Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
Ситуация такова, что спектры записываются на брюкеровских машинах. К родному TopSpin доступа не дают. Спектры выкладывают на сетевой диск.
Пробовал Delta от JEOL. Вещь хорошая, современная, интерактивная. Но есть баги в конвертации двумерных спектров (не понимает параметр O2). В итоге во втором измерении - левая шкала с нулём в центре. Впринципе, если есть углеродник, то можно откалибровать заново. Если его нет, то хз, как с этим бороться.
Установил сегодня GIFA.
Опять таки проблема с конверацией от брюкера. Даже одномерника.
ux2cach работать отказывается, не понимает те параметры которые я в командной строке пишу. Вобщемто, не исключена ошибка с моей стороны, но спросить некого.
Тут ещё упоминали NMRPipes.
viewtopic.php?p=171454#p171454
Написал мыло чуваку, который там его раздаёт. Посмотрим.
Вот интересно мнение общественности о сабже.
Пробовал Delta от JEOL. Вещь хорошая, современная, интерактивная. Но есть баги в конвертации двумерных спектров (не понимает параметр O2). В итоге во втором измерении - левая шкала с нулём в центре. Впринципе, если есть углеродник, то можно откалибровать заново. Если его нет, то хз, как с этим бороться.
Установил сегодня GIFA.
Опять таки проблема с конверацией от брюкера. Даже одномерника.
ux2cach работать отказывается, не понимает те параметры которые я в командной строке пишу. Вобщемто, не исключена ошибка с моей стороны, но спросить некого.
Тут ещё упоминали NMRPipes.
viewtopic.php?p=171454#p171454
Написал мыло чуваку, который там его раздаёт. Посмотрим.
Вот интересно мнение общественности о сабже.
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
Есть же TopSpin для Linux. И лицензия на софт от брюквы подразумевает возможность установки на 2-3 машины.
Ещё, говорят, у нас в России есть отученная от жадности версия TopSpin.
Плюс есть демо версии, которые можно запросить через инет.
Ещё, говорят, у нас в России есть отученная от жадности версия TopSpin.
Плюс есть демо версии, которые можно запросить через инет.
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
Да есть то она может и есть. Жадный брюкер. Нет чтоб старый XWinNMR нахоляву выложить
Отученная версия подразумевает пиратство
И сколько той демо-версией пользоваться?
Отученная версия подразумевает пиратство
И сколько той демо-версией пользоваться?
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
У нас всё лицензионноеCherep писал(а):Да есть то она может и есть. Жадный брюкер. Нет чтоб старый XWinNMR нахоляву выложить
Отученная версия подразумевает пиратство
И сколько той демо-версией пользоваться?
Демо-версия вроде 3 месяца (там есть какие-то ограничения на функционал, но на обработку спектров они вроде бы не распространяются). Но можно ещё запросить (возможно, поменяв e-mail )
А вообще когда специалисты брюквы поставили на компьютер с купленной безграничной по времени лицензией временную на полгода, мы ещё года полтора переводили часы назад, и ничего %)
PS: https://www.bruker-biospin.com/nmr_lice ... uests.html
https://www.bruker-biospin.com/fileadmi ... .html#demo
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
Кстати, ни у кого не было проблем с настройкой цветного принтера в TopSpin?
Есть какие-то проблемы то ли в виртуальной машине жаба, то ли в самом TopSpin
(при работе через CUPS, библиотеку .so поставили, топспин ни на что не жалуется и не печатает, при выборе CUPS).
Есть какие-то проблемы то ли в виртуальной машине жаба, то ли в самом TopSpin
(при работе через CUPS, библиотеку .so поставили, топспин ни на что не жалуется и не печатает, при выборе CUPS).
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
Конвертацию осилил.Cherep писал(а):Опять таки проблема с конверацией от брюкера. Даже одномерника.
ux2cach работать отказывается, не понимает те параметры которые я в командной строке пишу. Вобщемто, не исключена ошибка с моей стороны, но спросить некого.
Но почемуто шкалы в какихто странных единицах. Впрочем, нодо читать мануал.
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
Попробуйте еще SpinWorks
Сам про этот софт ничего сказать не могу, почти не использовал
поскольку был доступ к более привычному Topspin.
(Кстати фишка с переводом системных часов по-прежнему работает)
Код: Выделить всё
http://www.umanitoba.ca/chemistry/nmr/spinworks/
поскольку был доступ к более привычному Topspin.
(Кстати фишка с переводом системных часов по-прежнему работает)
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
Но SpinWorks -- это для win (впрочем, можно пытаться запустить из-под wine, 2-ю версию точно можно запустить, 3-ю, которая зависит от .NET, не знаю). Родоначальник SpinWorks, xsim -- он для *nix, но уже давным-давно заброшен.Toox писал(а):Попробуйте еще SpinWorks
По теме. Можно посмотреть на NMRPipe. (Если будете пробовать эту программу, поделитесь, пожалуйста, впечатлениями).
Upd: Прошу прощения, невнимательно прочитал 1-й пост. Но впечатления все равно интересуют.
Последний раз редактировалось amge Вт авг 18, 2009 11:17 am, всего редактировалось 1 раз.
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
да, сорри за невнимательностьamge писал(а):Но SpinWorks -- это для winToox писал(а):Попробуйте еще SpinWorks
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
Кстати автор Spinworks пишет у себя, что де есть такие слухи, что 2-я из под wine работает. Может ему сообщить, что это не только слухиamge писал(а):Но SpinWorks -- это для win (впрочем, можно пытаться запустить из-под wine, 2-ю версию точно можно запустить, 3-ю, которая зависит от .NET, не знаю).
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
Frank Delaglio ответил
Вобщем NMRPipes требует работы в C-shell а не в bash
Бум думать
Вобщем NMRPipes требует работы в C-shell а не в bash
Бум думать
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
Встало без шаманства
Upd1:
1) OpenSuse 10.2
2) Debian Etch 4.01
Upd: В мануале без пол-литры не разобраться... Я немного разбираюсь в параметрах процессинга от Bruker, но не настолько крут
Upd2:
Тут ознакомительная брошюра для омериканских студентофф
Там хоть какие-то комментарии к скриптам есть.
И оффтопик: не могу себе представить подобной для наших
Upd1:
1) OpenSuse 10.2
2) Debian Etch 4.01
Upd: В мануале без пол-литры не разобраться... Я немного разбираюсь в параметрах процессинга от Bruker, но не настолько крут
Upd2:
Тут ознакомительная брошюра для омериканских студентофф
Код: Выделить всё
http://tesla.ccrc.uga.edu/courses/BioNMR2005/labs/nmrdraw.pdf
И оффтопик: не могу себе представить подобной для наших
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
В смысле? Русского мануала именно к этой программе, или подробного мануала на русском по конвертации-обработке спектров вообще?Cherep писал(а):И оффтопик: не могу себе представить подобной для наших
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
Мануал тот к студенческой (а может аспирантской) лабораторной работе по био-ЯМР.Ahha писал(а):В смысле? Русского мануала именно к этой программе, или подробного мануала на русском по конвертации-обработке спектров вообще?
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
Вчера с помощью nmrPipes переобразовал noesygpqf эксперемент от Брюкера (то есть сначала в формат nmrPipes а потом преобразования Фурье). Фазирование, распечатку проводил в Delta. В конечном итоге получил цветную картинку eps
Надо скзать, что потом я попытался распечатать ещё один подобный эксперимент. Но почемуто в Delta после фазирования напрочь пропали сигналы в отрицательной фазе. До ручного фазирования они были... но были очень слабыми, но брюкеровский софт видимо с этим проблем не имеет.
Надо скзать, что потом я попытался распечатать ещё один подобный эксперимент. Но почемуто в Delta после фазирования напрочь пропали сигналы в отрицательной фазе. До ручного фазирования они были... но были очень слабыми, но брюкеровский софт видимо с этим проблем не имеет.
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
NMRpipe мне показался неудобным. Что-то не могу ничего найти, чтобы нормально открывать вариановские спектры (vnmrj требует не только плясок с бубном но и ещё пару жертвоприношений - не могу даже на redhat поставить)
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
Я так понял, что nmrpipes только для конвертации и преобразований Фурье, но не для визуализации. Хотя там есть софтина nmrdraw для просмотра результатов. Но автор сам пишет про NMRViewJ 9это жесть какаято) и ещё несколько альтернатив.
На "красную шапку" не ставил. Но два дистрибутива опробовал. См выше.
На "красную шапку" не ставил. Но два дистрибутива опробовал. См выше.
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
а без разницы - брюква/вариан?Cherep писал(а):На "красную шапку" не ставил. Но два дистрибутива опробовал. См выше.
Re: Процессинг ЯМР спектров, софт под GNU/Linux
вариановских у мну нема
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 15 гостей