

ЗЫ: Abwer - бывший физхимеГ

А если возможности прослушать спецкурсы пока нет, что можно порекомендовать в качестве первых кни/обзоров для самообразования? Есть ли что-то стоящее на русском?SSR писал(а):Химику (по образованию) для успешной работы потребуется, скорее всего, серьёзная дополнительная подготовка, включающая как прослушивание дополнительных курсов, так и интенсивное самообразование.
Это уже оправдание, ну скажем посчитал расчетчик, что ст-ра хорошая, лечебная. Кто рискнет ее себе вколоть? МнУ эта цитата вводит в бешенство, софистика. Хотя, про помощь химикам- да, согласен. ЯМР-ные и масс считалки, иногда, облегчают жизнь. Про удовлетворение любопытства за чужой счет- ответил бы грубо, ввод денег в науку отдает 1-5% от идей, но они могут покрыть и все 95% денег, потраченных на "плохие" идеи, да еще и принести прибыль.SSR писал(а):
7) Стоимость исследования
Научная деятельность – это очень часто удовлетворение своего любопытства за чужой счёт. У теоретиков есть то преимущество, что у них это получается, как правило, на порядки дешевле. СС не исключение (и основную стоимость исследовании в широко промежутке времени часто составляет содержание помещения и оплата потреблённой электроэнергии + зарплата сотрудникам). На это часто говорят, что, мол, «практика - критерий истины». Никто с этим спорить не будет. Расчеты должны помогать экспериментаторам и способствовать рационализации исследовании под тягой.
Облегчение жизни -- это не только расчёт спектра, но и возможность вместо скрининга базы на миллион реальных соединений скринить базу на тысячу. Сейчас конъюнктура медхимического рынка заставляет фирмы искать возможности покупки таких фокусированных библиотек. Хорошо рационализированная фокусированная библиотека даже не веществ, а структур, а для полного счастья ещё и с предсказанными методами синтеза может быть приобретена за деньги несравнимо меньшие, чем библиотека несфокусированная. Ну и затраты на мокрые методы сюда сравните.Сержл писал(а):Это уже оправдание, ну скажем посчитал расчетчик, что ст-ра хорошая, лечебная. Кто рискнет ее себе вколоть? МнУ эта цитата вводит в бешенство, софистика. Хотя, про помощь химикам- да, согласен. ЯМР-ные и масс считалки, иногда, облегчают жизнь.
Ну и считаешь себе в растворе, в чём проблема-то?Сержл писал(а):Конечно интересно структурку посчитать, но работа в растворе может серьезно исказить картину. А реакции, в большем числе, идут именно в растворе, со всеми кинетическими и термодинамическими последствиями.
Часто знание всех-всех-всех аспектов реакции не является необходимостью, это раз. Два - таки человечество же не стоит на месте, прямо на глазах люди начинают считать всё более сложные и интересные системы. А что касается биоактивности - тут, конечно, одним только расчётом не обойдёшься, но он тем не менее может оказаться весьма полезен.Сержл писал(а):Про раствор, это песня. Скажем, кто обсчитает субстрат+ реагент+катализатор+растворитель+ накладки получившегося продукта? Про расчет биоактивности, то там еще факторов в реальном организме оч. много. Только практика.
Мне казалось, что для таких расчетов не используются квантововые подходы - максимум мол. механика. Хотя конечно если подходить обобщенно, то при работе с большими библиотеками без софта никакMarxist писал(а):Облегчение жизни -- это не только расчёт спектра, но и возможность вместо скрининга базы на миллион реальных соединений скринить базу на тысячу. Сейчас конъюнктура медхимического рынка заставляет фирмы искать возможности покупки таких фокусированных библиотек. Хорошо рационализированная фокусированная библиотека даже не веществ, а структур, а для полного счастья ещё и с предсказанными методами синтеза может быть приобретена за деньги несравнимо меньшие, чем библиотека несфокусированная. Ну и затраты на мокрые методы сюда сравните.
Хочется не согласиться! Особенно про ответственность. Ответственность настолько высока, насколько ты ответственно относишся в копросу. Что же касается вложений, то временные вложения при проведении расчета, по крайней мере сопоставимы с временем затрачиваемым на синтез.Lexx писал(а):Мне кажется что к расчетам большое внимание привлеклось из-за того, что они требут меньшн вложений. Да и ответсвенности за результат меньше)
Это так, я имею в виду квантовую vs молекулярную механику при компьютерном скрининге. Но на Quantum Pharmaceutical тоже свет клином не сошелся, работы в направлении создания таких методов ведутся, хотя, не спорю, до реально применимого результата еще очень далеко.Serty писал(а): Мне казалось, что для таких расчетов не используются квантововые подходы - максимум мол. механика. Хотя конечно если подходить обобщенно, то при работе с большими библиотеками без софта никакНасчет затрат: разговаривали тут недавно с авторами одной программы(Quantum Pharmaceutical - это выходцы из физтеха) - расчет конст. связывания с белком, на подвижной модели в растворе у них занимает сутки расчета на кластере. Расходы на тестирование в данном случае не больше, а сравнимы.
либо неудачное утрирование, либо, я заранее извиняюсь, глупость. Многоуважаемый коллега не может не знать (ну или хотя бы догадываться), что от синтеза структуры (в реальности, конечно же, группы структур), до стадии "себе вколоть" - дистанция огро-о-о-о-о-о-о-о-о-о-о-мнейшего размера. Ну а насчет фокусированных библиотек в медицинской химии Marxist уже все сказал.ну скажем посчитал расчетчик, что ст-ра хорошая, лечебная. Кто рискнет ее себе вколоть?
Я представляю себе, чем занимается qpharm, и могу только сказать, что единственное, что они делают хорошо, -- это себя рекламируют. Сам лично был свидетелем, как два весьма уважаемых в данной области человека на конференции разгнромно критиковали предлагаемый ими подход.Serty писал(а):Насчет затрат: разговаривали тут недавно с авторами одной программы(Quantum Pharmaceutical - это выходцы из физтеха) - расчет конст. связывания с белком, на подвижной модели в растворе у них занимает сутки расчета на кластере. Расходы на тестирование в данном случае не больше, а сравнимы.
Таки они же и сами называют свой товар "квантовым":Marxist писал(а):который якобы от них уволился и якобы оптимизировал белок квантовыми методами за секунды на десктопе
QUANTUM is a new generation tool for biochemical modeling and drug discovery based on ab initio physical approaches. QUANTUM models molecular interactions and consists of three parts: a) vacuum force field for internal molecular interactions, b) the continuous water model, c) thermodynamic expressions for Gibbs energy.
Извиняюсь, под ответственностью я имел ввиду немного не то. Неправильно выразился. Дело в том, что в квантовой химии истинно то, что непротиворечит теории. В, так сказать, классической химии критерием истинности всеже является эксперимент. Я хотел сказать, что то что не вызывает нарекания с точки зрения квантовой химии, может вызывать нарекания.surius писал(а):Хочется не согласиться! Особенно про ответственность. Ответственность настолько высока, насколько ты ответственно относишся в копросу. Что же касается вложений, то временные вложения при проведении расчета, по крайней мере сопоставимы с временем затрачиваемым на синтез.Lexx писал(а):Мне кажется что к расчетам большое внимание привлеклось из-за того, что они требут меньшн вложений. Да и ответсвенности за результат меньше)
Ну и плюс не будем забывать, что КХ все же наука, а не только инструмент и ввиду этого у нее есть свои научные интересы
Неправда Ваша. Не надо отводить теории роль служанки при эксперименте. Тория может существенно больше.Lexx писал(а):Извиняюсь, под ответственностью я имел ввиду немного не то. Неправильно выразился. Дело в том, что в квантовой химии истинно то, что непротиворечит теории. В, так сказать, классической химии критерием истинности всеже является эксперимент. Я хотел сказать, что то что не вызывает нарекания с точки зрения квантовой химии, может вызывать нарекания.
Приведу пример из своей практики. Делал расчет комплекса пиразина с одним азотцентрированной электрофильной частицей. Когда электронная корреляция не учитывалась - частица раполагалась перпендикулярно плоскости кольца, когда корреляцию учитывал - частица лежала в плоскости кольца.
Ну, с "более продвинутыми методами" пока существует куча методических проблем, иначе не ломали бы копья о механизме ВТСП и многих других интересных явлениях, связанных с переходными металлами. Более того, даже если решатся методические проблемы, останутся технические, ограничивающие размеры систем, доступных для расчёта. Так что перспектива "выводов без обращения к эксперименту" остаётся несколько призрачной.Nord писал(а):Именно, она предоставляет иерархию подходов, все более увеличивающейся достоверности. Если на каком-то уровне теории возникли сомениня - расширьте базис, возьмите более продвинутый метод - и можно делать выводы.
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей