Docking & fragment based drug design

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
ivi
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Ср мар 10, 2021 8:50 pm

Docking & fragment based drug design

Сообщение ivi » Сб фев 10, 2024 11:22 am

Приветствую! Правильно ли я понимаю, что использование докинга для улучшения лиганда 1 является сомнительной тратой времени, если отсутствует кристаллическая структура мишени с лигандом 1? Кто подстраивается сильнее (конформацией): "Лиганд к мишени или мишень к лиганду?" - в том смысле, что большая ли разница в использовании гибкого или деревянного докинга? В статьях, что читал по structure based drug design всегда приводились картинки с деревянным сайтом связывания (мертвым).
______________________
Актуальна ли разработка программного обеспечения, которое предлагает структуры, имеющие сродство к сайту связывания при условии, что пользователь сам выбирает сайт связывания?
Гипотетически, тяжело ли сделать такое и что брать за основу? - а если сделать, то кому предложить, как реализовать в жизни?
Есть ли на форуме люди, у которых есть конкретная задача (целевой синтез для сродства к мишени) вместе с таким инструментом, как рентген белка и лиганда?
К сожалению ни один человек, занимающийся подобным, не ответил на подобное электронное письмо.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Docking & fragment based drug design

Сообщение Shorku » Сб фев 10, 2024 12:36 pm

Докингом я всерьез никогда не занимался, но вот пара общих соображений:
Во-первых, мишень на то и мишень, что связывание с ней может вести к глобальной перестройке. Но тогда надо учитывать перестройку всего белка, и это делается в рамках молдинамического моделирования, что сразу исключает быстрый скрининг с перебором кучи лагандов. Литературы по такому моделированию море. Либо же можно решать упрощенную задачу - заморозить мишень, и тогда можно подключать быстрый перебор.

Во-вторых, поиск структур - ну, примерно этим занимаются значительная часть всяких химинформатиков и прочих дата саентистов в RnD почти всех фармгигантов. И там в ход идет все, от традиционных QSAR, молдинамики и машинлернинга (втч на тех самых базах с прорвой рентгеновских структур), до генеративного ИИ и чуть ли не до, прости хосспади, LLM последнее время.

То есть задача есть, занимаются этим с разных сторон десятки (или даже сотни) тысяч ученых. В целом не удивительно, что вам никто не ответил. Ваш замах на то, чтобы революционизировать эту область при отсутствии малейшего представления, что там вообще происходит - это довольно четкий для большинства профессионалов маркер, что лучше не связываться и не терять времени. Не зная вас, я не буду делать никаких предположений о ваших способностях сказать в этой науке новое слово, но, ммм, для начала стоит получше разобраться в матчасти. Сильно получше.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 4954
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Docking & fragment based drug design

Сообщение bigM » Сб фев 10, 2024 10:09 pm

ivi писал(а):
Сб фев 10, 2024 11:22 am
Актуальна ли разработка программного обеспечения, которое предлагает структуры, имеющие сродство к сайту связывания при условии, что пользователь сам выбирает сайт связывания?
да, любое предложение актуально. другое дело, выстрелит ли именно ваше - сомнительно, скорее всего нет. но вдруг вы гений.
ivi писал(а):
Сб фев 10, 2024 11:22 am
Гипотетически, тяжело ли сделать такое и что брать за основу? - а если сделать, то кому предложить, как реализовать в жизни?
вы сами что можете? как вариант, выложите ваше изделие тут. пользователи вам накидают, тогда исправите.
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

ivi
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Ср мар 10, 2021 8:50 pm

Re: Docking & fragment based drug design

Сообщение ivi » Вс мар 10, 2024 9:49 am

Shorku писал(а):
Сб фев 10, 2024 12:36 pm
Во-вторых, поиск структур - ну, примерно этим занимаются значительная часть всяких химинформатиков и прочих дата саентистов в RnD почти всех фармгигантов. И там в ход идет все, от традиционных QSAR, молдинамики и машинлернинга (втч на тех самых базах с прорвой рентгеновских структур), до генеративного ИИ и чуть ли не до, прости хосспади, LLM последнее время.
Спасибо!
Код программного обеспечения разрабатывается программистами конторы по ключевым советам хемоинформатика/физика/структурного биолога?
Если создавать такой продукт или технологию - что лучше? - Веб-прилоение или локальное ПО?
"Голова, тело и ховст",- никто не знает когда они начинаются, когда заканчиваются...

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13061
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Docking & fragment based drug design

Сообщение Гесс » Пн мар 11, 2024 9:31 pm

Вебприложение Попытку вебприложения для этого я видел однажды и помоему она не взлетела.

ivi
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Ср мар 10, 2021 8:50 pm

Re: Docking & fragment based drug design

Сообщение ivi » Пн мар 11, 2024 9:53 pm

Гесс писал(а):
Пн мар 11, 2024 9:31 pm
Вебприложение Попытку вебприложения для этого я видел однажды и помоему она не взлетела.
Нашел две ссылки, последняя: 403 forbidden.
1): https://www.boltzmannmaps.com
2): http://chemyang.ccnu.edu.cn/ccb/server/ACFIS2
Гипотетически, какие условия должны выполниться, чтобы приложение положительно взлетело? - Совпадения с лидерами (лиганды) по похожести 80-90 %? - это делается исскуственно.
Считаю, что структура на компьютере должна иметь реальный случай EC50, сопоставимый с лидерами. Прав ли я?
"Голова, тело и ховст",- никто не знает когда они начинаются, когда заканчиваются...

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя