Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Vit Nhoc]

Так мы уже это делали, 2 разных 64-битных ключа так и не подошли, и непонятно, почему... Так что пока погоняю 32-битную версию.

Не знаю, пришлите мне все эти ключи, попробую разобраться.

[anasanity]

Было бы очень удобно задействовать scroll wheel button как в GaussView. То есть что бы перемещать объект в плоскости экрана не нужно было бы нажимать SHIFT+RIGHTCLICK, а просто SCROLLBUTTON. Бывает хочется отодвинутся подальше от монитора и подвигать-повращать "сие творение"
Сейчас, я так понимаю, эта кнопка просто дублирует LEFTCLICK.
А вообще - большое спасибо за удобный визуализатор.

[Гесс]

Перенесено из viewtopic.php?f=71&t=113219

Мою программу Chemcraft почти все покупают в виде академической, а не коммерческой лицензии, из чего я делаю вывод что квантовую химию финансирует только государство.

Неправильный вывод. В бизнесе умеют считать деньги и покупают только то, что действительно нужно. Если функционал дублирует имеющиеся программные пакеты, то ничего удивительного, что люди предпочитают более функциональные и удобные варианты (а поскольку у вас там везде белый фон на скриншотах, то очевидно, что вам до сих пор не сказали, что фон должен быть чёрным для того, чтобы можно было хотя бы как-то пользоваться). Если не дублирует, то уверены ли вы, что о вашей программе вообще знают? На скольких конференциях за год вы бываете с рекламными целями (стенд, доклады)?

В кемкрафте несколько "внешних" стилей - в том числе черный Гиперхема и синий Гаусвьювера.
Кроме того цвет фона можно настраивать для любого стиля Display - Customise - Edit Scheme - Common Properties - Background, что довольно интуитивно, имхо
Да, очень много вьюверов имеют базовым цветом фона черный (MaterialStudio, Химера, VMD, Jmol, Avogadro, ADF, Mercury).
Из нечерных: Molekule, Molekel, wxMacMolPlot, gv (вьювер Molcasa) - белый,
IQmol (вьювер QChema), NanotubeModeler - синий, Гмолден - градиентный: темносиний-белый.
TmoleX (вьювер Турбомоля) - серый. Gabedit - темносерый,

Я не возьмусь утверждать насколько это функционально. Обычно я работаю с дефолтным цветом фона (если он не градиентный) и меняю его на белый для создания картинок.

[uchebnik fiziki]

Я не возьмусь утверждать насколько это функционально.

Глаза меньше устают. Даже исследования были.

[Vit Nhoc]

Я не возьмусь утверждать насколько это функционально.

Глаза меньше устают. Даже исследования были.

А какой фон оптимальный - чёрный или какой-нибудь серый/голубой?

[uchebnik fiziki]

чёрный, конечно
и все остальные цвета должны быть не очень ядовитыми

[Shorku]

Может, я опять не в курсе, что уже есть: а можно часть атомов делать полупрозрачными, чтобы выделять интересную часть картинки?

[Гесс]

Может, я опять не в курсе, что уже есть: а можно часть атомов делать полупрозрачными, чтобы выделять интересную часть картинки?

Я незнаю есть ли такой функционал специфично, но если бы передо мной стояла такая задача для получения красивой кртаинки - я бы наверное изменил бы тип атома для "нежелательных атомов (скажем с углерода на менделевий), а потом настроил бы свойства атома менделевия чтоб он был полупрозрачным.

[Vit Nhoc]

Причём изменить тип нескольких атомов сразу можно, выделив их и выбрав "Edit/Set the types and captions of all selected atoms".

[VTur]

Ставлю номера и символы атомов. Мне так удобнее. (В дефолте можно поставить только символы атомов). Но стоит изменить конфигурацию - номера исчезают, остаются только символы.

[ Post made via Android ]

[Vit Nhoc]

Прошу оценить новую версию программы:

http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... 45_win.exe

Последние изменения:

1) Когда Gaussian считает рамановские спектры, он печатает не рамановские интенсивности, а активности, которые ещё надо пересчитать в интенсивности. Chemcraft их пересчитывает в интенсивности по этой формуле:



Подробнее см. здесь:

http://www.chemcraftprog.com/help/spectrumwindow1.html

Очень хочется удостовериться, что у меня всё правильно.

