Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Tatyana111]

Пожалуйста напишите здесь координаты атомов какой-нибудь молекулы, для которой автоопределение симметрии длится 3 часа.

Ну, попробуйте выполнить автоматическое определение симметрии вот этого кластера (182 атома).

B 3.265108460 3.265108460 1.455820786
B 3.843810804 1.997654842 1.997654842
B 4.662758041 1.066229680 1.066229680
B 4.855720502 -0.358007502 1.429986938
B 4.855720504 -1.429986939 0.358007501
B 4.485276384 -2.783793414 0.761442801
B 3.647838143 -3.647838141 -0.119765738
B 2.783793413 -4.485276386 0.761442804
B 1.429986940 -4.855720505 0.358007503
B 0.358007503 -4.855720505 1.429986940
B -1.066229680 -4.662758043 1.066229682
B -1.997654843 -3.843810805 1.997654845
B -3.265108462 -3.265108462 1.455820790
B -3.843810805 -1.997654843 1.997654845
B -4.662758043 -1.066229680 1.066229682
B -4.855720505 0.358007503 1.429986940
B -4.855720505 1.429986940 0.358007503
B -4.485276386 2.783793413 0.761442804
B -3.647838141 3.647838143 -0.119765738
B -2.783793414 4.485276384 0.761442801
B -1.429986939 4.855720504 0.358007501
B -0.358007502 4.855720502 1.429986938
B 1.066229680 4.662758041 1.066229680
B 1.997654842 3.843810804 1.997654842
B 3.647838140 3.647838140 0.119765735
B 2.783793413 4.485276382 -0.761442803
B 1.429986938 4.855720502 -0.358007502
B 0.358007501 4.855720504 -1.429986939
B -1.066229681 4.662758043 -1.066229681
B -1.997654843 3.843810807 -1.997654843
B -3.265108461 3.265108464 -1.455820787
B -3.843810805 1.997654845 -1.997654843
B -4.662758043 1.066229682 -1.066229680
B -4.855720505 -0.358007500 -1.429986938
B -4.855720505 -1.429986938 -0.358007500
B -4.485276387 -2.783793412 -0.761442801
B -3.647838142 -3.647838142 0.119765742
B -2.783793412 -4.485276387 -0.761442801
B -1.429986938 -4.855720505 -0.358007500
B -0.358007500 -4.855720505 -1.429986938
B 1.066229682 -4.662758043 -1.066229680
B 1.997654845 -3.843810805 -1.997654843
B 3.265108464 -3.265108461 -1.455820787
B 3.843810807 -1.997654843 -1.997654843
B 4.662758043 -1.066229681 -1.066229681
B 4.855720504 0.358007501 -1.429986939
B 4.855720502 1.429986938 -0.358007502
B 4.485276382 2.783793413 -0.761442803
B 4.201283438 3.160587201 -2.164822274
B 3.160587201 4.201283438 -2.164822274
B 2.164822277 4.201283437 -3.160587204
B 0.761442801 4.485276384 -2.783793414
B -0.119765738 3.647838143 -3.647838141
B -1.455820787 3.265108464 -3.265108461
B -1.997654843 1.997654845 -3.843810805
B -3.265108462 1.455820790 -3.265108462
B -3.647838142 0.119765742 -3.647838142
B -4.485276387 -0.761442801 -2.783793412
B -4.201283441 -2.164822276 -3.160587203
B -4.201283441 -3.160587203 -2.164822276
B -3.160587203 -4.201283441 -2.164822276
B -2.164822276 -4.201283441 -3.160587203
B -0.761442801 -4.485276387 -2.783793412
B 0.119765742 -3.647838142 -3.647838142
B 1.455820790 -3.265108462 -3.265108462
B 1.997654845 -1.997654843 -3.843810805
B 3.265108464 -1.455820787 -3.265108461
B 3.647838143 -0.119765738 -3.647838141
B 4.485276384 0.761442801 -2.783793414
B 4.201283437 2.164822277 -3.160587204
B 3.160587200 2.164822275 -4.201283443
B 2.164822275 3.160587200 -4.201283443
B 0.761442804 2.783793413 -4.485276386
B 0.358007503 1.429986940 -4.855720505
B -1.066229680 1.066229682 -4.662758043
B -1.429986938 -0.358007500 -4.855720505
B -2.783793412 -0.761442801 -4.485276387
B -3.160587203 -2.164822276 -4.201283441
B -2.164822276 -3.160587203 -4.201283441
B -0.761442801 -2.783793412 -4.485276387
B -0.358007500 -1.429986938 -4.855720505
B 1.066229682 -1.066229680 -4.662758043
B 1.429986940 0.358007503 -4.855720505
B 2.783793413 0.761442804 -4.485276386
B 4.201283437 -3.160587204 2.164822277
B 3.160587200 -4.201283443 2.164822275
B 2.164822275 -4.201283443 3.160587200
B 0.761442804 -4.485276386 2.783793413
B -0.119765738 -3.647838141 3.647838143
B -1.455820787 -3.265108461 3.265108464
B -1.997654843 -1.997654843 3.843810807
B -3.265108461 -1.455820787 3.265108464
B -3.647838141 -0.119765738 3.647838143
B -4.485276386 0.761442804 2.783793413
B -4.201283443 2.164822275 3.160587200
B -4.201283443 3.160587200 2.164822275
B -3.160587204 4.201283437 2.164822277
B -2.164822274 4.201283438 3.160587201
B -0.761442803 4.485276382 2.783793413
B 0.119765735 3.647838140 3.647838140
B 1.455820786 3.265108460 3.265108460
B 1.997654842 1.997654842 3.843810804
B 3.265108460 1.455820786 3.265108460
B 3.647838140 0.119765735 3.647838140
B 4.485276382 -0.761442803 2.783793413
B 4.201283438 -2.164822274 3.160587201
B 3.160587201 -2.164822274 4.201283438
B 2.164822277 -3.160587204 4.201283437
B 0.761442801 -2.783793414 4.485276384
B 0.358007501 -1.429986939 4.855720504
B -1.066229681 -1.066229681 4.662758043
B -1.429986939 0.358007501 4.855720504
B -2.783793414 0.761442801 4.485276384
B -3.160587204 2.164822277 4.201283437
B -2.164822274 3.160587201 4.201283438
B -0.761442803 2.783793413 4.485276382
B -0.358007502 1.429986938 4.855720502
B 1.066229680 1.066229680 4.662758041
B 1.429986938 -0.358007502 4.855720502
B 2.783793413 -0.761442803 4.485276382
B -3.255562167 -3.255562167 3.255562170
B -4.900876656 -2.775424187 0.879578699
B -4.900876656 -0.879578696 2.775424189
B -5.822536696 0.000000001 0.000000001
B -2.775424187 -0.879578697 4.900876659
B -4.328618608 1.086501258 4.328618609
B -5.511475163 1.965079775 1.965079775
B -4.900876656 2.775424189 -0.879578696
B -4.900876656 0.879578699 -2.775424187
B -5.511475163 -1.965079773 -1.965079773
B -4.328618608 -4.328618608 -1.086501255
B -2.775424187 -4.900876656 0.879578699
B -0.879578696 -4.900876656 2.775424189
B -0.879578697 -2.775424187 4.900876659
B 1.086501258 -4.328618608 4.328618609
B -4.328618608 -1.086501255 -4.328618608
B -4.009757858 -4.009757858 -4.009757858
B -1.965079773 -5.511475163 -1.965079773
B 0.000000001 -5.822536696 0.000000001
B 1.965079775 -5.511475163 1.965079775
B 0.879578699 -4.900876656 -2.775424187
B 2.775424189 -4.900876656 -0.879578696
B -1.086501255 -4.328618608 -4.328618608
B -1.965079773 5.511475162 1.965079774
B -1.086501257 4.328618607 4.328618607
B 0.879578697 2.775424187 4.900876656
B 0.879578697 4.900876656 2.775424187
B 0.000000000 5.822536695 0.000000000
B -2.775424187 4.900876659 -0.879578697
B 2.775424187 0.879578697 4.900876656
B 3.255562166 3.255562166 3.255562166
B 2.775424187 4.900876656 0.879578697
B 1.965079774 5.511475162 -1.965079773
B -0.879578697 4.900876659 -2.775424187
B 4.328618607 -1.086501257 4.328618607
B 4.900876656 0.879578697 2.775424187
B 4.900876656 2.775424187 0.879578697
B 4.328618607 4.328618607 -1.086501257
B 4.009757862 4.009757862 -4.009757859
B 1.086501258 4.328618609 -4.328618608
B 5.511475162 1.965079774 -1.965079773
B 4.328618609 1.086501258 -4.328618608
B 4.900876659 -0.879578697 -2.775424187
B 5.822536695 0.000000000 0.000000000
B 5.511475162 -1.965079773 1.965079774
B 4.900876659 -2.775424187 -0.879578697
B 1.965079775 1.965079775 -5.511475163
B 2.775424189 -0.879578696 -4.900876656
B 3.255562170 -3.255562167 -3.255562167
B 0.879578699 -2.775424187 -4.900876656
B 0.000000001 0.000000001 -5.822536696
B -1.965079773 -1.965079773 -5.511475163
B -2.775424187 0.879578699 -4.900876656
B -3.255562167 3.255562170 -3.255562167
B -0.879578696 2.775424189 -4.900876656
B -4.009757859 4.009757862 4.009757862
B -1.965079773 1.965079774 5.511475162
B 0.000000000 0.000000000 5.822536695
B 1.965079774 -1.965079773 5.511475162
B 4.009757862 -4.009757859 4.009757862
B 4.328618609 -4.328618608 1.086501258
B -4.328618608 4.328618609 1.086501258

Взял Fe(CN)6 (Oh), определятор дошёл до 79% подвис буквально на 3 секунды и бодро продолжил.
Версия 1.8/523a
И это, простите, на Celeron 1.4 GHz

И хорошо бы для сравнения Любитель_Манниха проделал то же самое на своих ресурсах и на своей версии программы.

P.S. GaussView определяет симметрию этой системы за 1(!) секунду.

[Vit Nhoc]

Tatyana111
У меня на старом компьютере определилась симметрия T за 5 минут. Что я делаю не так?

[Tatyana111]

Tatyana111
У меня на старом компьютере определилась симметрия T за 5 минут. Что я делаю не так?

Vit Nhoc, на старом компьютере и на старой версии программы? Или на новой версии?
Просто на старых версиях и у меня всё так же быстро определится.

симметрия T

Неправильно

[Vit Nhoc]

Версия последняя.
А какая должна быть симметрия?

[Tatyana111]

Версия последняя.
А какая должна быть симметрия?

Давайте подождем отчета от Любителя_Манниха или еще кого-нибудь.
Чтобы было объективно.

У меня на последней версии ChemCrafta симметрия этой системы определяется вот уже 15 минут, пока тестирование около 40%, до критических 80% еще не дошло. И загрузка ЦП - 100%.

А на старой версии ChemCrafta, на GaussView и даже на портативном Gaussiane все определяется за несколько секунд без всяких пожираний памяти. И это нормально, потому что копеечная процедура не должна грузить компьютер, об этом речь.

[Tatyana111]

Версия последняя.

Ну вот у меня симметрия этой системы на последней версии определилась за 45 минут. Это очень долго.

Правда, определилась правильно и ничего не зависло.
Это уже огромный прогресс по сравнению с предпоследней версией, где всё зависало, даже не начав определяться.

[Vit Nhoc]

А на старой версии ChemCrafta, на GaussView и даже на портативном Gaussiane все определяется за несколько секунд без всяких пожираний памяти. И это нормально, потому что копеечная процедура не должна грузить компьютер, об этом речь.

Я думаю, последняя версия Chemcraft определяет симметрию более надёжно. Не зря она столько нагружает CPU всевозможными поворотами молекулы.

[Tatyana111]

Я думаю, последняя версия Chemcraft определяет симметрию более надёжно. Не зря она столько нагружает CPU всевозможными поворотами молекулы.

Ну, у меня последняя версия определила симметрию правильно. За 45 минут.
И другие программы тоже определили правильно. За секунды.

Но все равно хорошо, что хоть не зависает, как в прежних версиях.

Непонятно только, почему у Вас последняя версия определила симметрию неправильно.
Но зато быстро, за 5 минут.

[Гесс]

build 522a, время определения порядка 8 минут, максимальная определенная точечная группа Td, отъедаемая память около полугигабайта. До 80% шло со скоростью около 0.1% в секунду, участок от 80.4% до 100% преодолело за 2-3 секунды.

Гаусвью определяет как Td одновременно с постановкой галочки "Enable point group symmetry"

[Tatyana111]

максимальная определенная точечная группа Td

Это правильно, симметрия системы - Td.

У меня ChemCraft последней версии определил симметрию правильно, Td.

Гаусвью определяет как Td одновременно с постановкой галочки "Enable point group symmetry"

И GaussView, и гауссиан тоже Td определяют.

Ну, 5-8 минут - это еще терпимо, наверное, на достаточно мощных ресурсах.

Я пробовала на ресурcах примерно таких, как писал Любитель_Манниха, у меня там установлен ChemCraft чисто для всякой оформительской работы со статьями.

[Гесс]

Intel i5-3210M, 2.5GHz, 8Gb RAM, 64bit

[Любитель_Манниха]

build 522a, время определения порядка 8 минут, максимальная определенная точечная группа Td, отъедаемая память около полугигабайта. До 80% шло со скоростью около 0.1% в секунду, участок от 80.4% до 100% преодолело за 2-3 секунды.

Гаусвью определяет как Td одновременно с постановкой галочки "Enable point group symmetry"

523a, занимало памяти 57 мегов, после нажатия кнопки - мгновенно отожралось до почти 1.3 Гб
Одно ядро из двух грузит полностью. До ~79% шло со скоростью ~5% в минуту (чуть быстрее, чуть медленнее, до 75% дошло ровно за 15 мин).
И, того, этого. Зафейлило. Группы Td в списке вообще нет.

[Любитель_Манниха]

Я думаю, последняя версия Chemcraft определяет симметрию более надёжно. Не зря она столько нагружает CPU всевозможными поворотами молекулы.

Можно, конечно, забивать гвоздь в деревянную дверь отбойным молотком, при этом специальный человек будет держать гвоздь в специальном держателе, но зачем, если есть обычный молоток?
Это я к тому, что в данном аспекте у Chemcraft явно что-то ОЧЕНЬ не оптимально. Например, что для запощенного борного кластера, что для Fe(CN6)3- отжирается одинаковое количество памяти И то, что у всех юзеров ~80% является неким рубежом, для любой структуры (причём после которого тормоза либо резко усиливаются, либо резко пропадают) - ну явно не должно так быть.

[Vit Nhoc]

Пожалуйста задайте в программе режим Edit/Set point group/Group identification algorithm/Random rotations mode, и проверьте ещё раз как находится симметрия.
Режим random rotations имеет и плюсы, и минусы. С одной стороны, всегда есть небольшая вероятность что программа случайно не найдёт нужную симметрию, а с другой стороны, если не нашла - можно запустить поиск симметрии ещё несколько раз и рано или поздно найдёт.
Режим по умолчанию - это перебирание всех возможных углов Эйлера, и мне кажется из-за сложности этого подхода я так и не довёл его но нормального функционирования.

[madschumacher]

А в стандартном алгоритме как-то используется какие-нибудь априорные факты о связи симметрии и геометрии, например, что главные оси инерции всегда направлены вдоль главной оси симметрии? Есть же вроде эффективные алгоритмы поиска по симметрии? Зачем крутить всю молекулы во все стороны?

[Vit Nhoc]

А в стандартном алгоритме как-то используется какие-нибудь априорные факты о связи симметрии и геометрии, например, что главные оси инерции всегда направлены вдоль главной оси симметрии? Есть же вроде эффективные алгоритмы поиска по симметрии? Зачем крутить всю молекулы во все стороны?

Почему всегда? Может, в отдельном случае из-за искажённой геометрии эти оси разойдутся. Лучше уж провращать молекулу во всех направлениях, для надёжности.

[madschumacher]

Почему всегда?

Потому что всегда.

Может, в отдельном случае из-за искажённой геометрии эти оси разойдутся.

Если разойдутся, значит нет симметрии. Это строгое утверждение.

[Tatyana111]

Если с тетраэдрическими молекулами программа, хоть и со скрипом, но стала справляться, то с октаэдрическими - совсем беда. Подозреваю, что с икосаэдрическими тоже.

Автоопределение симметрии октаэдрической семиатомной молекулы SF6 из встроенной библиотеки ChemCrafta:
Симметрия определялась 40 минут на Intel(R) Core(TM)2 Duo 2.2 GHz.
Что я делаю не так? ))

Что там можно крутить 40 минут, если там всего 7 атомов? Явно она крутит что-то не то и не так.
Все эти 40 минут ушли на прохождение участка 80-85 %. До него и после него прошла за секунды.

Вчерашний тетраэдрический кластер B182 на этой же машине определился за 5 минут, 80% проскочил быстро, но симметрию определил неправильно (T). Хотя на обеих машинах стоит одна и та же версия программы, последняя. Получается, что на разных машинах одна и та же версия программы выдаёт разные результаты по симметрии.

Vit Nhoc, может, стОит посмотреть, что происходит на рубеже 80%, и это как-то поможет решить проблему.
И попробуйте на своей машине определить симметрию SF6, она есть в библиотеке, в разделе Molecules > Simple compounds.

[Гесс]

Тот же ноут и тот же билд что упоминался выше, SF6 из библиотеки, 0-79.4% за секунду, далее зависание на секунд 20, отжирается почти гигабайт оперативы, определение заканчивается, оператива освобождается. Высшая найденная группа Oh. Уже пять минут как открыто окно "choose orientation", одно из 4 ядер полностью занято кемкрафтом. При том что никаких вычислений, перерисовок, анимаций или еще чего то не проводится. По идее в этом состоянии загрузка ЦП должна быть близка к 0.

>Если разойдутся, значит нет симметрии. Это строгое утверждение.
Да, я не математик, но контрпримера придумать не могу.

[Vit Nhoc]

Автоопределение симметрии октаэдрической семиатомной молекулы SF6 из встроенной библиотеки ChemCrafta:
Симметрия определялась 40 минут на Intel(R) Core(TM)2 Duo 2.2 GHz.
Что я делаю не так? ))

Напишите здесь координаты.