Как определить тип координационных полиэдров лантаноидов?

[Tasha]

Собственно вопрос о том, как можно определить тип координационного полиэдра лантаноида, если доступны координаты атомов комплекса лантаноида или из РСА, или из расчета. Если ли какая-либо софтинка, которая бы помогала страждущим?

[Гесс]

вероятно я чего то не понял. А можно пример геометрии из расчета?

[Tasha]

Их есть у меня.
Например, празеодим. Сначала РСА, в нем вроде бы удалось распознать искаженную двухшапочную квадратную антипризму.

H_Pr_NO3_XRay_1-Final24.pdb

А вот в результате расчета опознать что-то толковое уже не получается(

H_Pr_NO3_asSm_0-Final27.pdb

Если учесть, что у комплекса есть еще одно расположение нитратов, по энергии чуть выше, то ситуация становится совсем запутанной. А это только один из 14...

[Гесс]

Какой то у меня пост получится полностью не по теме.
1) я попробовал наложить структуры. Как по мне то в оба аминных азота в расчете по сравнению с рентгеном инвертнуты (возможно на энергию это не влияет)
2) а пиридиновые азоты участвуют в координации и учитывается ли это в полиэдре?
3) ну тяп-ляп сам празеодим с килородами-азотами друг на друга накладывается, не то чтобы хорошо, но тяп-ляп.
4) ни рентгеновский ни расчетный полиэдры не является в нормальном смысле тригональной бипирамидой, оно очень сильно раздвинуто и на мой взгляд именно засчет/для координации пиридновых азотов. С точно такой же натяжкой структуру можно назвать октаэдром 2 одиночные кислородные связи "сверху и снизу" и 4 "двойных" заместителя "в плоскости".

Вообще, если бы вопрос ставился в "определить группу симмметрии для полиэдра", то я бы предложил вариант "сохранить координаты, обгрызть все лишнее оставив полиэдр, открыть в гаусвью, спросить его о точечной группе". Но тут искажения от "адекватных" точечных групп имхо настолько безумные, что Гаусвью даже с критерием "Do you feel lucky?" все равно ничего умного не сказал (да, я сделал вот такое из вашего рентгена [cut]%chk=C:\Users\User\Downloads\TashGau1.chk
# hf/3-21g

Title Card Required

0 1
Pr 2.16400000 6.55500000 15.89300000
O 1.92300000 8.77000000 17.13500000
O 3.32100000 4.52600000 14.97200000
O 0.94000000 6.22100000 18.03700000
N 3.39000000 6.75800000 13.48900000
N 2.06500000 8.84600000 14.48700000
O 0.97100000 4.54300000 16.63400000
O -0.23100000 7.26600000 15.56700000
O 0.65300000 6.14000000 13.91200000
O 3.85000000 6.05300000 17.68300000
O 4.61200000 7.18500000 15.96800000[/cut]
).

[ИСН]

У лантаноидов нет полиэдров. У них всегда вот такая каша.

[Лечащий Врач]

Формальное описание и сравнение для сложных полиэдров можно (и нужно!) делать в рамках полиэдров Вороного-Дирихле в программе TOPOS. Обратитесь к Анне Вологжаниной из ИНЭОСа, я если надо сброшу контакты в личку.

[Гесс]

Я как всегда не в тему: я однажды давно игрался с полиэдрами Вороного-Дирихле и триангуляцией Делоне в МатЛабе. Там я мог найти только точки Вороного равноудаленные от вершин полиэдра, а хотелось найти центр сферы не выпирающей за ребра, а точнее - не пересекающей заранее заданные отрезки. Вы чисто случайно не знаете софта в котором это можно наваять с минимальным навыком программирования? (Я когда то создавал здесь тему об этом но она закончилась чисто уходом в самообразование и Матлаб).

[Tasha]

Формальное описание и сравнение для сложных полиэдров можно (и нужно!) делать в рамках полиэдров Вороного-Дирихле в программе TOPOS. Обратитесь к Анне Вологжаниной из ИНЭОСа, я если надо сброшу контакты в личку.

Спасибо, это как раз то, что мне нужно. Попробую сама разобраться на праздниках, а если не получится самостоятельно, то как явствует из информации на сайте разработчиков софта, лицензия на него есть в МГУ, не знаете, к кому бы сунуться в наших пенатах?

[Лечащий Врач]

как явствует из информации на сайте разработчиков софта, лицензия на него есть в МГУ, не знаете, к кому бы сунуться в наших пенатах?

Лицензия бесплатная, тут скорее нужен кто-нибудь с соответствующей экспертизой, а я из людей хорошего уровня знаю только Анну. Она кст в основном занимается комплексами урана.

[Tasha]

Тогда можно было бы попросить ку Вас ее координаты и еще краткие дескрипшн в приват: кто, из какой лаборатории и каков приблизительный график работы, чтобы мне не настраиваться на быструю работу или наоборот не тянуть. Заранее благодарна.
PS Полиэдры построила, ВД нарисовала, тип определила, кстати, действительно, чуйка не подвела - они разные!