Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить

Какой графический стиль вы бы предпочли?

Белый фон, жёлтые атомы углерода (как было раньше)
15
30%
Белый фон, розовые атомы углерода
1
2%
Белый фон, серые атомы углерода
13
26%
Чёрный фон, желтые атомы углерода
7
14%
Чёрный фон, розовые атомы углерода (как стало сейчас)
3
6%
Чёрный фон, серые атомы углерода
6
12%
Всё равно
4
8%
Другое
1
2%
 
Всего голосов: 50

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт дек 06, 2018 9:56 am

Гесс писал(а):
Ср дек 05, 2018 11:14 pm
09/10/2009 - version 1.6 build 315 issued:

- (NEW) Implemented basic support of Turbomole input and output files (starting/optimized geometries, vibrational modes, dipole moments, scf cycles, NMR shieldings can be visualized);
10/14/2010 - version 1.6 build 338 issued:
...
- Turbomole output files with transition state search can be visualized;
03/26/2013 - version 1.7 build 375 issued:
...
- Latest Turbomole output files can be visualized
Простите а о каких файлах идет речь, а то я только что попробовал gradient (содержащий все геометрии) и даже coord (стартовую) - билд 536а изображает полное непонимание.
То же самое - наверно у Turbomole обновился формат, пришлите мне несколько выходных файлов чтобы я разобрался. Я готовлю релиз новой версии Chemcraft.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Чт дек 06, 2018 11:53 am

отправлено, ежели что еще надо - запрашивайте, предоставлю.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение EvgeniX » Чт дек 06, 2018 6:34 pm

Vit Nhoc писал(а):
Чт дек 06, 2018 9:54 am
Пришлите мне в ЛС или на email выходной файл Природы с этой проблемой.
Вопрос про входной файл. В выходных файлах масса не указывается...

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вс дек 09, 2018 1:00 pm

Vit Nhoc писал(а):
Чт дек 06, 2018 9:56 am
То же самое - наверно у Turbomole обновился формат, пришлите мне несколько выходных файлов чтобы я разобрался. Я готовлю релиз новой версии Chemcraft.
Chemcraft не читает файлы coord которые сам же создает.
То есть - берем произвольную молекулу, открываем ее в кемкрафте, вкладка Coord, кнопка Coords format, пункт Turbomole format, копируем получившийся результат в пустой файл, сохраняем, пробуем открыть - вкладка Source содержит координаты, но Image пуст и вообще впечатление что я открываю нечитаемый формат - даже имя окна остается последним успешно открытым файлом.

Имеет смысл искать старые релизы?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вс дек 09, 2018 9:10 pm

Помоему уже ктото спрашивал...
Можно конкатенированные xyz файлы содержащие во второй строке энергию отображать как единую оптимизацию (с возможностью построить график энергия от номера шага) а не как десятки независимых файлов с энергией вместо названия?
Предпочтительно чтобы это не было завязано на число столбцов в файле - отображать атомы и координаты согласно первым 4 столбцам а остальное с богом.
Пример файла высылаю на почту.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вс дек 09, 2018 10:11 pm

Гесс писал(а):
Вс дек 09, 2018 1:00 pm
Vit Nhoc писал(а):
Чт дек 06, 2018 9:56 am
То же самое - наверно у Turbomole обновился формат, пришлите мне несколько выходных файлов чтобы я разобрался. Я готовлю релиз новой версии Chemcraft.
Chemcraft не читает файлы coord которые сам же создает.
То есть - берем произвольную молекулу, открываем ее в кемкрафте, вкладка Coord, кнопка Coords format, пункт Turbomole format, копируем получившийся результат в пустой файл, сохраняем, пробуем открыть - вкладка Source содержит координаты, но Image пуст и вообще впечатление что я открываю нечитаемый формат - даже имя окна остается последним успешно открытым файлом.

