Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 2012
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение bigM » Ср фев 12, 2020 12:38 am

Shorku писал(а):
Вт фев 11, 2020 11:52 pm
bigM писал(а):
Вт фев 11, 2020 11:23 pm
поставь операционку в виртуальный диск в оперативке. к её ногам по питанию батарейку подпаять.
это дает очень незначительный прирост, к тому же даже у Ryzen 3950X довольно скромный максимальный объем поддерживаемой оперативной памяти для такого количества ядер
AMD Ryzen Threadripper 3990X поддерживает 256 гигов 4 канальной DDR4, 3950X - 128 гигов. маловато будет?
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 995
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Shorku » Ср фев 12, 2020 12:52 am

bigM писал(а):
Ср фев 12, 2020 12:38 am
128 гигов. маловато будет?
Если пытаться запихнуть туда и систему, и скратч, то да, очень скромно. Ну и в целом это прям нижний предел под столько ядер для чего-то большего, чем DFT
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

ximi
Сообщения: 2985
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение ximi » Ср фев 12, 2020 8:46 am

Эм, ну я выше уже привел пример, где оборудование серверного класса, хоть и не очень новое, поимело такое бутылочное горлышко
Из вашего примера не ясно что проблема именно в пропускной способности памяти.

По крайней мере это не очевидно !

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 995
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Shorku » Ср фев 12, 2020 11:17 am

ximi писал(а):
Ср фев 12, 2020 8:46 am
Эм, ну я выше уже привел пример, где оборудование серверного класса, хоть и не очень новое, поимело такое бутылочное горлышко
Из вашего примера не ясно что проблема именно в пропускной способности памяти.

По крайней мере это не очевидно !
Окей, еще раз: скорость выполнения некоторого типа задач перестает расти после добавления новых ядер сверх 4-6. Та же задача (входные параметры и программынй пакет) хорошо параллелится у людей с более новым серверным оборудованием. Скорость чтения-записи на жесткий диск в данном случае лимитирующей не была - скратч последовательно переместили сначала на pci-e ssd, а затем и на RAM-диск без особого эффекта. В чем еще может быть проблема, кроме ширины канала?
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 2012
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение bigM » Ср фев 12, 2020 8:11 pm

ну, если рам-диск не канает, то соглашусь...
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

ximi
Сообщения: 2985
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение ximi » Ср фев 12, 2020 9:46 pm

В чем еще может быть проблема, кроме ширины канала?
В количестве кеша L1 и L2 и алгоритме его работы.
Латентности памяти.

По крайней мере DDR4-3200 выдает 25 600 МБ/c на канал.
Если в 4 канала работает то до 100 000 МБ/c

Сомневаюсь что это бутылочное горлышко для Threadripper 3990X !

3990X имеет невероятный по десктопным меркам объем кэш-памяти в 288 МБ (32 МБ + 256 МБ), 4-канальный интерфейс памяти (до 2 ТБ) и поддержку PCI-Express 4.0.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 2012
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение bigM » Ср фев 12, 2020 9:58 pm

ximi писал(а):
Ср фев 12, 2020 9:46 pm
В чем еще может быть проблема, кроме ширины канала?
В количестве кеша L1 и L2 и алгоритме его работы.
Латентности памяти.

По крайней мере DDR4-3200 выдает 25 600 МБ/c на канал.
Если в 4 канала работает то до 100 000 МБ/c

Сомневаюсь что это бутылочное горлышко для Threadripper 3990X !
вы про разные процессоры говорите :lol: МБ - это мегабит :wink:
ПС на 2 ТБ ещё чипсета нету...
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 995
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Shorku » Ср фев 12, 2020 10:28 pm

ximi писал(а):
Ср фев 12, 2020 9:46 pm
В количестве кеша L1 и L2 и алгоритме его работы.
Латентности памяти.

По крайней мере DDR4-3200 выдает 25 600 МБ/c на канал.
Если в 4 канала работает то до 100 000 МБ/c

Сомневаюсь что это бутылочное горлышко для Threadripper 3990X !

3990X имеет невероятный по десктопным меркам объем кэш-памяти в 288 МБ (32 МБ + 256 МБ), 4-канальный интерфейс памяти (до 2 ТБ) и поддержку PCI-Express 4.0.
И по итогу bandwidth у него как у 10-18 ядерных intel i9 109NNx, кэш конский, но как оно работает в конкретных случаях вопрос нетривиальный. Я как бы не спорю, что это внушительная штука (да еще и с поддержкой ecc, кстати, в отличие от тех же i9), но реальных тестов на реальном квантово-химическом софте нема (потому что серьезные дяди сравнивают зионы с эпиками :( ). Я в прошлом квартале исходя из денежных соображений и соображений ширины канала выбрал пополнение в лице i9 10920x, но очень хотелось бы сравнить с Ryzen или TR на реальных задачах
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

ximi
Сообщения: 2985
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение ximi » Ср фев 12, 2020 10:53 pm

МБ - это мегабит
Используется сокращённое обозначение Mbit или, в русском обозначении, — Мбит (мегабит не следует путать с мегабайтом МБ).
да еще и с поддержкой ecc
Кстати контроль четности это больше серверная фишка.
кэш конский, но как оно работает в конкретных случаях вопрос нетривиальный.
Тут только тесты могут показать .... в конкретном софте.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 2012
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение bigM » Ср фев 12, 2020 11:16 pm

ximi писал(а):
Ср фев 12, 2020 10:53 pm
МБ - это мегабит
Используется сокращённое обозначение Mbit или, в русском обозначении, — Мбит (мегабит не следует путать с мегабайтом МБ).
это который по 1000 килобайт?
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

ximi
Сообщения: 2985
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение ximi » Ср фев 12, 2020 11:33 pm

1024

endlesslake
Сообщения: 167
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение endlesslake » Чт фев 13, 2020 4:24 pm

кстати на многих интелах, можно точно посмотреть сколько пропускной способности памяти используется

https://github.com/opcm/pcm

Cherep
Сообщения: 22830
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Cherep » Чт фев 13, 2020 8:12 pm

Гесс писал(а):
Пн апр 15, 2019 5:10 pm
Без понятия
Тут что-то про DFT на эльбрусе? Внутри страницы 14 и 15.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11805
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Гесс » Чт фев 13, 2020 10:44 pm

Содержание там может и ок, но форма буэ. Начиная с таблицы тупо скопипащенной с презентации Арчера и заканчивая последними строками последнего допслайда.

Sartorius84
Сообщения: 256
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Sartorius84 » Чт фев 13, 2020 11:08 pm

ximi писал(а):
Ср фев 12, 2020 11:33 pm
1024
https://ru.wikipedia.org/wiki/Двоичные_приставки
килобайт Кбайт 10^3 кило- 10^3 кибибайт KiB КиБ 210
мегабайт Мбайт 10^6 мега- 10^6 мебибайт MiB МиБ 220
гигабайт Гбайт 10^9 гига- 10^9 гибибайт GiB ГиБ 230
теперь так :)

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 659
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Yurii » Пт фев 14, 2020 3:45 pm

Shorku писал(а):
Ср фев 12, 2020 10:28 pm
Я в прошлом квартале исходя из денежных соображений и соображений ширины канала выбрал пополнение в лице i9 10920x, но очень хотелось бы сравнить с Ryzen или TR на реальных задачах
Я собрал комп на i9 10940x с 256 гигами памяти (кстати, поддерживаемая частота памяти по сравнению с i9 99..x выросла с 2666 до 2993). Проц. с большим количеством ядер мне не имеет смысла брать, т.к. я пользую AVX512, а на моем компе с i9 9920х (128 гигов памяти) частота при перемножении матриц сваливается к 3.1 GHz, когда как на AVX2 частота равна 3.6 GHz. Использую твердотельные накопители SATA M.2 SSD с интерфейсом PCIe. в количестве 3-х штук на каждом из двух компов и австрийские кулеры NH D15: ночью не понять, включены компы или нет. И не советую с AMD связываться. Что касается Gaussian, то у нас сейчас на кластере установлена лицензионная версия Gaussian 16 Rev. C.01, так что могу полностью сосредоточиться на реализации алгоритмов, которые меня интересуют.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 659
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Yurii » Пт фев 14, 2020 9:52 pm

Yurii писал(а):
Пт фев 14, 2020 3:45 pm
у нас сейчас на кластере установлена лицензионная версия Gaussian 16 Rev. C.01
Gaussian прилично разбух: C01 (AVX2) с Линдой уже не влезает на обыкновенный dvd.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

ximi
Сообщения: 2985
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение ximi » Сб фев 15, 2020 11:27 am

И не советую с AMD связываться.
Почему ?

ximi
Сообщения: 2985
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение ximi » Сб фев 15, 2020 8:45 pm

Неделю назад процессор Ryzen Threadripper 3990X поступил в продажу, и в Сети появились его первые тесты. Тогда же мы узнали, что такому CPU нужна специальная версия Windows.

Обычная Windows 10 Home или Pro не способна загрузить все 128 потоков процессора без определённых нюансов, влияющих на итоговую производительность. Поэтому использовать нужно Windows 10 Pro for Workstation либо версию Enterprise.

Ресурс Phoronix предлагает и вовсе отказаться от Windows в пользу Linux. Наши коллеги провели тестирование 64-ядерного монстра AMD, используя систему Clear Linux 32280 с ядром Linux 5.5. Для сравнения были также проведены тесты в Windows 10 Enterprise Build 18363 и Windows 10 Pro Build 18363.

https://www.ixbt.com/news/2020/02/15/432423423.html

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 995
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Shorku » Сб фев 15, 2020 11:08 pm

ximi писал(а):
Сб фев 15, 2020 8:45 pm
Неделю назад процессор Ryzen Threadripper 3990X ...
и что?
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость