Колебательный спектр из молдинамики
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Колебательный спектр из молдинамики
Добрый вечер. Можете пожалуйста порекомендовать адекватное ПО для расчёта колебательного спектра поглощения из молдинамики? Считал GAMESS US, поэтому, если программа сможет напрямую его аутпуты съесть, то будет очень здорово.
Если же нет такого, можете, плиз, дать формулу для тупых, как нужно этот спектр из автокорреляционной функции дипольного момента считать: нужно ли туда пихать скалярное произведение дипольных моментов, или можно взять автокорреляцию его модуля, на что нужно это все нормировать и т.д.?
Заранее спасибо!
[ Post made via Android ]
Если же нет такого, можете, плиз, дать формулу для тупых, как нужно этот спектр из автокорреляционной функции дипольного момента считать: нужно ли туда пихать скалярное произведение дипольных моментов, или можно взять автокорреляцию его модуля, на что нужно это все нормировать и т.д.?
Заранее спасибо!
[ Post made via Android ]
Последний раз редактировалось madschumacher Чт окт 15, 2015 1:48 am, всего редактировалось 1 раз.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Колебательный спектр из молдинамики
Добрый вечер! Ещё раз обращусь за помощью. Спектры посчитаны, но есть небольшая ерунда - пики поглощения, рассчитанные MD систематически смещаются в область бОльших ν относительно гармонического спектра, в то время, как GAMESS US-овский учет ангармонизма VDPT2 QFF смещает (как и предполагается) в область меньших значений. Изначально думалось, что должны получаться близкие спектры для обоих ангармонических вариантов, но что-то явно не так там.
Может у кого есть идеи в чем может быть проблема? MD считалось GAMESS US в варианте NVE. Аналогичные зависимости получаются систематически при подобных расчетах. Преобразование Фурье автокорреляционной функции делалось (позор мне) в лоб, с оконной функцией Гауссовского типа (полуширина - 500 фс).
Может у кого есть идеи в чем может быть проблема? MD считалось GAMESS US в варианте NVE. Аналогичные зависимости получаются систематически при подобных расчетах. Преобразование Фурье автокорреляционной функции делалось (позор мне) в лоб, с оконной функцией Гауссовского типа (полуширина - 500 фс).
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Колебательный спектр из молдинамики
В MD какие массы атомов использовались? Спектроскопические?
После отстоя требуйте долива
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Колебательный спектр из молдинамики
Идея отличная.
К сожалению или к счастью мануал GAMESS US говорит, что по дефолту стоят массы самого распространенного изотопа. Но все типы спектров вообще получены из GAMESS US без указания масс атомов. Так что логично предположить, что должно с этим все нормально быть.
К сожалению или к счастью мануал GAMESS US говорит, что по дефолту стоят массы самого распространенного изотопа. Но все типы спектров вообще получены из GAMESS US без указания масс атомов. Так что логично предположить, что должно с этим все нормально быть.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Колебательный спектр из молдинамики
Посмотрел еще раз мануал - там написано, что секция задания изотопов работает для расчета гармонических частот, IRC и DRC... Про VIBSCF ничего не сказано, но частоты в разных расчетах вроде совпадают с Hessian. А про MD ничего не сказано. В логах GAMESS US массы вообще не выкидываются.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Колебательный спектр из молдинамики
В ГАМЕССе в ММ и MD могут использоваться готовые силовые поля. Стерическая энергия может быть получена на изотопных массах, а кинематические коэффициенты на спектроскопических. Придется смотреть силовое поле. В классической теории самый простой способ учесть ангармонизмы, используя квадратичную потенциальную функцию, - использовать спектроскопические массы атомов.
После отстоя требуйте долива
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Колебательный спектр из молдинамики
Я использую ab initio MD. Там градиенты берутся из квантовой химии. Полей никаких нет.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Колебательный спектр из молдинамики
VIBSCF - это не MM или MD. Это решение уравнения Хартри для ядер в адиабатическом потенциале. Там точно изотопические массы. Там не нужно считать гессиан, там частота = энергии фундаментального перехода.
После отстоя требуйте долива
Re: Колебательный спектр из молдинамики
Понятно. Там есть подгоночные параметры, нужно про них посмотреть.madschumacher писал(а):Я использую ab initio MD. Там градиенты берутся из квантовой химии. Полей никаких нет.
После отстоя требуйте долива
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Колебательный спектр из молдинамики
это понятно. на рисунке результаты 3х расчетов - Job=hessian, Job=vscf и job=md. Про первые две не очень интересно в плане методики говорить, а вот третья что-то не согласуется со второй, чего я (откровенно говоря) не очень ожидал. Я конечно могу представить себе чисто умозрительно, что E1-E0 будет не равна w, но все же даже это надо объяснить. К сожалению, опыта расчета колебательных спектров ab initio MD маловато у меня, поэтому и прошу помощи.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Колебательный спектр из молдинамики
Если не секрет, где именно эти подгоночные параметры стоят и на что они влияют?VTur писал(а):Понятно. Там есть подгоночные параметры, нужно про них посмотреть.madschumacher писал(а):Я использую ab initio MD. Там градиенты берутся из квантовой химии. Полей никаких нет.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Колебательный спектр из молдинамики
Я просто думал, что ab inito MD - это просто интегрирование 2-го закона Ньютона, где силы берутся из квантово-химических градиентов (ну в случае NVT еще есть термостаты, но тут была динамика NVE), а начальные условия генерируются из распределения Максвелла. Где бы появиться подгоночным параметрам не очень себе представляю.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Колебательный спектр из молдинамики
Там должны быть силы, действующие на атомы из-вне, иначе не будет траектории, а будет сваливание в ближайший минимум. Я не знаю реализацию в ГАМЕССе, но она, по меньшей мере, должна предусматривать отжиг или выпрыгивание из локального минимума. Там используется либо генератор случайных чисел, либо какое-то внешнее поле - там обязательно будут параметры.
После отстоя требуйте долива
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Колебательный спектр из молдинамики
Насколько я понимаю, в GAMESS US для начальных условий используется генератор случайных чисел -> Максвелловское распределение -> начальные скорости. Ну а дальше как для обычной задачи Коши образуется решение a.k.a. траектория. Там даже еще есть, насколько я знаю, проблема с seed, от чего начальные условия от старта к старту для одной молекулы будут одинаковы. Отжиг я не проводил как таковой. Сразу в стиле NVE все интегрировалось. Эксперименты с добавлением цепи термостатов Нозе-Хувера на начальном отрезке траектории тоже делались, но картина в итоге та же самая.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Колебательный спектр из молдинамики
Что там на выходе? Траектория в фазовом пространстве? Распределение конформеров по энергиям? распределение конформеров по времени? распределение для ансамбля по времени?
После отстоя требуйте долива
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Колебательный спектр из молдинамики
В итоге выдаётся траектория+всякие сопутствующие штуки, типа энергии, дипольных моментов и т.д.
[ Post made via Android ]
[ Post made via Android ]
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Колебательный спектр из молдинамики
Остальное посчитать уже не проблема.
[ Post made via Android ]
[ Post made via Android ]
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Колебательный спектр из молдинамики
Я сомневаюсь, что частоты считаются аб инитио в каждом минимуме. Их же может быть тысячи. Слишком дорого. Что-то зашито.
После отстоя требуйте долива
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Колебательный спектр из молдинамики
Там один минимум и MD по нему катается.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Колебательный спектр из молдинамики
Наверное я не очень хорошо пояснил - рассчитываемые системы - одиночная молекула без всякого окружения. Конформационный состав у всех исследованных молекул (их 3 штуки) беден = один возможный конформер.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 15 гостей