Двугранные углы Gromacs

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
Ответить
ibsh
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Сб окт 31, 2009 6:03 pm

Двугранные углы Gromacs

Сообщение ibsh » Сб окт 31, 2009 6:15 pm

Прошу подсказать в чем может быть причина

Ранее использовал под windows GROMACS версии 3.2.1.

Сейчас использую под windows GROMACS версии 3.3.1. и более старшие под Linux.

Столкнулся с такой проблемой:
В новой версии в процессе создания файла tpr (модулем grompp) стало выходить сообщение об ошибке:
Incorrect number of parametrs – found 5, expected 6 or 12

Ошибка как я понимаю в блоке описания двухганных углов в файле .itp
У меня записано (фрагмент):
[ dihedrals ]
; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
29 26 34 30 3 0.83680 0.00000 -0.83680 0.00000 0.00000 0.00000
30 32 31 29 3 0.96650 2.89951 0.00000 -3.86601 0.00000 0.00000

Так как я использую силовое поле OPLS-AA то в файле ffoplsaabon.itp
при описании двугранных углов использую значение funct равное 3
И соответственно использовано 6 констант С0-С5

Ранее в версии 3.2.1 использовался тот же файл топологии .itp
И сообщения об ошибке не было.

В чем может быть дело ?

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: Двугранные углы Gromacs

Сообщение Darth Vasya » Вт ноя 03, 2009 12:33 pm

ibsh писал(а):сообщение об ошибке:
Incorrect number of parametrs – found 5, expected 6 or 12

Ошибка как я понимаю в блоке описания двухганных углов в файле .itp
Раз у вас там шесть параметров, а громпп ругается на пять, наверное, вы неправильно поняли. Впрочем, если бы вы привели сообщение об ошибке полностью, а то и файлы приложили, было бы понятнее :)

Кстати, зря вы 3-ей версией пользуетесь, 4-ая намного производительнее.
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя