молекулярная динамика

[antonen]

Опишу задачу: есть молекула, сложная, с кучей атомов и кучей связей. Рисовать все возможные варианты - можно повеситься. Что мне нужно сделать - запустить расчет (типа молекулярной динамики) при высокой температуре, чтобы всю молекулу поколбасило, и сделать "скриншоты" через определенные интервалы времени, чтобы затем уже с ними повозиться. Какую программу посоветуете? Пользовался Chem3d, но что-то она постоянно вылетает с ошибкой, да и почему-то промежуточные координаты нифига не записывает

[Darth Vasya]

TINKER? Раз уж в детали углубляться не собираетесь...

[Marxist]

PCModel, ещё можно сделать монте-карлу, ещё можно попросить меня -- сделаю в амбере (ежели органика и не надо искать параметры).

[antonen]

Детали потом в гауссиане делать буду. Мне нужен просто большой набор стартовых геометрий.
TINKER - почитаю что это такое, PCModel - он же платный вроде?, монте-карло неплохо, но какую программульку-то? Попросить - вариант отличный, с удовольствием им воспользуюсь , однако и самому хочется иметь возможность поколбасить молекулу.

[Marxist]

PCModel - он же платный вроде?

Да? возможно.

монте-карло неплохо, но какую программульку-то?

Towhee? Сам не использовал, но пишут красиво.

[Yu/2]

Монте-Карло тоже был в TINKER.