Error in internal coordinate system
-
- Сообщения: 89
- Зарегистрирован: Ср июл 25, 2012 11:08 am
Error in internal coordinate system
Коллеги, прошу помочь.
Считаю в гауссиане-09 комплексы Н3О(+)Н2О (катион Zundel) c разным окружением, в основном ацетонитрил и вода. Оптимизация идет нормально, но если я фиксирую атомы кислорода на каком-то расстоянии (команда opt=redundant), периодически вылезает ошибка Error in internal coordinate system. Например, когда расстояние между кислородами устанавливаю 2.40 А или больше, считается нормально, но если уменьшаю до 2.38 - ошибка.
Я знаю, что такие ошибки исправляют, вводя opt=cartesian или opt=Z-matrix, но при фиксированной длине связи это не проходит.
Может, кто сталкивался с чем-то подобным?
Считаю в гауссиане-09 комплексы Н3О(+)Н2О (катион Zundel) c разным окружением, в основном ацетонитрил и вода. Оптимизация идет нормально, но если я фиксирую атомы кислорода на каком-то расстоянии (команда opt=redundant), периодически вылезает ошибка Error in internal coordinate system. Например, когда расстояние между кислородами устанавливаю 2.40 А или больше, считается нормально, но если уменьшаю до 2.38 - ошибка.
Я знаю, что такие ошибки исправляют, вводя opt=cartesian или opt=Z-matrix, но при фиксированной длине связи это не проходит.
Может, кто сталкивался с чем-то подобным?
-
- Сообщения: 89
- Зарегистрирован: Ср июл 25, 2012 11:08 am
Re: Error in internal coordinate system
В дополнение к вышесказанному: расчеты на других компьютерах с теми же инпут-файлами прошли нормально, все сходится без всяких проблем.
Re: Error in internal coordinate system
аутпут и инпут покажите, но если ошибка не воспроизводится из того же самого инпута на другой машине - то тут вряд ли чтото умное удастся сказать.
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Error in internal coordinate system
А, и ещё, на разных машинах версии гауссиана одинаковые или разные? А то это тоже может влиять.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
-
- Сообщения: 89
- Зарегистрирован: Ср июл 25, 2012 11:08 am
Re: Error in internal coordinate system
Версии разные:
Gaussian 09: EM64L-G09RevA.01- выдает ошибку
Gaussian 09: EM64L-G09RevC.01- нет ошибки
Файлы тут:
https://my-files.ru/kn666d
Gaussian 09: EM64L-G09RevA.01- выдает ошибку
Gaussian 09: EM64L-G09RevC.01- нет ошибки
Файлы тут:
https://my-files.ru/kn666d
Re: Error in internal coordinate system
Там изначально генерируются разные внутренние координаты (связи одинаковые а уже углы, углы-L и особенно диэдральники разные). В них и прячется корень зла. Видимо С-гауссиан сторит их умнее.
Как его найти и обезвредить.
Надо попробовать тот же инпут с А гауссианом, перебирая один за другим следующие ключи в Geom помимо Modredundant
SkipAng
SkipDihedral
NewRedundant
Если ничего не поможет то могу предложить пойти в обход - расчет делать в декартовых координатах а расстояние между кислородами удерживать заморозкой этих атомов.
Как его найти и обезвредить.
Надо попробовать тот же инпут с А гауссианом, перебирая один за другим следующие ключи в Geom помимо Modredundant
SkipAng
SkipDihedral
NewRedundant
Если ничего не поможет то могу предложить пойти в обход - расчет делать в декартовых координатах а расстояние между кислородами удерживать заморозкой этих атомов.
-
- Сообщения: 89
- Зарегистрирован: Ср июл 25, 2012 11:08 am
Re: Error in internal coordinate system
Ключи не работают - с двумя первыми выходит ошибка в синтаксисе, а третий дает ошибку в координатах.Гесс писал(а): ↑Вс авг 25, 2019 3:56 pmТам изначально генерируются разные внутренние координаты (связи одинаковые а уже углы, углы-L и особенно диэдральники разные). В них и прячется корень зла. Видимо С-гауссиан сторит их умнее.
Как его найти и обезвредить.
Надо попробовать тот же инпут с А гауссианом, перебирая один за другим следующие ключи в Geom помимо Modredundant
SkipAng
SkipDihedral
NewRedundant
Если ничего не поможет то могу предложить пойти в обход - расчет делать в декартовых координатах а расстояние между кислородами удерживать заморозкой этих атомов.
С заморозкой атомов я не разобрался. В GaussView6 (Atom list editor) выбираю заморозить все координаты обоих кислородов, но при расчете ничего не замораживается.
Re: Error in internal coordinate system
В списке декартовых координат добавьте минус1 между символом атома и первой координатой
O -1 1.23 4.56 7.89
O -1 1.23 4.56 7.89
-
- Сообщения: 89
- Зарегистрирован: Ср июл 25, 2012 11:08 am
Re: Error in internal coordinate system
Ошибка в координатах ликвидирована, но точное расстояние между кислородами не выдерживается, в пределах 0.002 А.
Re: Error in internal coordinate system
при замороженных атомах???
-
- Сообщения: 89
- Зарегистрирован: Ср июл 25, 2012 11:08 am
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 35 гостей