В статьях по генераторам конформеров имеются ссылки на специальные базы, которые можно использовать для тестирования. Масса примеров есть у меня. Среди них выделю несколько примеров по макроциклам, для которых в литературе был сделан конформационный поиск, но сделан плохо: Verticillatriene, POXTRD, 1w96, tentoxin. Если вы соберетесь публиковать свой алгоритм, то может пригодиться, чтобы сказать "а мой то лучше" .
Еще, что касается разработки, насколько я знаю, генератор конформеров в MarvinSketch работает на схожих принципах (разбиение молекулы на фрагменты и состыковка их всевозможными способами), и где-то было описание их алгоритма. Может, там будет что-то полезное.