Error in internal coordinate system

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
porphyrin_bgu
Сообщения: 79
Зарегистрирован: Ср июл 25, 2012 11:08 am

Error in internal coordinate system

Сообщение porphyrin_bgu » Пт авг 16, 2019 2:50 pm

Коллеги, прошу помочь.
Считаю в гауссиане-09 комплексы Н3О(+)Н2О (катион Zundel) c разным окружением, в основном ацетонитрил и вода. Оптимизация идет нормально, но если я фиксирую атомы кислорода на каком-то расстоянии (команда opt=redundant), периодически вылезает ошибка Error in internal coordinate system. Например, когда расстояние между кислородами устанавливаю 2.40 А или больше, считается нормально, но если уменьшаю до 2.38 - ошибка.
Я знаю, что такие ошибки исправляют, вводя opt=cartesian или opt=Z-matrix, но при фиксированной длине связи это не проходит.

Может, кто сталкивался с чем-то подобным?

porphyrin_bgu
Сообщения: 79
Зарегистрирован: Ср июл 25, 2012 11:08 am

Re: Error in internal coordinate system

Сообщение porphyrin_bgu » Вс авг 25, 2019 12:01 pm

В дополнение к вышесказанному: расчеты на других компьютерах с теми же инпут-файлами прошли нормально, все сходится без всяких проблем.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11541
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Error in internal coordinate system

Сообщение Гесс » Вс авг 25, 2019 12:18 pm

аутпут и инпут покажите, но если ошибка не воспроизводится из того же самого инпута на другой машине - то тут вряд ли чтото умное удастся сказать.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 754
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Error in internal coordinate system

Сообщение madschumacher » Вс авг 25, 2019 2:02 pm

А, и ещё, на разных машинах версии гауссиана одинаковые или разные? А то это тоже может влиять.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

porphyrin_bgu
Сообщения: 79
Зарегистрирован: Ср июл 25, 2012 11:08 am

Re: Error in internal coordinate system

Сообщение porphyrin_bgu » Вс авг 25, 2019 2:29 pm

Версии разные:
Gaussian 09: EM64L-G09RevA.01- выдает ошибку
Gaussian 09: EM64L-G09RevC.01- нет ошибки
Файлы тут:
https://my-files.ru/kn666d

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11541
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Error in internal coordinate system

Сообщение Гесс » Вс авг 25, 2019 3:56 pm

Там изначально генерируются разные внутренние координаты (связи одинаковые а уже углы, углы-L и особенно диэдральники разные). В них и прячется корень зла. Видимо С-гауссиан сторит их умнее.
Как его найти и обезвредить.
Надо попробовать тот же инпут с А гауссианом, перебирая один за другим следующие ключи в Geom помимо Modredundant
SkipAng
SkipDihedral
NewRedundant
Если ничего не поможет то могу предложить пойти в обход - расчет делать в декартовых координатах а расстояние между кислородами удерживать заморозкой этих атомов.

porphyrin_bgu
Сообщения: 79
Зарегистрирован: Ср июл 25, 2012 11:08 am

Re: Error in internal coordinate system

Сообщение porphyrin_bgu » Вс авг 25, 2019 10:23 pm

Гесс писал(а):
Вс авг 25, 2019 3:56 pm
Там изначально генерируются разные внутренние координаты (связи одинаковые а уже углы, углы-L и особенно диэдральники разные). В них и прячется корень зла. Видимо С-гауссиан сторит их умнее.
Как его найти и обезвредить.
Надо попробовать тот же инпут с А гауссианом, перебирая один за другим следующие ключи в Geom помимо Modredundant
SkipAng
SkipDihedral
NewRedundant
Если ничего не поможет то могу предложить пойти в обход - расчет делать в декартовых координатах а расстояние между кислородами удерживать заморозкой этих атомов.
Ключи не работают - с двумя первыми выходит ошибка в синтаксисе, а третий дает ошибку в координатах.

С заморозкой атомов я не разобрался. В GaussView6 (Atom list editor) выбираю заморозить все координаты обоих кислородов, но при расчете ничего не замораживается.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11541
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Error in internal coordinate system

Сообщение Гесс » Вс авг 25, 2019 10:52 pm

В списке декартовых координат добавьте минус1 между символом атома и первой координатой

O -1 1.23 4.56 7.89

porphyrin_bgu
Сообщения: 79
Зарегистрирован: Ср июл 25, 2012 11:08 am

Re: Error in internal coordinate system

Сообщение porphyrin_bgu » Пн авг 26, 2019 7:55 am

Ошибка в координатах ликвидирована, но точное расстояние между кислородами не выдерживается, в пределах 0.002 А.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: porphyrin_bgu и 3 гостя