вс авг 16, 2009 8:35 pm

Есть же TopSpin для Linux. И лицензия на софт от брюквы подразумевает возможность установки на 2-3 машины.
Ещё, говорят, у нас в России есть отученная от жадности версия TopSpin.

Плюс есть демо версии, которые можно запросить через инет.

Cherep
Сообщения: 23169
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Cherep » Вс авг 16, 2009 8:43 pm

Да есть то она может и есть. Жадный брюкер. Нет чтоб старый XWinNMR нахоляву выложить :evil:
Отученная версия подразумевает пиратство :|

И сколько той демо-версией пользоваться?

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2781
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение EvgeniX » Вс авг 16, 2009 9:43 pm

Cherep писал(а):Да есть то она может и есть. Жадный брюкер. Нет чтоб старый XWinNMR нахоляву выложить :evil:
Отученная версия подразумевает пиратство :|

И сколько той демо-версией пользоваться?
У нас всё лицензионное :-)
Демо-версия вроде 3 месяца (там есть какие-то ограничения на функционал, но на обработку спектров они вроде бы не распространяются). Но можно ещё запросить (возможно, поменяв e-mail ;-) )

А вообще когда специалисты брюквы поставили на компьютер с купленной безграничной по времени лицензией временную на полгода, мы ещё года полтора переводили часы назад, и ничего %)

PS: https://www.bruker-biospin.com/nmr_lice ... uests.html
https://www.bruker-biospin.com/fileadmi ... .html#demo

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2781
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение EvgeniX » Вс авг 16, 2009 9:49 pm

Кстати, ни у кого не было проблем с настройкой цветного принтера в TopSpin?
Есть какие-то проблемы то ли в виртуальной машине жаба, то ли в самом TopSpin
(при работе через CUPS, библиотеку .so поставили, топспин ни на что не жалуется и не печатает, при выборе CUPS).

Cherep
Сообщения: 23169
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Cherep » Пн авг 17, 2009 9:00 pm

Cherep писал(а):Опять таки проблема с конверацией от брюкера. Даже одномерника.
ux2cach работать отказывается, не понимает те параметры которые я в командной строке пишу. Вобщемто, не исключена ошибка с моей стороны, но спросить некого.
Конвертацию осилил.
Но почемуто шкалы в какихто странных единицах. Впрочем, нодо читать мануал.

Toox
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Ср фев 11, 2009 12:05 pm

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Toox » Вт авг 18, 2009 8:53 am

Попробуйте еще SpinWorks

Код: Выделить всё

http://www.umanitoba.ca/chemistry/nmr/spinworks/
Сам про этот софт ничего сказать не могу, почти не использовал
поскольку был доступ к более привычному Topspin.
(Кстати фишка с переводом системных часов по-прежнему работает)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение amge » Вт авг 18, 2009 10:07 am

Toox писал(а):Попробуйте еще SpinWorks
Но SpinWorks -- это для win (впрочем, можно пытаться запустить из-под wine, 2-ю версию точно можно запустить, 3-ю, которая зависит от .NET, не знаю). Родоначальник SpinWorks, xsim -- он для *nix, но уже давным-давно заброшен.

По теме. Можно посмотреть на NMRPipe. (Если будете пробовать эту программу, поделитесь, пожалуйста, впечатлениями).
Upd: Прошу прощения, невнимательно прочитал 1-й пост. Но впечатления все равно интересуют.
Последний раз редактировалось amge Вт авг 18, 2009 11:17 am, всего редактировалось 1 раз.

