Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Cherep
Сообщения: 22905
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Cherep » Пн апр 15, 2019 4:32 pm

Гесс писал(а):
Вс апр 14, 2019 10:56 pm
Пффф.
Говорить о распараллеливании квантов можно как о масштабировании органического синтеза.
Ну вот есть экзотический процессор на VLIW архитектуре. На "распараллеливаемых" вычислениях он (рядом товарищей) считается перспективным. Как я понял, многоядерные (risc)интелы появились не от хорошей жизни, ибо повышать производительность за счёт увеличения числа транзисторов на единице поверхности становится технически сложно. Пруф.

Для каких методов квантовой химии эта архитектура наиболее подходит? :shuffle:

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11892
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Гесс » Пн апр 15, 2019 5:10 pm

Без понятия, по части железа я крайне слаб.

BIG_DATE
Сообщения: 42
Зарегистрирован: Чт сен 13, 2018 7:31 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение BIG_DATE » Пт апр 19, 2019 11:48 am

Не знаю актуально ли ещё, но напишу.

Короче мне надо было считать 100-130 молекул с базисом не ниже 3-21G. Тут на форуме мне рекомендовали также брать ксениумы или вообще суперкомп. Денег на это у меня не было, поэтому я взял что смог.
Взял я проц 2700x+gigabite b450 Pro+ 16 ГБ ОЗУ + SSD в слот M.2 на 240ГБ + HDD на 2 ТБ и 5400 оборотов + ИБП за 3,5к самый дешёвый + БП на 650Вт+4 куллера за 1к и тд. Собственно карта из линейки gtx вообще роли не играе!!!! И это важно. гауссиан поддерживает только какие-нибудь титаниумы или p100 p40 и тд: "Gaussian 16 can use NVIDIA K40, K80 and P100 GPUs under Linux"http://gaussian.com/gpu/

Эти карты для меня не приемлемо дороги. От 100к + в РФ они не продаются везде.

Сколько я считаю и как. У меня полная оптимизация. В добавок есть металлы. Без металлов всё оптимизируется мне чем за сутки в базисе sto-3g с очень плохими начальными параметрами. По моему за 1-2 часа.

Оптимизация с металлами идёт очень туго. Сначала я делаю всё в базисе STO-3g. Если ошибок нет, то это займёт от 3 до 7 дней. А дальше ещё веселее. Я беру полученную модель и просто подменяю в ней параметры на 3-21G. И жду в лучшем случае ещё неделю. OS – Ubuntu.

С учётом того, что я ничего не знал о расчётах на момент покупки компа скажу так: от момента первых запусков до получения результата прошло у меня 3 месяца. И почти каждый вечер я делал перезапуске проги.

Доп инфо. Я рассчитываю дома, поэтому если вы делать будете также, то
1) не покупайте оперативку с подсветкой. Она почему-то у меня перестала выключаться. Лучше брать самую обычную оперативу.
2) На вентиляторах тоже не стоит экономить я взял за касарь каждый - это самые дорогие, что были в ситилинке. Их лопасти прорезинены и поэтому они не так слышны.

Короче можно уложиться где-то в 80к без монитора и с картой затычкой типа gtx 1050 ти c вторички.
Единственное я всё же рекомендую ещё подождать и купить ещё более мощней процессор, самый последний из AMD. И лично у меня 16гб оперативы не хватает. Нужно ещё больше. Но для 40 молекул хватит за глаза.
Также нужно не забывать об больших файлах данных, которые образуются в работе проги. Для этого я в каждом расчёте использую 5-6 файлов по 30 гб и последний всегда указываю безразмерным ( те 1 тб примерно).
Очень часто именно из-за нехватки места на диске вылетали ошибки и приходилось заново всё запускать.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11892
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Гесс » Пт апр 19, 2019 12:56 pm

Во первых неизвестны размеры молекул. Или 100-130 это количество атомов в молекуле?
Во вторых если "с очень плохими начальными параметрами" то систему имеет смысл предоптимизировать - UFF, Dreiding, PM6
3-21G это очень мало даже для реалистичных геометрий. Особенно при наличии металлов.
Большой файл там .rwf он временый и с этим ничего сделать нельзя. Разумеется хранить его не следует. Если вас интересует только геометрия то и .chk можно удалять.
80 000 рублей это порядка 1100 евро или 1200 долларов по текущему курсу, при цене цпу-часа около 0.05 доллара или 50 долларов за ядро в месяц. То есть если покупать то получится не слишком выгодно, но с другой стороны можно искать выходы на расчетные кластеры, писать им пропозалы и так далее. Тогда можно получить почти то же самое бесплатно.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 660
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Yurii » Ср июл 10, 2019 1:31 pm

6apu_aJlu6acoB писал(а):
Пн фев 12, 2018 8:22 pm
Yurii писал(а):
Сб фев 10, 2018 7:42 pm
Чего тут думать: покупайте 18-ядерный Core i9, оттранслируйте g09 под AVX512 (только не так, как предлагается китайцами через "одно место") и будет Вам счастье. Все лопнут от зависти. А для MP2 советую собрать RAID из 4-х хороших дисков + 128 гб оперативной памяти.
Не совсем понимаю выражение "оттранслировать под AVX512" :dontknow: Чувствую мне пока рано до этого(
Тогда используйте последнюю версию турбомоля (7.3): там присутствуют библиотечные функции Intel MKL с AVX512. Только считайте под Linux а не под виндами: скорость счета значительно выше и многое в виндах урезано. При этом используйте MPI, а не OMP: хотя в мануале они пишут, что OMP работает быстрей, но это не так. И на кластере MPI прекрасно распараллеливает. И потом 7.3 в разы быстрей 7.1. На моем I9-9920X (128 гигов памяти и три M.2 SSD диска) фуллерен c60 (ih) cc2/cc-pvtz сошелся менее чем за 3 часа при шести итерациях. Конечно у AVX512 есть один большой недостаток: он жрет много электричества и поэтому снижает скорость счета: например, при перемножении матриц на моем проце частота с 3.6 ГГц при AVX2 падает до 3.1 ГГц при AVX512. Если учитывать эту поправку, то скорость перемножения при переходе от AVX2 к AVX512 возрастает вдвое.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

ximi
Сообщения: 3009
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение ximi » Сб окт 12, 2019 7:43 pm

Как я понял, многоядерные (risc)интелы появились не от хорошей жизни, ибо повышать производительность за счёт увеличения числа транзисторов на единице поверхности становится технически сложно.
Многоядерность и risc архитектура никак не связанны.
Уперлись в частоты! И оптимизацию архитектуры на уровне одного ядра.
ибо повышать производительность за счёт увеличения числа транзисторов на единице поверхности становится технически сложно.
Увеличение степени интеграции увеличивает не производительность а транзисторный бюджет.
И многоядерность НИКАК не решает эту проблему.

Tonnie Fox
Сообщения: 161
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Tonnie Fox » Чт ноя 14, 2019 9:44 pm

у первого: 24 ядра 3ггц, l3 кеш 64 мб;
у второго: 12 ядер 3.5 ггц, l3 кеш 19.25 мб
Выбор, по-моему, очевиден. К тому же весной выйдут 10 нм процессоры от интел, которые разрабатывались 4 года, а в итоге выхлопа от них никакого, будут что-то вроде переходной модели перед выпуском 8 нм процев. Да и хрен бы с ними, НО то что на картинке подешевеет вдвое. 1200 gflops уже вполне подойдет не только для домашнего бюджетного баловства. И это здорово.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Последний раз редактировалось Tonnie Fox Чт ноя 21, 2019 12:14 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2568
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Droog_Andrey » Ср ноя 20, 2019 10:43 pm

А как насчёт 3950x?
2^74207281-1 is prime!

ximi
Сообщения: 3009
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение ximi » Чт ноя 21, 2019 1:44 am

К тому же весной выйдут 12 нм процессоры от интел, которые разрабатывались 4 года
Интел 10 нм 4 года разрабатывает а не 12 нм !

Tonnie Fox
Сообщения: 161
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Tonnie Fox » Чт ноя 21, 2019 12:13 pm

ximi писал(а):
Чт ноя 21, 2019 1:44 am
К тому же весной выйдут 12 нм процессоры от интел, которые разрабатывались 4 года
Интел 10 нм 4 года разрабатывает а не 12 нм !
Да, точно. Спасибо

Tonnie Fox
Сообщения: 161
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Tonnie Fox » Чт ноя 21, 2019 5:22 pm

Droog_Andrey писал(а):
Ср ноя 20, 2019 10:43 pm
А как насчёт 3950x?
Хороший вопрос, правда он не так давно вышел, и я его что-то не нашел в продаже в торговых сетях, но цена в 750$ и бенчи вполне.
Кстати, а как сейчас дела у AMD с тепловыделением? Для меня издавна привычно, что на них можно жарить картошку
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2568
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Droog_Andrey » Чт ноя 21, 2019 5:46 pm

Семинанометровые без разгона холодные.
2^74207281-1 is prime!

ximi
Сообщения: 3009
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение ximi » Вт фев 11, 2020 3:36 am

Выпустили 64-ядерный процессор AMD Ryzen Threadripper 3990X.
128 потоков.

TDP = 280-300Вт

Цена 4K$ (что вполне нормально для такого монстра у Интела нечто похожее стоит в 3-4 раза дороже)

По сути это почти суперкомп 11-12 летней давности.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 996
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Shorku » Вт фев 11, 2020 5:34 pm

ximi писал(а):
Вт фев 11, 2020 3:36 am
По сути это почти суперкомп 11-12 летней давности.
там всего 4 канала, это все равно техника потреительского уровня, для нормального ab initio такие процы так себе
(кстати, суперкомпы десятилетней давности имели десятки тысяч ядер)

ЗЫ если у кого-нибудь такой (или Ryzen 39XX) есть, насколько в реальности хорошо там параллелится что-нибудь тяжелое типа DLPNO-CCSD?
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

endlesslake
Сообщения: 168
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение endlesslake » Вт фев 11, 2020 8:51 pm

c DLPNO-CCSD еще нужно смотреть, чтоб диск узким местом не оказался. даже 2950X, насколько я помню, под 1.5-2GB/s с диска тянет довольно заметную часть времени.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 2461
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение bigM » Вт фев 11, 2020 11:23 pm

endlesslake писал(а):
Вт фев 11, 2020 8:51 pm
c DLPNO-CCSD еще нужно смотреть, чтоб диск узким местом не оказался. даже 2950X, насколько я помню, под 1.5-2GB/s с диска тянет довольно заметную часть времени.
поставь операционку в виртуальный диск в оперативке. к её ногам по питанию батарейку подпаять.
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 996
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Shorku » Вт фев 11, 2020 11:23 pm

endlesslake писал(а):
Вт фев 11, 2020 8:51 pm
c DLPNO-CCSD еще нужно смотреть, чтоб диск узким местом не оказался. даже 2950X, насколько я помню, под 1.5-2GB/s с диска тянет довольно заметную часть времени.
Ну это-то сейчас решается, например, установкой M.2 SSD, они уже достаточно живучие и относительно недорогие. Я просто некоторое время назад уперся в ширину канала, когда пытался распараллелить DLPNO-CCSD на старых серверах с двумя зионами: больше 4-6 ядер уже не давало никакого прироста в скорости, причем проблему не решили ни SSD в pci-e cлоте, ни RAM-диск. Меня как раз смущает то, что у новых райзенов суммарная скорость чтения-записи в оперативную память сравнима с теми моими старыми серверами (там 6 каналов и DDR3, тут два канала и DDR4), поэтому интересно было бы послушать впечатления счастливых обладателей.
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 996
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Shorku » Вт фев 11, 2020 11:52 pm

bigM писал(а):
Вт фев 11, 2020 11:23 pm
поставь операционку в виртуальный диск в оперативке. к её ногам по питанию батарейку подпаять.
это дает очень незначительный прирост, к тому же даже у Ryzen 3950X довольно скромный максимальный объем поддерживаемой оперативной памяти для такого количества ядер
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

ximi
Сообщения: 3009
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение ximi » Ср фев 12, 2020 12:22 am

там всего 4 канала, это все равно техника потреительского уровня
Нет. Это не потребительский уровень.
Это для серваков и рабочих станций (HEDT)
Да и 300Вт это перебор для потребительского уровня.
Это конкурент Intel Xeon

там всего 4 канала,
И что вам не хватает ?

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 996
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Shorku » Ср фев 12, 2020 12:32 am

ximi писал(а):
Ср фев 12, 2020 12:22 am
Нет. Это не потребительский уровень.
Это для серваков и рабочих станций (HEDT)
Для серверов AMD Epyc (там в современной линейке 8 каналов, и зачем бы им это) и Intel Xeon.
И что вам не хватает ?
Эм, ну я выше уже привел пример, где оборудование серверного класса, хоть и не очень новое, поимело такое бутылочное горлышко. У Вас есть подобный опыт, чтобы им поделиться?
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя