Применение Gaussian для расчета на 1 компе больших молекул.

Yurii · Сообщение **Yurii** » Пн сен 10, 2007 11:21 am

Nord писал(а):
Yurii писал(а):
Nord писал(а):Покажите мне строчку из мануала gaussian, где написано, что он поддерживает симметрию икосаэдра (додекаэдра). Мы же, кажется, о сравнении говорим?
Сегодня выложу расчет C60 в exchange.
Не надо ничего считать. Просто укажите место в документации.
А то знаю я этот gaussian: симметрию-то он распознает, а вот считать будет в D2h.

Ознакомьтесь с исходным кодом gaussian.

Nord · Сообщение **Nord** » Пн сен 10, 2007 11:22 am

Yurii писал(а):Ознакомьтесь с исходным кодом gaussian.

Как только он у меня будет - обязательно.

Yurii · Сообщение **Yurii** » Пн сен 10, 2007 12:15 pm

Nord писал(а):
Yurii писал(а):Ознакомьтесь с исходным кодом gaussian.
Как только он у меня будет - обязательно.

В хелпе вообще не перечисляются группы симметрии. Этого в гауссиане и не надо. Он сам определяет симметрию. Это в pc gamess новичкам надо покарячиться, чтобы задать симметрию. А то, что используется Ih, можно определить по симметрии волновых функций (гауссиан распечатывает эту симметрию), по факторизации волновых ф-ий, а также по времени расчета. Ну и по исходному коду.

Nord · Сообщение **Nord** » Пн сен 10, 2007 12:30 pm

Yurii писал(а):
Nord писал(а):
Yurii писал(а):Ознакомьтесь с исходным кодом gaussian.
Как только он у меня будет - обязательно.
В хелпе вообще не перечисляются группы симметрии. Этого в гауссиане и не надо. Он сам определяет симметрию. Это в pc gamess новичкам надо покарячиться, чтобы задать симметрию. А то, что используется Ih, можно определить по симметрии волновых функций (гауссиан распечатывает эту симметрию), по факторизации волновых ф-ий, а также по времени расчета. Ну и по исходному коду.

Ну кто ж спорил, что gaussian - для новичков. Это и был исходный тезис, теперь, вижу, Вы его признаёте.
Что же касается атоматического определения симметрии - то она играет недобрую службу, когда система подвергается искажению Яна-Теллера. Врочем, новички редко об этом думают.

Yurii · Сообщение **Yurii** » Пн сен 10, 2007 12:35 pm

Nord писал(а):
Yurii писал(а):
Nord писал(а):
Yurii писал(а):Ознакомьтесь с исходным кодом gaussian.
Как только он у меня будет - обязательно.
В хелпе вообще не перечисляются группы симметрии. Этого в гауссиане и не надо. Он сам определяет симметрию. Это в pc gamess новичкам надо покарячиться, чтобы задать симметрию. А то, что используется Ih, можно определить по симметрии волновых функций (гауссиан распечатывает эту симметрию), по факторизации волновых ф-ий, а также по времени расчета. Ну и по исходному коду.
Ну кто ж спорил, что gaussian - для новичков. Это и был исходный тезис, теперь, вижу, Вы его признаёте.
Что же касается атоматического определения симметрии - то она играет недобрую службу, когда система подвергается искажению Яна-Теллера. Врочем, новички редко об этом думают.

gaussian для новичков, а pc gamess - для дурачков (я уже писал о глубокой яме).

Nord · Сообщение **Nord** » Пн сен 10, 2007 12:44 pm

"Когда сказать уже нечего, не волнуйтесь: оппонента можно ещё просто окорбить" ©
Аргументы, я понимаю, кончились.

Yurii · Сообщение **Yurii** » Пн сен 10, 2007 4:25 pm

Nord писал(а):"Когда сказать уже нечего, не волнуйтесь: оппонента можно ещё просто окорбить" ©
Аргументы, я понимаю, кончились.

Причем здесь аргументы. Это слоган такой.
Можете 2 слова переставить, я не обижусь.
Вопрос был конкретный. О симметрии C60.
А Вы накрутили еще бог знает что и с боку бантик.

Сообщение **ИСН** » Пн сен 10, 2007 4:49 pm

Что меня здесь бесило в своё время, так это то, что Gaussian не подхватывал симметрию (никакую), пока она не выверена до шестого знака во входных координатах.
Очень мило, особенно когда у тебя все исходные геометрии берутся из Xray, а тамошний софт выдаёт координаты с пятью знаками и искренне не верит, что кому-то надо больше.
Это не проблема Гауссиана, конечно, да и вообще частность и мелочь - но вот Вы тут обсуждаете проблемы группы Ih, а это симметрия, которая есть у трёх молекул на всём божьем свете. (И то я не уверен насчёт додекаэдрана.)

Yu/2 · Сообщение **Yu/2** » Пн сен 10, 2007 5:00 pm

ИСН писал(а):Что меня здесь бесило в своё время, так это то, что Gaussian не подхватывал симметрию (никакую), пока она не выверена до шестого знака во входных координатах.
Очень мило, особенно когда у тебя все исходные геометрии берутся из Xray, а тамошний софт выдаёт координаты с пятью знаками и искренне не верит, что кому-то надо больше.
Это не проблема Гауссиана, конечно, да и вообще частность и мелочь - но вот Вы тут обсуждаете проблемы группы Ih, а это симметрия, которая есть у трёх молекул на всём божьем свете. (И то я не уверен насчёт додекаэдрана.)

Дааа, проблема "почти симметричный" есть... Может вот так делать стоит: выделить симметрично-уникальные (плевать на точность координат), задать GAMESS-у, и он выдаст хорошую симметризованную полную геометрию.

У трех молекул? Так теоретикам это все равно.

Придумать-то и посчитать можно наверное больше?

Yurii · Сообщение **Yurii** » Пн сен 10, 2007 5:21 pm

ИСН писал(а):Что меня здесь бесило в своё время, так это то, что Gaussian не подхватывал симметрию (никакую), пока она не выверена до шестого знака во входных координатах.
Очень мило, особенно когда у тебя все исходные геометрии берутся из Xray, а тамошний софт выдаёт координаты с пятью знаками и искренне не верит, что кому-то надо больше.
Это не проблема Гауссиана, конечно, да и вообще частность и мелочь - но вот Вы тут обсуждаете проблемы группы Ih, а это симметрия, которая есть у трёх молекул на всём божьем свете. (И то я не уверен насчёт додекаэдрана.)

Да, там требуется 6 знаков. Я выходил из этой ситуации просто. Ставил PM3 или AM1 (например, если молекула с бором) в gamess и задавал высокую точность сходимости. Он, с разрешения Шмидта, оптимизирован мной под полуэмпирику и работает значительно быстрей pc gamess. Это описано на моей странице. Полученную геометрию уже использовал в gaussian'е. Таким образом я получил симметрию Ih для C60. Что касается симметрии Ih, то не я поднял вопрос. Надо же было отвечать. А там пошло-поехало (аналогично gaussian'у, только здесь вопрос конкретный и моему оппоненту увильнуть не удалось).

alxyppv · Сообщение **alxyppv** » Пн сен 10, 2007 5:46 pm

Yu/2 писал(а): Дааа, проблема "почти симметричный" есть... Может вот так делать стоит: выделить симметрично-уникальные (плевать на точность координат), задать GAMESS-у, и он выдаст хорошую симметризованную полную геометрию.

э... вообще-то можно Symm=Loose запросить, тогда Gaussian менее капризный (но все равно может не до конца симметрию определить)

А так - GaussView симметризовать умеет. А если что подешевле - то Chemcraft. Последний, кстати, и для Gamess может сдлать группу $DATA с только симметрийно-неэквивалентными атомами.

Сообщение **ИСН** » Пн сен 10, 2007 5:50 pm

Э, Лёша, без Symm=Loose он у меня вообще

ничего не подхватывал, а вот с ним - то, что я раньше сказал. А GaussView тогда под рукой не было.
Ну что, крутились как-то, писали одноразовые приблуды.

amge · Сообщение **amge** » Вт сен 11, 2007 7:23 am

Yu/2 писал(а):Дааа, проблема "почти симметричный" есть...

Я для решения этой проблемы использую программу symmetry и оболочку к ней xyz2gms. В symmetry можно менять точность определения симметрии. xyz2gms выдает группу $data для GAMESS с уникальными координатами. Упомянутые программы есть в архиве http://limor1.nioch.nsc.ru/file/Priroda/scripts.zip.

Yurii · Сообщение **Yurii** » Вт сен 11, 2007 12:16 pm

amge писал(а):
Yu/2 писал(а):Дааа, проблема "почти симметричный" есть...
Я для решения этой проблемы использую программу symmetry и оболочку к ней xyz2gms. В symmetry можно менять точность определения симметрии. xyz2gms выдает группу $data для GAMESS с уникальными координатами. Упомянутые программы есть в архиве http://limor1.nioch.nsc.ru/file/Priroda/scripts.zip.

Все это, конечно, очень хорошо. Но я имел ввиду случаи, когда мне нужна не исходная симметрия системы, а нужная мне. Я и описал, как я это делаю (получение симметрии Ih).

Yurii · Сообщение **Yurii** » Чт сен 27, 2007 8:56 am

Nord писал(а):Еще пару лет назад небезызвестный Alex Granovskii ...

Я довольно хорошо знаком с проф. Грановским. Мы несколько лет переписывались с ним по поводу диагонализации (см: http://www.thesa-store.com/products/ ).

Droog_Andrey · Сообщение **Droog_Andrey** » Сб сен 29, 2007 10:54 pm

Сейчас считаю геометрию гидроксокобаламина в Гауссиане 03. Для углерода и водорода STO-3G, для остального (в т.ч. кобальта) 6-31G*. Использую функционал VSXC. Под 900 базисных функций, но считается довольно быстро (очередной шаг быстрее чем за сутки) и без проблем, сходится отлично. Памяти выделил 224 мега, на венике занято полгига.

Когда подойдёт ближе к оптимуму, задам углероду тоже 6-31G*. Там будет пожёстче, но за пару недель, думаю, устаканится. А потом сравню с данными вот этой публикации:

Lizhi Ouyang, Paul Rulis, Wai-Y. Ching, Miroslav Slouf, Giorgio Nardin and Lucio Randaccio, Electronic structure and bonding in hydroxocobalamin
//Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy, Vol. 61, Issue 7 (May 2005), pp. 1647-1652

Геометрию изначально вбивал на глаз ручками, потом приводил в божеский вид MNDO. Задачу иногда приходится прерывать - свет в хате вырубают. На данный момент входной файл вот такой:

Код: Выделить всё

%Mem=224MB
%Chk=B12OH.chk

#p VSXC/Gen Opt(VeryTight,GDIIS) Integral(UltraFine) SCF(MaxCyc=250)
IOp(1/6=300) IOp(1/8=1) IOp(5/14=2) Geom=CheckPoint Guess=Read

B12

   1   1

Co P O N 0
6-31G*
****
C H 0
STO-3G
****

З.Ы. Один маленький нюанс. Заряд указан +1 потому, что на фосфат повешен водород в целях улучшения сходимости SCF. Потом, когда окружение кобальта соптимизируется, можно будет этот протон убрать.

Yurii · Сообщение **Yurii** » Вт окт 09, 2007 9:35 am

Yu/2 писал(а):
Nord писал(а):Покажите мне строчку из мануала gaussian, где написано, что он поддерживает симметрию икосаэдра (додекаэдра). Мы же, кажется, о сравнении говорим?
Бесполезно, он не знает что такое Абелева группа.

Я в свое время сдавал экзамен по теории групп. А вот Вы, судя по Вашим высказываниям в теме "о методе MP2", о теории групп имеете самые смутные представления (в очень мягкой форме на Ваши несуразности указал ИСН). И почитайте, пожалуйста, мои работы. На основании групповых представлений в некоторых из них делаются важные химические выводы.

VTur · Сообщение **VTur** » Ср окт 10, 2007 5:08 pm

Yurii писал(а):
Yu/2 писал(а):
Nord писал(а):Покажите мне строчку из мануала gaussian, где написано, что он поддерживает симметрию икосаэдра (додекаэдра). Мы же, кажется, о сравнении говорим?
Бесполезно, он не знает что такое Абелева группа.
Я в свое время сдавал экзамен по теории групп. А вот Вы, судя по Вашим высказываниям в теме "о методе MP2", о теории групп имеете самые смутные представления (в очень мягкой форме на Ваши несуразности указал ИСН). И почитайте, пожалуйста, мои работы. На основании групповых представлений в некоторых из них делаются важные химические выводы.

Сосчитайте в GAMESS гармонические частоты в н-алканах с указанием правильной симметрии C2V или C2H и вы получите переходное состояние. В GAUSSIANе все нормально. И не стоит забираться в группы для очень малых молекул.

Yurii · Сообщение **Yurii** » Ср окт 10, 2007 7:31 pm

VTur писал(а):
Yurii писал(а):
Yu/2 писал(а):
Nord писал(а):Покажите мне строчку из мануала gaussian, где написано, что он поддерживает симметрию икосаэдра (додекаэдра). Мы же, кажется, о сравнении говорим?
Бесполезно, он не знает что такое Абелева группа.
Я в свое время сдавал экзамен по теории групп. А вот Вы, судя по Вашим высказываниям в теме "о методе MP2", о теории групп имеете самые смутные представления (в очень мягкой форме на Ваши несуразности указал ИСН). И почитайте, пожалуйста, мои работы. На основании групповых представлений в некоторых из них делаются важные химические выводы.
Сосчитайте в GAMESS гармонические частоты в н-алканах с указанием правильной симметрии C2V или C2H и вы получите переходное состояние. В GAUSSIANе все нормально. И не стоит забираться в группы для очень малых молекул.

Речь шла о молекуле C60. Соответствующая группа симметрии в GAMESS и PC GAMESS для нее не реализована. И потом, даже для относительно малых молекулярных систем по ее симметрии можно делать некие выводы, представляющие интерес для химика.

Yurii · Сообщение **Yurii** » Вт ноя 13, 2007 12:37 pm

Nord писал(а):
Yurii писал(а):
Nord писал(а):
Yurii писал(а):Ознакомьтесь с исходным кодом gaussian.
Как только он у меня будет - обязательно.
В хелпе вообще не перечисляются группы симметрии. Этого в гауссиане и не надо. Он сам определяет симметрию. Это в pc gamess новичкам надо покарячиться, чтобы задать симметрию. А то, что используется Ih, можно определить по симметрии волновых функций (гауссиан распечатывает эту симметрию), по факторизации волновых ф-ий, а также по времени расчета. Ну и по исходному коду.
Ну кто ж спорил, что gaussian - для новичков. Это и был исходный тезис, теперь, вижу, Вы его признаёте.
Что же касается атоматического определения симметрии - то она играет недобрую службу, когда система подвергается искажению Яна-Теллера. Врочем, новички редко об этом думают.

Логика "железная". Точнее, попахивает соединением железа с кислородом.

Форум химиков

Применение Gaussian для расчета на 1 компе больших молекул.

Кто сейчас на конференции