2) Файлы VASP movie (*.vasp) могут быть визуализированы;

3) Когда читаются .cif файлы, во вкладке Abstract показываются lattice vectors (как это по-русски?). Я думаю, это может потребоваться, если у вас есть cif файл и вы хотите просчитать кристалл (для расчёта PBC в Gaussian нужны параметры ячейки);

4) Когда оптимизируется возбуждённое состояние в Gaussian-е, в левой панели и в abstract-е отображаются правильные энергии (данного возбуждённого состояния). Раньше показывалась только энергия основного состояния;

5) Файлы, сгенерированные последней версией ORCA (в формате Unicode), могут быть прочитаны;

6) Могут быть визуализированы файлы object file format (.off), которые генерируются Gaussian-ом при расчёте сольватационных моделей (в этих файлах хранятся параметры полости). В дальнейшем мне надо будет разобраться, как всё это работает, и мне нужна будет консультация по расчётам сольватации (для чего вообще нужна эта полость);

7) Корректно отображаются файлы Gamess с расчётами OPT+FREQ TS, когда таблица с частотами печатается и в начале и в конце расчёта;

Когда создаётся входной файл Gamess с нестандартными базисными наборами, можно указать отдельный базис не только для каждого типа атома, но и для каждого отдельного атома в молекуле (очень прошу всё это протестировать, нет ли багов);

9) В режиме Coord можно получить координаты атомов с 12 цифрами после точки.

[Yu/2]

Нужна полноценная версия для Linux. Тогда куплю лицензию.

[Гесс]

Нужна полноценная версия для Linux. Тогда куплю лицензию.

ИМХО это звучит как то ультимативно и некрасиво.

[Гесс]

А есть где то настройка "связи какой длины визуализировать"?

А то у меня куча связей металл-углерод длиной около 2.5 и они суматошно возникают-исчезают по ходу оптимизации. "Глаза б мои их не видели". Понятно что я их могу удалить по одной, но при отсмотре оптимизации - это не вариант.

[Vit Nhoc]

А есть где то настройка "связи какой длины визуализировать"?

А то у меня куча связей металл-углерод длиной около 2.5 и они суматошно возникают-исчезают по ходу оптимизации. "Глаза б мои их не видели". Понятно что я их могу удалить по одной, но при отсмотре оптимизации - это не вариант.

Tools/Chemcraft incorrectly identifies...

Там можно отключить angle cutoff, тогда для органики связи будут определяться похуже, но для металлических кластеров станет лучше.

[VTur]

Повторю свой вопрос.
По дефолту нельзя установить номера и символы атомов. Только номера. Приходится делать вручную
View -> Labels on atoms -> Type+number
Однако при любом изменении настроек номера сразу же слетают.

Хотелось бы, чтобы номера и символы атомов возникали сразу (дефолтная настройка) и не исчезали при обращении к другим процедурам, в том числе поддерживались при сканировании

[Гесс]

Tools/Chemcraft incorrectly identifies...

Там можно отключить angle cutoff, тогда для органики связи будут определяться похуже, но для металлических кластеров станет лучше.

Спасибо, я поиграл там цифрами, помогло.

В орке довольно легко менять сетку интегрирования (одним словом). Более того,

The default DFT Grid setting in ORCA is Grid2 for SCF Iterations and Grid4 for the final energy evaluation but it is strongly recommended to learn how to handle grid errors yourself and always set the grid manually as the default settings are not always reliable.

Можно в Абстракт выдаваемый кемкрафтом включить тип грида?
Довольно прикольно что напрямую эта инормация в аутпуте нигде не значится, однако выделенная строка
[cut]

-------------------
DFT GRID GENERATION
-------------------

General Integration Accuracy IntAcc ... 4.340
Radial Grid Type RadialGrid ... Gauss-Chebyshev
Angular Grid (max. acc.) AngularGrid ... Lebedev-110
Angular grid pruning method GridPruning ... 3 (G Style)
Weight generation scheme WeightScheme... Becke
Basis function cutoff BFCut ... 1.0000e-11
Integration weight cutoff WCut ... 1.0000e-14
Grids for H and He will be reduced by one unit

# of grid points (after initial pruning) ... 49898 ( 0.0 sec)
# of grid points (after weights+screening) ... 42585 ( 0.1 sec)
nearest neighbour list constructed ... 0.0 sec
Grid point re-assignment to atoms done ... 0.0 sec
Grid point division into batches done ... 0.1 sec
Reduced shell lists constructed in 0.2 sec

Total number of grid points ... 42585
Total number of batches ... 680
Average number of points per batch ... 62
Average number of grid points per atom ... 1468
Average number of shells per batch ... 122.70 (58.99%)
Average number of basis functions per batch ... 308.34 (60.22%)
Average number of large shells per batch ... 92.20 (75.14%)
Average number of large basis fcns per batch ... 229.43 (74.41%)
Maximum spatial batch extension ... 16.24, 16.24, 13.36 au
Average spatial batch extension ... 0.20, 0.21, 0.20 au

Time for grid setup = 0.232 sec

------------------------------
INITIAL GUESS: MODEL POTENTIAL
------------------------------

[/cut] соответствует Grid2, а выделенная строка чуть глубже (на том же шаге оптимизации)
[cut]

14 -16573.8714993095 0.000000014079 0.00001963 0.00000039 0.0000075 0.0000
15 -16573.8714993184 -0.000000008855 0.00001018 0.00000023 0.0000034 0.0000
***DIIS convergence achieved***

*****************************************************
* SUCCESS *
* SCF CONVERGED AFTER 16 CYCLES *
*****************************************************

Setting up the final grid:

General Integration Accuracy IntAcc ... 4.670
Radial Grid Type RadialGrid ... Gauss-Chebyshev
Angular Grid (max. acc.) AngularGrid ... Lebedev-302
Angular grid pruning method GridPruning ... 3 (G Style)
Weight generation scheme WeightScheme... Becke
Basis function cutoff BFCut ... 1.0000e-11
Integration weight cutoff WCut ... 1.0000e-14
Grids for H and He will be reduced by one unit

# of grid points (after initial pruning) ... 185420 ( 0.0 sec)

[/cut] соответствует Grid4, согласно таблице в мануале:

Grid 0 # product grid
1 # Lebedev 50 (not recommended)
2 # Lebedev 110 points (default for SCF iterations)
3 # Lebedev 194 points (more accurate)
4 # Lebedev 302 points (default for FinalGrid)
5 # Lebedev 434 points (large)
6 # Lebedev 590 points (larger)
7 # Lebedev 770 points (very large)

(сетка интегрирования заданная с SpecialGridIntAcc для конкретных атомов отображаться таким манером скорее всего не будет, проверю на днях).

[Vit Nhoc]

Я начал делать форму для создания секций входного файла Gaussian с нестандандартными базисными наборами (такая форма уже есть для Gamess). Возник вопрос. На сайте EMSL (http://www.emsl.pnl.gov/forms/basisform.html) при получении базисного набора можно установить флажок Optimized General Contractions. Что он означает? Правильнее ли его выбирать или не выбирать?

[Vit Nhoc]

Прошу оценить новую версию программы:

http://www.chemcraftprog.com/files/Chem ... 50_win.exe


Последние изменения:

Расчёт столкновительных диаметров (подробнее здесь);
Для оптимизации геометрии программа может построить график “Step N vs proximity to symmetry point group”. Т.е. если, например, вы провели расчёт симметричной молекулы, хотите узнать получили ли истинный минимум или седловую точку, и не можете провести расчёт частот – можно слегка исказить геометрию, провести оптимизацию в C1, и посмотреть сходится ли геометрия к этой группе симметрии;
Можно добавить центроиды ко всем геометриям в расчёте оптимизации, например чтобы построить анимацию;
График спектра может быть инвертирован;
Если вы открываете файл Gamess и Chemcraft рисует слишком много связей, можно их убрать из всех геометрий;
PDB файлы с наложенными структурами корректно визуализируются;
Программа может визуализировать сферы PCM из расчёта Gaussian09D
Переписан код чтения орбиталей из файлов Gamess. Теперь можно построить орбитали начального приближения (в расчётах MCSCF), Boys orbitals, CIS natural orbitals, PCM MOs.
Отображаются заряды из файлов Molpro;
Можно построить куб с абсолютными значениями другого куба;
Небольшие доработки и устранение багов.

[AlexKsen]

Подскажите, можно ли в ChemCraft делать подобные картинки. Если можно, то подскажите как, пожалуйста. Или посоветуйте програмку. Думал, что в Mercury можно, но не нашел, как это сделать.
Думаю, если в ChemCraft нет такой возможности, то не плохо было бы ее реализовать.