Toox
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Ср фев 11, 2009 12:05 pm

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Toox » Вт авг 18, 2009 10:52 am

amge писал(а):
Toox писал(а):Попробуйте еще SpinWorks
Но SpinWorks -- это для win
да, сорри за невнимательность

Cherep
Сообщения: 23169
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Cherep » Вт авг 18, 2009 12:30 pm

amge писал(а):Но SpinWorks -- это для win (впрочем, можно пытаться запустить из-под wine, 2-ю версию точно можно запустить, 3-ю, которая зависит от .NET, не знаю).
Кстати автор Spinworks пишет у себя, что де есть такие слухи, что 2-я из под wine работает. Может ему сообщить, что это не только слухи :wink:

Cherep
Сообщения: 23169
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Cherep » Вт авг 18, 2009 1:38 pm

:attacking:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Cherep
Сообщения: 23169
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Cherep » Вт авг 18, 2009 3:46 pm

Frank Delaglio ответил
Вобщем NMRPipes требует работы в C-shell а не в bash
Бум думать

Cherep
Сообщения: 23169
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Cherep » Сб авг 22, 2009 6:51 pm

Встало без шаманства
Upd1:
1) OpenSuse 10.2
2) Debian Etch 4.01

Upd: В мануале без пол-литры не разобраться... Я немного разбираюсь в параметрах процессинга от Bruker, но не настолько крут :issue:

Upd2:
Тут ознакомительная брошюра для омериканских студентофф

Код: Выделить всё

http://tesla.ccrc.uga.edu/courses/BioNMR2005/labs/nmrdraw.pdf
Там хоть какие-то комментарии к скриптам есть.

И оффтопик: не могу себе представить подобной для наших :evil:

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3627
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Ahha » Вс авг 23, 2009 3:25 pm

Cherep писал(а):И оффтопик: не могу себе представить подобной для наших
В смысле? Русского мануала именно к этой программе, или подробного мануала на русском по конвертации-обработке спектров вообще?
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Cherep
Сообщения: 23169
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Cherep » Пн авг 24, 2009 1:57 pm

Ahha писал(а):В смысле? Русского мануала именно к этой программе, или подробного мануала на русском по конвертации-обработке спектров вообще?
Мануал тот к студенческой (а может аспирантской) лабораторной работе по био-ЯМР.

Cherep
Сообщения: 23169
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Cherep » Пн авг 24, 2009 2:01 pm

Вчера с помощью nmrPipes переобразовал noesygpqf эксперемент от Брюкера (то есть сначала в формат nmrPipes а потом преобразования Фурье). Фазирование, распечатку проводил в Delta. В конечном итоге получил цветную картинку eps

Надо скзать, что потом я попытался распечатать ещё один подобный эксперимент. Но почемуто в Delta после фазирования напрочь пропали сигналы в отрицательной фазе. :shock: До ручного фазирования они были... но были очень слабыми, но брюкеровский софт видимо с этим проблем не имеет. :? :issue:

Rusia
Сообщения: 190
Зарегистрирован: Пн авг 06, 2007 9:35 pm

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Rusia » Чт сен 24, 2009 12:00 pm

NMRpipe мне показался неудобным. Что-то не могу ничего найти, чтобы нормально открывать вариановские спектры (vnmrj требует не только плясок с бубном но и ещё пару жертвоприношений - не могу даже на redhat поставить)

Cherep
Сообщения: 23169
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Cherep » Чт сен 24, 2009 2:56 pm

Я так понял, что nmrpipes только для конвертации и преобразований Фурье, но не для визуализации. Хотя там есть софтина nmrdraw для просмотра результатов. Но автор сам пишет про NMRViewJ 9это жесть какаято) и ещё несколько альтернатив.

На "красную шапку" не ставил. Но два дистрибутива опробовал. См выше.

Rusia
Сообщения: 190
Зарегистрирован: Пн авг 06, 2007 9:35 pm

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Rusia » Чт сен 24, 2009 11:41 pm

Cherep писал(а):На "красную шапку" не ставил. Но два дистрибутива опробовал. См выше.
а без разницы - брюква/вариан?

Cherep
Сообщения: 23169
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux

Сообщение Cherep » Пт сен 25, 2009 12:05 am

вариановских у мну нема

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 8 гостей