Визуализация молекулы

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
Ответить
Zabolot
Сообщения: 121
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2012 7:45 pm

Визуализация молекулы

Сообщение Zabolot » Ср июн 29, 2022 7:42 am

Уважаемые коллеги, прошу поделиться опытом.

Для визуализации структур пользуюсь Mercury ССDC. Есть одна молекулярная структура в формате cif. Можно редактировать ее в GaussView (научился на старости лет), перевести в формат любой другой.

Возникла потребность визуализировать молекулу таким образом (см. картинку) вместо привычного "ball&stick" представления. А в бесплатном Меркьюри оно почему-то не получается.
Как из cif-структуры сделать такое представление? Наверное, особая софтина нужна? Есть ли что подходящее и бесплатное, по бедности?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Sartorius84
Сообщения: 1073
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Визуализация молекулы

Сообщение Sartorius84 » Ср июн 29, 2022 9:53 am

Это же atomic displacement ellipsoids? А есть ли в cif эта информация вообще?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Визуализация молекулы

Сообщение amge » Ср июн 29, 2022 11:04 am

Olex2 может открыть cif и генерировать векторную картинку (eps) такого вида. При генерировании уже можно кое-что задавать (толщину линий и связей, размер водородов, ...). Кроме того, если картинка векторная (а она у олекс получается весьма хорошего качества), то можно в редакторе векторной графики (например, в Inkscape) дальше ее по-редактировать, это гораздо проще, чем возиться с растровыми картинками.

Sartorius84
Сообщения: 1073
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Визуализация молекулы

Сообщение Sartorius84 » Ср июн 29, 2022 11:08 am

amge писал(а):
Ср июн 29, 2022 11:04 am
Olex2 может открыть cif и генерировать векторную картинку (eps) такого вида. При генерировании уже можно кое-что задавать (толщину линий и связей, размер водородов, ...). Кроме того, если картинка векторная (а она у олекс получается весьма хорошего качества), то можно в редакторе векторной графики (например, в Inkscape) дальше ее по-редактировать, это гораздо проще, чем возиться с растровыми картинками.
Хм А откуда колебательные эллипсоиды атомов появятся?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Визуализация молекулы

Сообщение amge » Ср июн 29, 2022 11:31 am

Так из цифа... Уж не знаю, как эти эллипсоиды должны правильно называться, но если в цифе координаты приведены с погрешностями (в скобках после каждой координаты), то меркури и олекс какие-то эллипсоиды рисуют.

Sartorius84
Сообщения: 1073
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Визуализация молекулы

Сообщение Sartorius84 » Ср июн 29, 2022 1:02 pm

amge писал(а):
Ср июн 29, 2022 11:31 am
Так из цифа... Уж не знаю, как эти эллипсоиды должны правильно называться, но если в цифе координаты приведены с погрешностями (в скобках после каждой координаты), то меркури и олекс какие-то эллипсоиды рисуют.
Из погрешности можно получить модули полуосей, но не направление :dontknow:

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12590
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Визуализация молекулы

Сообщение Гесс » Ср июн 29, 2022 1:40 pm

Sartorius84 писал(а):
Ср июн 29, 2022 1:02 pm
amge писал(а):
Ср июн 29, 2022 11:31 am
Так из цифа... Уж не знаю, как эти эллипсоиды должны правильно называться, но если в цифе координаты приведены с погрешностями (в скобках после каждой координаты), то меркури и олекс какие-то эллипсоиды рисуют.
Из погрешности можно получить модули полуосей, но не направление :dontknow:
Возможно я туплю, но мне кажется там непоределеннность направление-модуль. Для примера:
допустим у нас координаты (и погрешности)
1(0.5), 2(0.7), 3(0) - я специально обнулил третью погрешность чтобы рассматривать двумерный случай.
тогда должно существовать бесчисленное число элипсов, в промежутке между двумя следующими крайносятми:
наиболее вытянутый - с главной осью направленной из 1,2 в 1.5,2.7 (длиной (0.5^2+0.7^2)^(1/2) ) и второй осью перепендикулярной первой но лежащей в той же плоскости
наиболее круглый - с главной осью направленной из 1,2 в 1.0,2.7 и второй осью направленной оттуда же в 1.5,2.0
наличие третьей погрешности превратит элипс в элипсоид, но имхо не изменит качественно картину. Соотсветственно если мы знаем длину полуосей - мы знаем и их направление, но если мы не указываем какаой случай мы строим - мы не знаем ни того ни другого. Впрочем возможно это я просто брежу.

Sartorius84
Сообщения: 1073
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Визуализация молекулы

Сообщение Sartorius84 » Ср июн 29, 2022 1:50 pm

Гесс писал(а):
Ср июн 29, 2022 1:40 pm
Соотсветственно если мы знаем длину полуосей - мы знаем и их направление, но если мы не указываем какаой случай мы строим - мы не знаем ни того ни другого. Впрочем возможно это я просто брежу.
Вот допустим есть какой-то вытянуты эллипсоид, вы же можете его по разному в пространстве ориентировать и понадобится еще два угла, чтобы задать направление осей. На картинке топикстартера хорошо видно, что эллипсоиды ориентированы по разному в пространстве.
В этой работе с Mercury печатали 3d модели с такими эллипсоидами и хорошо видно, что они ориентированы по разному и каждый задается 8-ю координатами http://www.rsc.org/suppdata/c7/ce/c7ce0 ... 1901g1.pdf

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Визуализация молекулы

Сообщение amge » Ср июн 29, 2022 1:59 pm

Sartorius84 писал(а):
Ср июн 29, 2022 1:02 pm
Из погрешности можно получить модули полуосей, но не направление :dontknow:
Логично :) Более того, нашел циф, в котором кроме параметров ячейки и координат с погрешностями ничего не было. И меркури не нарисовала эллипсоиды.

Значит, в цифе бывает еще какая-то информация. Фактом остается, что из подавляющего большинства цифов эллипсоиды все же показываются.

Sartorius84
Сообщения: 1073
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Визуализация молекулы

Сообщение Sartorius84 » Ср июн 29, 2022 2:38 pm

del

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12590
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Визуализация молекулы

Сообщение Гесс » Ср июн 29, 2022 9:58 pm

Sartorius84 писал(а):
Ср июн 29, 2022 1:50 pm
На картинке топикстартера хорошо видно, что эллипсоиды ориентированы по разному в пространстве.[/url]
Да, это нормально. Я к тому что ВПРИНЦИПЕ если заранее оговориться что мы строим всегда например максимально круглый (или максимально некруглый) элипсоид, трех добавочных координат для каждого атома должно быть достаточно. Это разумеется потребует от программы знатно заморочиться с вычислением направлений полуосей для каждого атома, но ВТЕОРИИ этого должно быть достаточно. Как оно на практике ничего не скажу. Если честно - мне лень брать меркури и "циф с элипсоидами" и методом тыка определять какие столбцы за что отвечают...

Zabolot
Сообщения: 121
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2012 7:45 pm

Re: Визуализация молекулы

Сообщение Zabolot » Чт июн 30, 2022 10:57 am

Ух-ты, а я по серости своей думал, что все эти эллипсоиды смысла никакого не несут, а просто для красоты рисуются))
И да, в меркюри есть какой-то способ отрисовки эллипсоидов, но вот с конкретно моей структурой он не сработал (отрисовал обычные "шарики"). Видимо, за недостатком параметров, как выше подметили коллеги.
Стало быть, останусь "при своих" - с шариками на стержнях. Что ж, оно и так неплохо.

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя