Обсчет пространственной структуры соединений

[Nickolas]

Еще хочу обратить внимание: если речь идет о соединениях (лигандах), которые потом комплексуются с биополимерами (белками), то фактор стабильности того или иного конформера играет минимальную роль. Это специально проверяли и выяснили, что лиганд в комплексе с белком как правило занимает не ту конформацию, которая наиболее стабильна в газовой фазе или в растворе

Не могли бы Вы дать ссылку на эти исследования? Я почему-то всегда думал, что для небольших молекул все как раз наоборот.

[uchebnik fiziki]

http://infochim.u-strasbg.fr/chemoinfor ... bernai.pdf
http://www.dimitris-agrafiotis.com/Pape ... 7-1067.pdf

[amge]

Вдобавок см. аттач.
Еще совсем недавно была обширная статья на ту же тему, но, к сожалению, потерял и не смог найти ссылку.

[Nickolas]

Большое спасибо!

[Dottie]

Кажется что-то выходит))

NChemBio и В7101_1.gif

[Vanya Ivanov]

Не хочу никого критиковать, тем более, что у меня есть опыт бесед "по душам" с "квантовыми химиками" - среди них есть прекрасные ученые и мои друзья. НО . Когда они берутся делать SAR или даже QSAR - это беда и слезы. Не дурите мальчику голову своими полуэмпирическими и пр. специальными терминами - Вы все "...идете в город изумрудный дорогой очень трудной и дорогой не прямой..."
Если автора поста интересует наложить одну структурку на другую и сказать: "А я сделал корреляцию и предсказал биоактивность!!!!" то это делается совсем просто:
1 - идете на сайт RCSB и скачиваете там структуру вашего камптотецина в активном центре топоизомеразы: file - 1T8I.pdb
2 - в ручную из файла 1T8I.pdb по записям HETATM (гетероатом) забираете (ctrl-С -> ctrl-V) структуру камптотецина в активной конформации и сохраняете в своем файле. Нотация файлов pdb ,близкая к html.
3 - оптимизируйте свои структуры - мол файлы - да хоть в гиперхеме
4 - накладываете свои структуры на структуру "активной конформации" камтотецина (я делаю это в discovery studio Accelerys)
5 - считайте средне-квадратичное отклонение координат своих атомов от тех атомов камтотецина, которые участвуют с лигандном связывании или как хотите сами .... научные спекуляции молодежи интересней бредятины стариков.
(это называется алайнмент (alignment - RMSD -root mean squere deviation) - этот рмсд может быть дескриптором в qsar-ном уравнении. ВСЕ!

В подарок вам и с горячим поцАлуем к "квантарям" от мед химиков файл с активной конформацией комптотецина из активного центра топоизомеразы ... за 3 мин 47 сек

Camptothecin .pdb

[Vanya Ivanov]

вот тут алайнмент в ручную по трем точкам с камптотецином, считайте свой рмсд .... ужо сами..

alignment0774.jpg

[Dottie]

Спасибо огромное! Попробую сделать именно так.
По предыдущему способу с предварительным расчетом конформации и последующим наложением получилось вот так:

наложение в-7701 и камптотецина 111.png

[Vanya Ivanov]

Я пологал, что у вашего компаунда второй цикл, сочлененный с изохинолоновой частью - ароматический, а у Вас он, что алифатический? Или это ошибка модели? У камтотецина и у вашего компаунда изохинолоновая часть идентична и rmsd должно быть близко к 0. А на вашей картинке что то не так .... мне кажется....?

Скопируйте тот фай камптотецина, что я загрузил в этот пост и выравнивайте (делайте алайнмент своих соединенй) по нему, но структуру исходного камптотецина менять нельзя - это будет не корректно, т.к. это результат РСА. А ваши структуры оптимизируйте любым способом, какой вам приглюнулся по совету коллег квантовых химиков - здесь все верно. Удачи.

Кстати, методы алайнмента последние годы испытывают некий ренисанс ... или мне это кажется из за собственных пристрастий к этому методу? Очень много мне постyпает рекламы и от daylight ltd и от shrodinger gmbh.... новые высоко скоростные методы.
Кто в теме? Как по вашему?

[Dottie]

Цикл на самом деле ароматичный и плоский, вероятно не совсем верный угол выбран при экспорте в картинку.

[thiochrom2012]

4 - накладываете свои структуры на структуру "активной конформации" камтотецина (я делаю это в discovery studio Accelerys)

А как в Discovery Studio это делается? А то в мануале к программе не нашел где это написано. Заранее благодарен за помощь.

[Vanya Ivanov]

Помечаете два атома на двух соединениях для алайнмента (shift - click), далее structure-->superimpose---> add tether. Установите несколько таким образом несколько точек для алайнмента, а далее делайте свое наложение или by tehter или by center of geom. В зависимости от задачи которую Вам нужно решать.

[thiochrom2012]

Помечаете два атома на двух соединениях для алайнмента (shift - click), далее structure-->superimpose---> add tether. Установите несколько таким образом несколько точек для алайнмента, а далее делайте свое наложение или by tehter или by center of geom. В зависимости от задачи которую Вам нужно решать.

Спасибо за помощь. Я так делал, но после того как я пометил атомы в двух соединениях add tether остается неактивной. Активными являются лишь изначальные:find rotatable bonds, by residue, edit transformation matrix. Вот в чем вся проблема. Может не mol файлы открывать нужно или настройки дополнительные менять в программе?

[Vanya Ivanov]

Написал в личку.