Бесплатные (и свободные) рисовалки формул

[Allex']

Пересел с ISIS Draw на Biovia Draw (нужно зарегистрироваться, указав некоммерческое использование, после чего дают скачать полнофункциональную свежую версию). Первую неделю было немного непривычно, теперь особой разницы не вижу. Полная читабельность ISIS Draw и немного расширенный функционал. Нормальная поддержка OLE, в отличие от многих других.

[StYV]

Привет коллеги!
Есть бесплатный Марвин - отчеты в нем пишу.
Достать хембиооффис тоже не очень сложно только вот в оф. бумагах на него не сошлешся. Что делать.
С уважением StYV.

[Lantano]

ACD/ChemSketch

[Chemazl]

Насчет рисовалок под андроид - стало актуально при дистанционном обучении студентов, у которых кроме телефона и нет ничего. Есть Java апплет JSME - дистрибутив (JSME_2017-02-26.zip) это зип с кучей файлов, при открытии некоторых html открывается редактор - простой и бесплатный, и он мог быть удобным, если бы из этой кучи файлов в дистрибе собрать .apk c возможностью установки. Я в Андроиде не силен, но может кто посчитает это возможным и нужным?

[Allex']

Возник такой вопрос. Нужно перевести структурные формулы в файлах *.skc в обычные рисунки, *.bmp. Я делал это в рисовалке BioviaDraw вручную (File-Save as Image). При этом возникли 2 проблемки:
1. Качество сохранённых картинок оставляет желать лучшего и размеры изображений зависят от размера формулы.
2. Хотелось бы найти возможность пакетного перевода формул в изображения. У меня около 1700 файлов и перевод в изображения занимает около 2 часов.
Кто знает, как улучшить качество изображений? Может в каких-то других рисовалках это выполено лучше, чем в BioviaDraw.

[Phobos]

Если структурная формула вставляется потом в ворд-файл, то при копировании обратно в рисовалку через copy-past дается опция paste special, с возможностью выбора формата сохранения, и bmp один из них. Никогда не было нужно, поэтому не задавался вопросом, как обойтись без ворда.
Я бы сохранил через print-screen, потом в irfanview обработал бы картинку, поигравшись с параметрами сохранения.

[Allex']

Картинки нужны для базы данных склада с химреактивами. На компьютерах пользователей химических рисовалок нет и не планируется, поэтому, чтобы им были видны формулы, нужен общедоступный формат. К тому же формат изображений позволяет хранить рисунки отдельно от самой базы, что уменьшает размер самой базы и увеличивает скорость её работы. Через print-screen у меня получается такоё же качество файла рисунка как и при сохранении из рисовалки.
Сейчас нашёл возможность сохранять рисунки через ChemSketch, там можно при сохранении изображения выбирать его разрешение. Но! Получается ещё дольше, чем через BioviaDraw. И я как-то не смог найти, как в ChemSketch сделать окраску каждого типа атомов своим цветом. От чёрно-белых формул я уже отвык.

[MONSTA]

Из бесплатных есть еще кроссплатформенные BKchem и XDrawChem. Но на вскидку у них каких-то принципиальных особенностей нет.

[Polychemist]

Есть 7-pdf, бывает официально бесплатный, бывает платный, разные версии, можно найти. Ставит драйвер при печати на который делает растр хоть 1200dpi, можно поиграться со стартовыми настройками, чтоб меньше спрашивал. Или закинуть все структуры в Word и распечатать весь файл, каждая страница будет в отдельном файле. Потом Irfan-ом пакетно перегнать в bmp, возможно можно и с обрезкой белых полей.

[Allex']

Нашёл относительно простой путь. В настройках рисовалки увеличил длину и толщину связей и размеры атомов. При сохранении в *.bmp разрешение файла тоже увеличивается. Правда, нужно опять вручную пересохранить 1700 файлов...

[Cherep]

XDrawChem.

Глюченная штука, по кр мере в Debian.

[Cherep]

Правда, нужно опять вручную пересохранить 1700 файлов...

Наверное в вендах ещё есть cmd.exe и какие-то .bat можно писать

Код: Выделить всё

http://openbabel.org/docs/FileFormats/PNG_2D_depiction.html

Если нужен именно bmp, то потом imagemagick

Код: Выделить всё

https://imagemagick.org/script/mogrify.php

[Jokermaniak]

У нас похожую задачу решали так: у нас были картинки в .cdx, их пакетом импортировали в базу на Access, а в нем есть интеграция с ChemDraw. Потом вывели полную распечатку базы в вордовский файл, там картинки отобразились как активное содержимое. Наша задача на этом всë, но что дальше делать, понятно.

Если надо в картинки перевести, можно дальше в ворде настроить лося, а потом всю кодлу разом cut - paste special (as picture). Если комп не вытянет 1700 картинок, можно в несколько кликов побить на 5-10 частей. Второй вариант - экспортировать в pdf, а оттуда оптом извлечь картинки экстрактором (может и из docx можно экстрактором, но хз как они с активным содержимым дружат). Кстати, в pdf они перегоняются в векторе, поэтому есть возможность lossless конвертации по итогу (от экстрактора зависит). Ну, или, если есть желание, можно прямо средствами Access экспорт сделать, если умеете.

К тому же формат изображений позволяет хранить рисунки отдельно от самой базы, что уменьшает размер самой базы и увеличивает скорость её работы.

Не знаком со спецификацией .skc, но в условном .xyz молекула занимает, ну, пару сотен байт. В .mol - ну, до пол-килобайта в худшем случае. Что-то, воля ваша, неладное в вашей базе творится, раз еë 1700 соединений замедляют.

[Phobos]

А вот в формате bmp они потянут побольше, имхо.

[Allex']

Наверное в вендах ещё есть cmd.exe и какие-то .bat можно писать

.bat писать можно, но средствами винды химические структуры не пересохранишь. Во всяком случае, я не знаю как это сделать.

Код: Выделить всё

http://openbabel.org/docs/FileFormats/PNG_2D_depiction.html

С openbabel я, к сожалению, общаться не умею.

Если нужен именно bmp, то потом imagemagick

Код: Выделить всё

https://imagemagick.org/script/mogrify.php

Посмотрю.
Мне вообще без разницы, в каком формате будут картинки, просто .bmp по качеству лучше остальных.

[Allex']

У нас похожую задачу решали так: у нас были картинки в .cdx, их пакетом импортировали в базу на Access, а в нем есть интеграция с ChemDraw. Потом вывели полную распечатку базы в вордовский файл, там картинки отобразились как активное содержимое. Наша задача на этом всë, но что дальше делать, понятно.

Если надо в картинки перевести, можно дальше в ворде настроить лося, а потом всю кодлу разом cut - paste special (as picture). Если комп не вытянет 1700 картинок, можно в несколько кликов побить на 5-10 частей. Второй вариант - экспортировать в pdf, а оттуда оптом извлечь картинки экстрактором (может и из docx можно экстрактором, но хз как они с активным содержимым дружат). Кстати, в pdf они перегоняются в векторе, поэтому есть возможность lossless конвертации по итогу (от экстрактора зависит). Ну, или, если есть желание, можно прямо средствами Access экспорт сделать, если умеете.

К тому же формат изображений позволяет хранить рисунки отдельно от самой базы, что уменьшает размер самой базы и увеличивает скорость её работы.

Не знаком со спецификацией .skc, но в условном .xyz молекула занимает, ну, пару сотен байт. В .mol - ну, до пол-килобайта в худшем случае. Что-то, воля ваша, неладное в вашей базе творится, раз еë 1700 соединений замедляют.

1700 соединений хоть и замедляют базу, но в реальности я этого не вижу. Однако умом-то я понимаю, что замедляют, в этом и проблема
Рисунки я и так экспортирую пакетом из базы в отдельные файлы, можно и сразу в .bmp, однако разрешение меня не устраивает. Поэтому и делаю экспорт в .skc (наверняка можно и в .cdx, но мне это не нужно). Юзерам-то всё равно. Что дадут, тем они и будут пользоваться, формулы там видны, но я себя буду чувствовать некомфортно, если знаю, что мог сделать качество рисунка лучше.
Наверное, можно сделать экспорт сразу в .pdf (если при этом получится сохранить векторность рисунков), а дальше можно будет пакетом сохранять в .bmp с установленным заранее разрешением. Просто я пока не пробовал делать экспорт в .pdf.

[Allex']

А вот в формате bmp они потянут побольше, имхо.

Сколько они потянут, роли не играет. Все рисунки будут лежать в отдельной папке, а в базе на них будут стоять только ссылки.

[Jokermaniak]

В pdf точно можно экспортировать с сохранением векторности, емнип даже стандартными средствами MS Office

[Allex']

MS Access - не совсем стандартное средство MS Office. То, что у меня получилось сделать - это автоматизированное выковыривание рисунков из объектов OLE. Автовставку их в пдф я пока ещё не пробовал и не уверен, что это получится, поскольку это и вручную не сделать, разве только через вызов ещё одной программы (какой?) и пересохранение .skc в .pdf. Но эту последнюю операцию можно делать и без участия Аксесса.

[nebeli]

Наверное в вендах ещё есть cmd.exe и какие-то .bat можно писать

Я для некоторых пакетных шаблонных обработок (ЯМР спектров) использую автонажималку GhostMouseFree.
Записываются все действия мышью и клавиатурой (перетаскивание файла в окно программы, всякие настройки толщин линий, цветов, выделения и прочие действия, заканчивающиеся сохранением файла), далее настраивается скорость воспроизведения на x3-x5 и одним кликом происходит быстрая обработка файла по шаблону. Если в конце записи действий добавить прокрутку списка с исходными файлами вниз на одну строку, то файл созданного шаблона можно открыть в блокноте и скопировать содержимое раз 10 - одним кликом мыши преобразуется 10 файлов.
Как вариант.