Рнк

[Union]

Добрый день , друзья. Волею судеб , имея био образование, столкнулся с химическими вопросами в синтезе днк и рнк.
Поэтому прошу помощи не все понятно.
Первое , что хотел спросить: после аммонолиза для снятия защитных групп ( картинка ниже), снимается этилциано- группа и образуется амид фосфорной кислоты. Далее следует очистка электрофорезом и выделения рнк с осаждением спиртом. Так вот, при использовании ацетата натрия, который даёт щелочную среду , происходит ли щелочной гидролиз амида, с образованием натриевой соли кислоты?
По учебникам реакция проходит с нагреванием, по мной используемой методике нагревания нет , ацетат натрия использую 5 м. Буду очень признателен помощи.

[Nickolas]

Какой амид фосфорной кислоты?
Посмотрите тут схему, там все подробно нарисовано:
https://www.atdbio.com/content/17/Solid ... -synthesis

[Magic Methyl]

Так вот, при использовании ацетата натрия, который даёт щелочную среду , происходит ли щелочной гидролиз амида, с образованием натриевой соли кислоты?
По учебникам реакция проходит с нагреванием, по мной используемой методике нагревания нет , ацетат натрия использую 5 м. Буду очень признателен помощи.

Смотрите прежде всего схему в статье, и не забывайте о supporting information!
Вы собираетесь это делать практически? Дайте ссылку на статью, разберем вместе с Вами.

[Union]

Какой амид фосфорной кислоты?
Посмотрите тут схему, там все подробно нарисовано:
https://www.atdbio.com/content/17/Solid ... -synthesis

Большое спасибо!
Вот как вы ищете? Я днями рою и ...

[Union]

Так вот, при использовании ацетата натрия, который даёт щелочную среду , происходит ли щелочной гидролиз амида, с образованием натриевой соли кислоты?
По учебникам реакция проходит с нагреванием, по мной используемой методике нагревания нет , ацетат натрия использую 5 м. Буду очень признателен помощи.

Смотрите прежде всего схему в статье, и не забывайте о supporting information!
Вы собираетесь это делать практически? Дайте ссылку на статью, разберем вместе с Вами.

Ответил в личку! Спасибо

[Nickolas]

Большое спасибо!
Вот как вы ищете? Я днями рою и ...

Все просто: гугл и фраза "oligonucleotide synthesis".

[Magic Methyl]

Ответил в личку! Спасибо

Здравствуйте!
Да можете писать здесь, - секретов то нет никаких. По поводу письма, постараюсь ответить чуть позже.
Но для начала все же хотел посоветовать ознакомиться с самими-самыми основами олиго(пептидного/
нуклеотидного) синтеза по старым советским руководствам, например Микельсон А. Химия нуклеозидов
и нуклеотидов 1966 или Гершкович А.А. Синтез пептидов. Реагенты и методы 1987, для того что бы иметь
представление о процессах, протекающих при синтезе, - а то Вам как то сложно будет работать.
С уважением.

[Union]

Ответил в личку! Спасибо

Здравствуйте!
Да можете писать здесь, - секретов то нет никаких. По поводу письма, постараюсь ответить чуть позже.
Но для начала все же хотел посоветовать ознакомиться с самими-самыми основами олиго(пептидного/
нуклеотидного) синтеза по старым советским руководствам, например Микельсон А. Химия нуклеозидов
и нуклеотидов 1966 или Гершкович А.А. Синтез пептидов. Реагенты и методы 1987, для того что бы иметь
представление о процессах, протекающих при синтезе, - а то Вам как то сложно будет работать.
С уважением.

Добрый день. Спасибо Вам . Буду искать
Мне предложили закупку колонок с нанесённой буквой по 2 типам: две - 2’ том и 3’ cpg; две- 2’ cpg и 3’ том. В случае амидитов это такая разница критична , тк направление этих двух букв как 2’-5’ не имеет биологической активности, то есть в дальнейшем будут сложности с экспрессией и тд?
А в случае буквы нанесённой на колонку , разницы наверно нет, тк защита и cpg снимутся и останется две гидроксигруппы

[Union]

Друзья, для снятия защитных групп , кроме 2’ , в glen recearche советуют растворы для короткий цепей AMA - водный метиламин и amam - смесь водного и спиртового метиламина. Но в тоже время 32% -ный аммиак также снимает эти же группы. Может здесь есть какие то тонкости? Ведь аммиак дешевле и не стоит заморачиваться с приготовлением растворов.

[maks]

мы успешно удаляли этилциано- группы по такой процедуре
Compound was mixed with a solution concentrated ammonium hydroxide (6 mL) and with a solution of methylamine (33% in ethanol, 2 mL) (Aldrich) in sealed tube and heated to 60ºC for 18 hours.

[Union]

мы успешно удаляли этилциано- группы по такой процедуре
Compound was mixed with a solution concentrated ammonium hydroxide (6 mL) and with a solution of methylamine (33% in ethanol, 2 mL) (Aldrich) in sealed tube and heated to 60ºC for 18 hours.

Вот вполне стандартный способ. 55С 5ч. Я на всякий случай доводил до 65С 6ч
Может кто работал с рнк при том защите? Glen research советует смесь водного и спиртового метиламина. Но зачем усложнять, есть есть старый-добрый аммиак?

[Nickolas]

Glen research советует смесь водного и спиртового метиламина. Но зачем усложнять, есть есть старый-добрый аммиак?

Затем, что метиламин лучший нуклеофил, чем аммиак. А защитных групп, к тому же различных, может быть весьма много, если олигонуклеотид длинный, и одна единственная оставшаяся группа может запороть весь долгий и дорогой синтез. Отсюда и перестраховка.

[Union]

Glen research советует смесь водного и спиртового метиламина. Но зачем усложнять, есть есть старый-добрый аммиак?

Затем, что метиламин лучший нуклеофил, чем аммиак. А защитных групп, к тому же различных, может быть весьма много, если олигонуклеотид длинный, и одна единственная оставшаяся группа может запороть весь долгий и дорогой синтез. Отсюда и перестраховка.

Согласен, метиламин шустрее. Но в моей задаче (фото в самом начале) ацетамид, 2’- ацетокси группа (защита первой буквы cpg) и цианоэтильная защита. Все это снимается и аммиаком, что дешевле и не нужно готовить растворы, то есть практичнее

[Union]

Друзья, в методике по очистке осаждению рнк используется бутанол. При осаждении же днк-этанол или изопропанол . В случае днк понятно- этанол смешивается с водой и вытесняет днк. Бутанол же плохо смешивается с водой, для чего его используют не ясно

[Union]

Все... электричество отключили...хах

[StYV]

А чему удивляетесь?
У нас в конторе давно оборудования нет, а отчеты писать надо.
Все просто.
Или денег нет - исчезли.

[Union]

Друзья, при какой температуре лояльно упаривать рнк?

[StYV]

лиофилка то что надо.но стоит изрядно.

[Union]

лиофилка то что надо.но стоит изрядно.

Лиофилка есть. Но это долго...
В вакуумной центрифуге упариваю днк под 65С
Рнк может градусов 50 можно?

[StYV]

Да все возможно. Литературу посмотрите ну контроль ВЭЖХ нужен. Как иначе?
Голь на выдумки хитра. А что делать, не от хорошей жизни такое делается.