Рнк

форум для специалистов в области органической химии
organic chemistry issues discussion for professional scientists
Ответить
Union
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пт авг 16, 2019 2:39 pm

Рнк

Сообщение Union » Пт авг 16, 2019 2:59 pm

Добрый день , друзья. Волею судеб , имея био образование, столкнулся с химическими вопросами в синтезе днк и рнк.
Поэтому прошу помощи не все понятно.
Первое , что хотел спросить: после аммонолиза для снятия защитных групп ( картинка ниже), снимается этилциано- группа и образуется амид фосфорной кислоты. Далее следует очистка электрофорезом и выделения рнк с осаждением спиртом. Так вот, при использовании ацетата натрия, который даёт щелочную среду , происходит ли щелочной гидролиз амида, с образованием натриевой соли кислоты?
По учебникам реакция проходит с нагреванием, по мной используемой методике нагревания нет , ацетат натрия использую 5 м. Буду очень признателен помощи.
Изображение

Nickolas
Сообщения: 758
Зарегистрирован: Пн авг 27, 2007 8:15 pm

Re: Рнк

Сообщение Nickolas » Пт авг 16, 2019 7:48 pm

Какой амид фосфорной кислоты?
Посмотрите тут схему, там все подробно нарисовано:
https://www.atdbio.com/content/17/Solid ... -synthesis

Аватара пользователя
Magic Methyl
Сообщения: 886
Зарегистрирован: Вт авг 07, 2018 7:06 pm

Re: Рнк

Сообщение Magic Methyl » Пт авг 16, 2019 9:23 pm

Union писал(а):
Пт авг 16, 2019 2:59 pm
Так вот, при использовании ацетата натрия, который даёт щелочную среду , происходит ли щелочной гидролиз амида, с образованием натриевой соли кислоты?
По учебникам реакция проходит с нагреванием, по мной используемой методике нагревания нет , ацетат натрия использую 5 м. Буду очень признателен помощи.
Смотрите прежде всего схему в статье, и не забывайте о supporting information!
Вы собираетесь это делать практически? Дайте ссылку на статью, разберем вместе с Вами.
Litterarum radices amarae, fructus dulces sunt

Union
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пт авг 16, 2019 2:39 pm

Re: Рнк

Сообщение Union » Пт авг 16, 2019 9:24 pm

Nickolas писал(а):
Пт авг 16, 2019 7:48 pm
Какой амид фосфорной кислоты?
Посмотрите тут схему, там все подробно нарисовано:
https://www.atdbio.com/content/17/Solid ... -synthesis
Большое спасибо!
Вот как вы ищете? Я днями рою и ...

Union
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пт авг 16, 2019 2:39 pm

Re: Рнк

Сообщение Union » Пт авг 16, 2019 9:51 pm

Magic Methyl писал(а):
Пт авг 16, 2019 9:23 pm
Union писал(а):
Пт авг 16, 2019 2:59 pm
Так вот, при использовании ацетата натрия, который даёт щелочную среду , происходит ли щелочной гидролиз амида, с образованием натриевой соли кислоты?
По учебникам реакция проходит с нагреванием, по мной используемой методике нагревания нет , ацетат натрия использую 5 м. Буду очень признателен помощи.
Смотрите прежде всего схему в статье, и не забывайте о supporting information!
Вы собираетесь это делать практически? Дайте ссылку на статью, разберем вместе с Вами.
Ответил в личку! Спасибо

Nickolas
Сообщения: 758
Зарегистрирован: Пн авг 27, 2007 8:15 pm

Re: Рнк

Сообщение Nickolas » Сб авг 17, 2019 9:26 am

Union писал(а):
Пт авг 16, 2019 9:24 pm
Большое спасибо!
Вот как вы ищете? Я днями рою и ...
Все просто: гугл и фраза "oligonucleotide synthesis". :)

Аватара пользователя
Magic Methyl
Сообщения: 886
Зарегистрирован: Вт авг 07, 2018 7:06 pm

Re: Рнк

Сообщение Magic Methyl » Сб авг 17, 2019 9:54 am

Union писал(а):
Пт авг 16, 2019 9:51 pm
Ответил в личку! Спасибо
Здравствуйте!
Да можете писать здесь, - секретов то нет никаких. По поводу письма, постараюсь ответить чуть позже.
Но для начала все же хотел посоветовать ознакомиться с самими-самыми основами олиго(пептидного/
нуклеотидного) синтеза по старым советским руководствам, например Микельсон А. Химия нуклеозидов
и нуклеотидов 1966 или Гершкович А.А. Синтез пептидов. Реагенты и методы 1987, для того что бы иметь
представление о процессах, протекающих при синтезе, - а то Вам как то сложно будет работать.
С уважением.
Litterarum radices amarae, fructus dulces sunt

Union
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пт авг 16, 2019 2:39 pm

Re: Рнк

Сообщение Union » Сб авг 17, 2019 11:38 am

Magic Methyl писал(а):
Сб авг 17, 2019 9:54 am
Union писал(а):
Пт авг 16, 2019 9:51 pm
Ответил в личку! Спасибо
Здравствуйте!
Да можете писать здесь, - секретов то нет никаких. По поводу письма, постараюсь ответить чуть позже.
Но для начала все же хотел посоветовать ознакомиться с самими-самыми основами олиго(пептидного/
нуклеотидного) синтеза по старым советским руководствам, например Микельсон А. Химия нуклеозидов
и нуклеотидов 1966 или Гершкович А.А. Синтез пептидов. Реагенты и методы 1987, для того что бы иметь
представление о процессах, протекающих при синтезе, - а то Вам как то сложно будет работать.
С уважением.
Добрый день. Спасибо Вам . Буду искать
Мне предложили закупку колонок с нанесённой буквой по 2 типам: две - 2’ том и 3’ cpg; две- 2’ cpg и 3’ том. В случае амидитов это такая разница критична , тк направление этих двух букв как 2’-5’ не имеет биологической активности, то есть в дальнейшем будут сложности с экспрессией и тд?
А в случае буквы нанесённой на колонку , разницы наверно нет, тк защита и cpg снимутся и останется две гидроксигруппы

Union
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пт авг 16, 2019 2:39 pm

Re: Рнк

Сообщение Union » Сб авг 17, 2019 1:23 pm

Друзья, для снятия защитных групп , кроме 2’ , в glen recearche советуют растворы для короткий цепей AMA - водный метиламин и amam - смесь водного и спиртового метиламина. Но в тоже время 32% -ный аммиак также снимает эти же группы. Может здесь есть какие то тонкости? Ведь аммиак дешевле и не стоит заморачиваться с приготовлением растворов.

maks
Сообщения: 13883
Зарегистрирован: Вс апр 19, 2009 3:32 pm

Re: Рнк

Сообщение maks » Сб авг 17, 2019 9:04 pm

мы успешно удаляли этилциано- группы по такой процедуре
Compound was mixed with a solution concentrated ammonium hydroxide (6 mL) and with a solution of methylamine (33% in ethanol, 2 mL) (Aldrich) in sealed tube and heated to 60ºC for 18 hours.
он химик, он ботаник-князь Федор , мой племянник

Union
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пт авг 16, 2019 2:39 pm

Re: Рнк

Сообщение Union » Вс авг 18, 2019 11:41 am

maks писал(а):
Сб авг 17, 2019 9:04 pm
мы успешно удаляли этилциано- группы по такой процедуре
Compound was mixed with a solution concentrated ammonium hydroxide (6 mL) and with a solution of methylamine (33% in ethanol, 2 mL) (Aldrich) in sealed tube and heated to 60ºC for 18 hours.
Изображение
Вот вполне стандартный способ. 55С 5ч. Я на всякий случай доводил до 65С 6ч
Может кто работал с рнк при том защите? Glen research советует смесь водного и спиртового метиламина. Но зачем усложнять, есть есть старый-добрый аммиак?
Последний раз редактировалось Гесс Вс авг 18, 2019 3:18 pm, всего редактировалось 1 раз.
Причина: careful with citations

Nickolas
Сообщения: 758
Зарегистрирован: Пн авг 27, 2007 8:15 pm

Re: Рнк

Сообщение Nickolas » Вс авг 18, 2019 3:28 pm

Union писал(а):
Вс авг 18, 2019 11:41 am
Glen research советует смесь водного и спиртового метиламина. Но зачем усложнять, есть есть старый-добрый аммиак?
Затем, что метиламин лучший нуклеофил, чем аммиак. А защитных групп, к тому же различных, может быть весьма много, если олигонуклеотид длинный, и одна единственная оставшаяся группа может запороть весь долгий и дорогой синтез. Отсюда и перестраховка.

Union
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пт авг 16, 2019 2:39 pm

Re: Рнк

Сообщение Union » Вс авг 18, 2019 5:53 pm

Nickolas писал(а):
Вс авг 18, 2019 3:28 pm
Union писал(а):
Вс авг 18, 2019 11:41 am
Glen research советует смесь водного и спиртового метиламина. Но зачем усложнять, есть есть старый-добрый аммиак?
Затем, что метиламин лучший нуклеофил, чем аммиак. А защитных групп, к тому же различных, может быть весьма много, если олигонуклеотид длинный, и одна единственная оставшаяся группа может запороть весь долгий и дорогой синтез. Отсюда и перестраховка.
Изображение
Согласен, метиламин шустрее. Но в моей задаче (фото в самом начале) ацетамид, 2’- ацетокси группа (защита первой буквы cpg) и цианоэтильная защита. Все это снимается и аммиаком, что дешевле и не нужно готовить растворы, то есть практичнее
Последний раз редактировалось Union Вс авг 18, 2019 9:08 pm, всего редактировалось 3 раза.

Union
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пт авг 16, 2019 2:39 pm

Re: Рнк

Сообщение Union » Вс авг 18, 2019 5:59 pm

Друзья, в методике по очистке осаждению рнк используется бутанол. При осаждении же днк-этанол или изопропанол . В случае днк понятно- этанол смешивается с водой и вытесняет днк. Бутанол же плохо смешивается с водой, для чего его используют не ясно
Изображение

Union
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пт авг 16, 2019 2:39 pm

Re: Рнк

Сообщение Union » Вт авг 20, 2019 12:30 pm

Все... электричество отключили...хах

StYV
Сообщения: 2644
Зарегистрирован: Пн окт 24, 2005 11:43 pm

Re: Рнк

Сообщение StYV » Вт авг 20, 2019 1:27 pm

А чему удивляетесь?
У нас в конторе давно оборудования нет, а отчеты писать надо.
Все просто.
Или денег нет - исчезли.

Union
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пт авг 16, 2019 2:39 pm

Re: Рнк

Сообщение Union » Чт авг 22, 2019 7:54 am

Друзья, при какой температуре лояльно упаривать рнк?

StYV
Сообщения: 2644
Зарегистрирован: Пн окт 24, 2005 11:43 pm

Re: Рнк

Сообщение StYV » Чт авг 22, 2019 1:37 pm

лиофилка то что надо.но стоит изрядно.

Union
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пт авг 16, 2019 2:39 pm

Re: Рнк

Сообщение Union » Чт авг 22, 2019 7:27 pm

StYV писал(а):
Чт авг 22, 2019 1:37 pm
лиофилка то что надо.но стоит изрядно.
Лиофилка есть. Но это долго...
В вакуумной центрифуге упариваю днк под 65С
Рнк может градусов 50 можно?

StYV
Сообщения: 2644
Зарегистрирован: Пн окт 24, 2005 11:43 pm

Re: Рнк

Сообщение StYV » Чт авг 22, 2019 10:04 pm

Да все возможно. Литературу посмотрите ну контроль ВЭЖХ нужен. Как иначе?
Голь на выдумки хитра. А что делать, не от хорошей жизни такое делается.

Ответить

Вернуться в «органическая химия / organic chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя