Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Гесс]

У многого софта, начиная с гауссиана и орки есть возможность пересчитывать гессиан каждые несколько шагов. Кемкрафт при отображении подобных инпутов показывает исключительно последний набор частот и шаги оптимизации после него. Это несколько некорректно, на мой взгляд.

[alexp51]

При подгонке рассчитанных методами ab initio, DFT и полуэмпирикой значений спектра колебаний (ИК, Рамановские) к экспериментальным значениям обычно используются scaling factors , разработанные для каждого из уровней теории.
Вопрос: можно ли в Вашей программе предусмотреть опцию введения таких множителей, на этапе построения спектров?
Поскольку они разные для разных методов, то лучше предусмотреть их введение вручную.
Спасибо!

[Vit Nhoc]

При подгонке рассчитанных методами ab initio, DFT и полуэмпирикой значений спектра колебаний (ИК, Рамановские) к экспериментальным значениям обычно используются scaling factors , разработанные для каждого из уровней теории.
Вопрос: можно ли в Вашей программе предусмотреть опцию введения таких множителей, на этапе построения спектров?
Поскольку они разные для разных методов, то лучше предусмотреть их введение вручную.
Спасибо!

В окне отображения спектра справа есть опция Scale X и Scale Y.

[alexp51]

спасибо!

[Vit Nhoc]

Chemcraft некорректно отоброжает расположение атомов в POSCAR файлах VASP в которых используются fractional coordinates на неортогональных решетках. build 562b
Файл прилагаю (.txt добавлено искуственно). Настоящие расстояния между атомами меди равны между собой и близки к 2.585

Правильно ли я понимаю, что с неортогональными решётками понятия параметров a,b,c,alpha,beta,gamma теряют смысл?

[madschumacher]

Правильно ли я понимаю, что с неортогональными решётками понятия параметров a,b,c,alpha,beta,gamma теряют смысл?

С чего? У Вас 3 длины + 3 угла, которые определяют произвольную ячейку. В ортогональном случае у Вас просто α=β=γ=90^∘.

[Гесс]

+1 к madschumacher
смотреть например https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0 ... 0%B2%D0%B5 на русском или https://en.wikipedia.org/wiki/Bravais_l ... dimensions с картинками

[Vit Nhoc]

Да, прошу прощения, память у меня дырявая.

[Vit Nhoc]

У многого софта, начиная с гауссиана и орки есть возможность пересчитывать гессиан каждые несколько шагов. Кемкрафт при отображении подобных инпутов показывает исключительно последний набор частот и шаги оптимизации после него. Это несколько некорректно, на мой взгляд.

Поясните, в этих выходных файлах для каждого шага оптимизации приводится набор частот, или только силовое поле? Если печатаются частоты, вы предлагаете их визуализировать?

[Гесс]

пересчитываются и приводятся частоты.
У кемкрафта там счас вообще печалька: приводится последний набор частот но визуализируется он (колебания атомов) на первой геометрии!!!, (хотя положения векторов отображаются там где атомы в новой геометрии)
Что получается в результате?:
1) Мы даем расчету поиска переходного состояния приличную начальную геометрию.
2) мы отсматриваем результат в какой то момент времени (потому как расчет не заканчивается так быстро как нам бы хотелось) и видим только последние частоты, причем среди них наверняка присутствует та которую мы хотим видеть. И геометрия выглядит прилично. Количества прошедших циклов оптимизации мы не видим. Изменения энергии только для последних пары шагов
3) А на самом деле оптимизация уже давно увела геометрию к чертям и "подходящие колебания" это остатки былых времен которые почему то прилагаются к очень старой геометрии.

[Vit Nhoc]

Гесс, то что вы пишете наверно происходит достаточно редко, обычно частоты визуализируются для оптимизированной геометрии. Пришлите мне проблемные файлы (и Gaussian и Orca), в которых есть такие проблемы, и в которых есть много таблиц частот для каждого шага оптимизации.

[alexp51]

Коллеги, похоже я нашел баг в последней версии 572b, а именно функция render molecular orbitals для ORCA не работает, хотя тот же out файл для более старой версии , например 562b , работает. Или я ошибаюсь?

[Vit Nhoc]

Коллеги, похоже я нашел баг в последней версии 572b, а именно функция render molecular orbitals для ORCA не работает, хотя тот же out файл для более старой версии , например 562b , работает. Или я ошибаюсь?

Да, действительно, это мой косяк. Спасибо за отзыв, скоро выложу поправленную версию.

[alexp51]

Спасибо! Тогда, если можно, еще одно пожелание. Нельзя ли ввести в программу функцию построения density of states , DOS проще говоря, по результатам расчета электронной структуры? Типа, как например в Gabedit?
Или это сложно реализуется?

[Vit Nhoc]

Спасибо! Тогда, если можно, еще одно пожелание. Нельзя ли ввести в программу функцию построения density of states , DOS проще говоря, по результатам расчета электронной структуры? Типа, как например в Gabedit?
Или это сложно реализуется?

Мне чтобы это сделать, надо вначале в этом разобраться, а это главная трудность.
Для каких задач используется DOS?
Я до сих пор не понимаю, зачем вообще строить картинки молекулярных орбиталей, мне кажется есть некое массовое заблуждение что они якобы полезны. Может и с DOS также будет?

[Гесс]

Химический визуализатор без визуализации орбиталей (и прочих сопутствующих изоповерхностных характеристик) это полвизуализатора.
Я попробую побыстрому очертить пару мест где нужны орбитали.
1) расположение HOMO и LUMO на молекуле - основополагающий момент в индексах Фукуи
2) форма и расположение нескольких десятков орбиталей вверх и вниз от HOMO/LUMO - критический момент в выборе активного пространства для мультиреференсных расчетов.
3) взаимоперекрывание HOMO и LUMO - принципиально в системах с переносом заряда.
4) делокализация орбиталей связана с ароматичностью, форма орбиталей коррелирует с типом связывания, особенно интересно у металлокомплексов.
В "орбитальном" формате хранятся данные по SpinDensity, FractionalOccupationDensity, OddElectronDensity, NonBondingInteraction, LocalIonisationPotential, LocalElectronAffinity, LocalHardness и прочим Local.

DOS и BandStructures это в периодике единственные визуализации, они хоть и не столь интуитивны как орбитали но дают хоть какое то представление о происходящем. И строит их мало кто. Для VASP - BandStructures я знаю два софта: их собственный p4vasp который хоть и бесплатен но исключительно под линукс, и платный QuantumATK - VirtualNanolab.
DOS твердотельшиками и компьютернымиматериаловедами используется... ну ок не в каждой второй, но в каждой десятой статье.

[Vit Nhoc]

Гесс, а можете рассказать что такое NBO-орбитали?

[alexp51]

В кластерном моделировании наноструктур и твердых тел особенно содержащих дефекты и примеси эти характеристики HOMO, LUMO , DOS и вообще локализация орбиталей также широко используются примерно в том же разрезе , что изложил Гесс но иногда в других терминах. И кстати именно через DOS можно сопоставить результаты кластерных расчетов и периодики.

[alexp51]

и да , кстати, DOS можно напрямую сопоставлять с результатами различных видов фотоэлектронной спектроскопии, во всяком случае для валентной зоны. Не зря, как я где то читал, данные метод называют экспериментальной квантовой химией.

[Гесс]

Гесс, а можете рассказать что такое NBO-орбитали?

Не то чтобы совсем не могу, но рискую сильно провраться, поэтому предпочел бы посылать к чужим описаловам.
Вики достаточно непонятно и ниочем https://en.wikipedia.org/wiki/Natural_bond_orbital
Зато у Sanya было! https://photon190573.livejournal.com/3156.html