Имеет смысл искать старые релизы?
Я попробовал воспроизвести - у меня файл открылся, но атомы на больших расстояниях друг от друга и без связей. Тут дело в том, что формат Turbomole подразумевает координаты в борах, а Chemcraft, читая xyz файл, всегда думает что там в ангстремах.
Не совсем понятно, зачем нужна такая фича? В крайнем случае можно этот xyz файл скопировать в Clipboard, далее перейти во вкладку Coords, далее выбрать координаты - Bohrs и далее два раза подряд нажать Paste.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вс дек 09, 2018 10:29 pm

Гесс писал(а):
Вс дек 09, 2018 9:10 pm
Помоему уже ктото спрашивал...
Можно конкатенированные xyz файлы содержащие во второй строке энергию отображать как единую оптимизацию (с возможностью построить график энергия от номера шага) а не как десятки независимых файлов с энергией вместо названия?
Предпочтительно чтобы это не было завязано на число столбцов в файле - отображать атомы и координаты согласно первым 4 столбцам а остальное с богом.
Пример файла высылаю на почту.
Опция Tools/Data summary/Show energy graph from multiple xyz file. Но с вашим файлом она не работает ) , поскольку я не предусмотрел это для файлов xyz в формате Turbomole. Сейчас я уже устранил проблему и готовлюсь выложить промежуточную версию Chemcraft в течение двух недель. Вы подождёте? Прислать вам ссылку когда закачаю?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вс дек 09, 2018 10:44 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вс дек 09, 2018 10:11 pm
Не совсем понятно, зачем нужна такая фича? В крайнем случае можно этот xyz файл скопировать в Clipboard, далее перейти во вкладку Coords, далее выбрать координаты - Bohrs и далее два раза подряд нажать Paste.
coord - основной входящий и один из основных исходящих файлов/форматов Турбомоля. Было бы очень позитивно иметь возможность открывать конкретно его, а не скачивать с серверов кучи прочих файлов (как например приходится делать для TmoleX).
С такими файлами (и вообще много с какими другими) работает ase-gui, но там некрасивая графика (мое мнение) и нет версии под винду.

Спасением является утилита t2x которая генерирует конкатенированные xyz (такие файлы как я вам прислал), но для этого надо иметь t2x и всеравно это лишние операции и дополнительные файлы.
Vit Nhoc писал(а):
Вс дек 09, 2018 10:29 pm
Сейчас я уже устранил проблему и готовлюсь выложить промежуточную версию Chemcraft в течение двух недель. Вы подождёте? Прислать вам ссылку когда закачаю?
Ага, буду очень признателен. :clap:

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Чт дек 13, 2018 6:24 pm

Далее вопрос: как лучше реализовать чтение расчётов Turbomole из нескольких файлов, содержащих файлы job.last, gradient, energy и т.д.
Можно сделать как с файлами NBO: открываете файл job.last, и появляется окно, где можно увидеть и анчекнуть галочки - открытие находящихся рядом файлов gradient, coord и пр.
Для меня это было бы, наверно, немного неудобно, но речь не обо мне.
Может правильнее читать файл gradient просто открывая его отдельно в Chemcraft? Тогда вопрос, как моей программе узнать, что это именно файл gradient формата Turbomole. Не люблю такие файлы, у которых нельзя по расширению догадаться, что в них. Вопрос в том - выдача Turbomole подразумевает всегда такое название файла, или надо анализировать ключевые слова внутри файла?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Чт дек 13, 2018 7:15 pm

все файлы турбомоля не имеют расширений.
любая оптимизация будет содержать файлы gradient, energy, job.last
я не знаю другого софта который бы создавал файлы с названием gradient
Информация из файла job.last содержит на мой взгляд довольно мало пользы

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пт дек 14, 2018 5:01 pm

Я тут вспомнил, что файлы Turbomole с множественными XYZ структурами также содержат и градиент в том числе (сейчас Chemcraft этот градиент ещё не читает). Хотелось бы понять, в каких случаях используется этот формат файлов, а в каких gradient?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пт дек 14, 2018 5:58 pm

Я сделал чтение файлов gradient, но пока не выложил новую версию программы. А нужно кому-нибудь чтобы читались кроме координат атомов также градиенты?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пт дек 14, 2018 7:08 pm

Vit Nhoc писал(а):
Пт дек 14, 2018 5:01 pm
Я тут вспомнил, что файлы Turbomole с множественными XYZ структурами также содержат и градиент в том числе (сейчас Chemcraft этот градиент ещё не читает). Хотелось бы понять, в каких случаях используется этот формат файлов, а в каких gradient?
gradient это собственный файл турбомоля. Из известного мне софта, отдельно от всех других файлов в папке расчете (которая на сервере и качать которую целиком ради одного файла довольно странно) этот файл сейчас читает (и то далеко не всегда а как то очень рандомно) только ase-gui который мне не нравится по целому ряду причин. Другой софт этот файл вообще читаемым не считает (включая ТмольХ которому нужна вся папка).
Существует скрипт t2x который умеет обрабатывать файлы gradient выдавая конкатенированный xyz. Это уже намного более человечный формат файла и в кемкрафте текущего релиза я мог хотя бы посмотреть изменение геометрии. На сегодня это то как я работаю с турбомолем, если мне недостаточно отсматривать только coord который я могу отсмотреть и на сервере с помощью все того же ase-gui. Насколько я понимаю этот формат - просто переход к чему то более сьедобному чем gradient. А так как картинки у ТмольХ и асе-гуи ну очень на любителя, то людям желающим получить красивые картинки в нравящемся им софте (кемкрафт,вмд и т.д) всеравно так или иначе нужно делать xyz.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение EvgeniX » Вт янв 15, 2019 11:58 am

Здравствуйте.

Можно добавит в ChemCraft вывод зарядов, рассчитанных в квантово-химическом
пакете ПРИРОДА?

Данные секции выводятся после каждого шага оптимизации, если заданы
соответствующие ключевые слова во входном файлеL

1) Заряды по Малликену (для любых расчётов):

Overlap populations:
atom charge spin p.
C1 -0.6048 0.00000
H1 0.1512 0.00000
H2 0.1512 0.00000
H3 0.1512 0.00000
H4 0.1512 0.00000

Нумерация идёт в соответствии с группой атомов, например C1, H1, C2, H2,
H3, H4, C3... Но атомы находятся в том же порядке, что заданы в исходной
первой секции Atomic Coordinates:

2) Заряды по Хиршфельду (только для DFT):

Atomic partitions of the density:
atom charge spin
1 C -0.1665 0.0000
2 H 0.0419 0.0000
3 H 0.0419 0.0000
4 H 0.0419 0.0000
5 H 0.0419 0.0000
total 9.9987 0.0000

Тут перед атомом стоит его номер, на группы не делятся.

Файлы с примерами выслал по электронной почте.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт янв 15, 2019 4:09 pm

EvgeniX

Сделаю в следующей версии, но пока я сильно занят другими делами.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пт фев 01, 2019 4:22 pm

Я тут https://www.chemport.ru/forum/viewtopic ... 35#p995335 решил построить полную спиновую плотность из аутпута. Кемкрафт трудился долго и построил. Но прогрессбар не исчез (возможность работы с программой при этом сохранилась). При закрытии кемкрафта вылезло вот это:
Chemcraft.jpg
Как бы жить не мешает но вдруг вам будет интересно.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пт фев 01, 2019 5:36 pm

Гесс
Это Штуковина 1.0) Утечка памяти, задетектированная менеджером. Сама по себе утечка обычно не является проблемой (лишний килобайт памяти, отданный программе, который после закрытия программы всё равно возвращается домой).
Возможно мне надо перезалить билд (чтобы не выскакивало это сообщение).
А какой билд Chemcraft-а у вас это отображает?

grm882
Сообщения: 1
Зарегистрирован: Чт май 31, 2018 10:24 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение grm882 » Пн фев 04, 2019 12:25 pm

Добрый день!
В последней версии Chemcraft_b548a при попытке открытия геометрии молекулы в формате Gamess-US input (unique atoms) выдает Access violation at address 00649ECD ...
В версии 536a и более ранних этой ошибки не было.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пн фев 04, 2019 12:31 pm

Vit Nhoc писал(а):
Пт фев 01, 2019 5:36 pm
А какой билд Chemcraft-а у вас это отображает?
548а

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пн фев 04, 2019 9:37 pm

grm882 писал(а):
Пн фев 04, 2019 12:25 pm
Добрый день!
В последней версии Chemcraft_b548a при попытке открытия геометрии молекулы в формате Gamess-US input (unique atoms) выдает Access violation at address 00649ECD ...
В версии 536a и более ранних этой ошибки не было.
Пришлите пожалуйста пример файла мне на email, показанный тут:

https://chemcraftprog.com/contacts.html

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей