NwChem (версия 6.3)

[kbob]

Появилсь новая версия NwChem http://www.nwchem-sw.org/index.php/NWChem_6.2

1. Скачал, скомпилировал. Первое впечатление - стал медленнее (на 30%) работать расчет SCF в HF.
2. Базис def2-sv(p) заменили на def2-svp, результаты расчета энергии разные.

[endlesslake]

а чем компилировали ? а то у меня, пока куча тестов не проходит с последним ifort'ом

[kbob]

За основу взял следующие советы (еще во времена версии 6.1.1):
http://verahill.blogspot.com.au/2012/05 ... ebian.html
http://verahill.blogspot.ru/2012/05/com ... -libs.html
Компилировал c помощью gfortran, операционка Kubuntu-12.04

Скрипт сборки
[cut]#!/bin/sh

sudo apt-get install python2.7-dev zlib1g-dev libssl-dev gfortran
#Edit src/config/makefile.h and add "-lz -lssl" to the end of line 2042 (needed by python)

export LARGE_FILES=TRUE
export TCGRSH=/usr/bin/ssh
export NWCHEM_TOP=`pwd`
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_MODULES="all python"
export PYTHONVERSION=2.7
export PYTHONHOME=/usr

#1. openblas
#sudo apt-get install libopenblas-dev
#export BLASOPT="-L/usr/lib/openblas-base -lopenblas"
#export LIBRARY_PATH=$LIBRARY_PATH:/usr/lib/openblas-base

#2. atlas
#sudo apt-get install libatlas-base-dev
export BLASOPT="-L/usr/lib/atlas-base/ -latlas"
export LIBRARY_PATH=$LIBRARY_PATH:/usr/lib/atlas-base/

sudo apt-get install libopenmpi-dev openmpi-bin
export USE_MPI=y
export USE_MPIF=y
export USE_MPIF4=y
export MPI_LOC=/usr/lib/openmpi/lib
export MPI_INCLUDE=/usr/lib/openmpi/include
export LIBMPI="-lmpi -lopen-rte -lopen-pal -ldl -lmpi_f77 -lpthread"
export LIBRARY_PATH=$LIBRARY_PATH:/usr/lib/openmpi/lib

cd $NWCHEM_TOP/src
make clean
make nwchem_config
make FC=gfortran > make.log 2>&1
export FC=gfortran
cd ../contrib
./getmem.nwchem[/cut]

Для запуска добавляю в ~/.bashrc следующие строки
[cut]#Edit your ~/.bashrc and add
export NWCHEM_TOP=/opt/nwchem-6.3-src.2013-05-17
export NWCHEM_EXECUTABLE=$NWCHEM_TOP/bin/LINUX64/nwchem
export NWCHEM_BASIS_LIBRARY=$NWCHEM_TOP/src/basis/libraries/
export NWCHEM_NWPW_LIBRARY=$NWCHEM_TOP/src/data/libraryps/
export FFIELD=amber
export AMBER_1=$NWCHEM_TOP/src/data/amber_s/
export AMBER_2=$NWCHEM_TOP/src/data/amber_q/
export AMBER_3=$NWCHEM_TOP/src/data/amber_x/
export AMBER_4=$NWCHEM_TOP/src/data/amber_u/
export SPCE=$NWCHEM_TOP/src/data/solvents/spce.rst
export CHARMM_S=$NWCHEM_TOP/src/data/charmm_s/
export CHARMM_X=$NWCHEM_TOP/src/data/charmm_x/
export PATH=$PATH:/opt/nwchem-6.3-src.2013-05-17/bin/LINUX64[/cut]

Собирал как с openblas так и с atlas. С atlas работает быстрее.
Тесты не прогонял.

Пытаюсь разобраться с новой функциональностью

Nudged Elastic Band of Jonsson et al.
Zero temperature string method of Vanden-Eijnden et al.

http://www.nwchem-sw.org/index.php/Spec ... #post_2844

[kbob]

Еще один пользователь заметил замедление в работе NwChem версии 6.3
http://www.nwchem-sw.org/index.php/Spec ... #post_3069

[endlesslake]

сейчас вот тоже кое что попробовал, больше чем в 2 раза медленнее в DFT стало.

[tabaki321]

Сходил по ссылке kbob-а на форум nwchem. Скомпилировал с export ARMCI_NETWORK=SOCKETS
Время на тестовой задаче (15 атомов оптимизация и гессиан pbe0 6-31g*) стало чуть лучше чем для nwchem-6.1.1 (714 с против 735 с). Мне показалось, что создатели изменили критерии сходимости в процедуре самосогласования. Более объемные тесты буду проводить завтра.

[sanya1024]

Базисы def2-sv(p) и def2-svp разные (сравните) -- поэтому и результаты разные.

[kbob]

Базисы def2-sv(p) и def2-svp разные (сравните) -- поэтому и результаты разные.

Я проверял на базисах def2-tzvp, def2-tzvpp, def2-qzvpp - энергии для версий 6.1.1 и 6.3 совпадают с точностью до последнего знака, а время выполнения разное, причем после export ARMCI_NETWORK=SOCKETS некоторые задачи на 6.3 стали быстрее выполнятся, а некоторые медленне, чем на 6.1.1.

[endlesslake]

ARMCI_NETWORK=SOCKETS с патчем?
у меня для всего что я успел попробовать, SCF\DFT итерации стали чуть быстрее. Но там еще как я понял, в настройках DIISа что то поменялось, так что количество итераций в зависимости от задачи может измениться.

Кстати, использование CUDA кто нибудь успел попробовать?

[kbob]

ARMCI_NETWORK=SOCKETS с патчем?
Кстати, использование CUDA кто нибудь успел попробовать?

У меня в планах использвать такую 64-ядерную плату.
http://www.parallella.org/
заказал 1 шт.

[uchebnik fiziki]

Вещь!

[iChem]

Кстати, использование CUDA кто нибудь успел попробовать?

amik: Сообщение содержало ссылки на незаконные или пиратские программы, чем нарушало правила форума. Удалено. Автору предупреждение.

[alien308]

У меня в планах использвать такую 64-ядерную плату.
http://www.parallella.org/
заказал 1 шт.

Как попробуете напишите в форум!

[Гесс]

Ту ссылку давать конечно не стоило, но если последующих читателей этой темы заинтересует, iChem рекомендовал программу Terachem, ознакомиться с которой можно на сайте http://www.petachem.com.

Русскоязычное описание взятое откуда-то из интернета гласит что

Программный пакет Terachem - первый и единственный на данный момент софт для квантово-химических расчетов, поддерживающий ускорение всех операций при помощи CUDA. Данная программа имеет "джентельментский" набор квантового химика - оптимизация, поиск седловых точек, численный расчет колебательных спектров, QMMM модуль для воды, набор базисов и т.д.

[iChem]

ARMCI_NETWORK=SOCKETS с патчем?
Кстати, использование CUDA кто нибудь успел попробовать?

У меня в планах использвать такую 64-ядерную плату.
http://www.parallella.org/
заказал 1 шт.

Единственное что этот чип умеет -- складывать и умножать. Даже деление не поддерживает, не говоря уже о трансцендентных функциях которых полно в квантовой химии. В принципе сойдет только для умножения матриц разве что, нет?

[endlesslake]

Обычный процессор (не говоря уже о всяких теслах) тоже деление не за такт делает, так что не факт, что делить эта штука будет сильно медленнее из-за этого. Кроме того сложения\умножения преобладают и в интегральном коде.
Мне больше не нравится, что там вроде только 32 битные числа с плавающей точкой.

[iChem]

Обычный процессор (не говоря уже о всяких теслах) тоже деление не за такт делает, так что не факт, что делить эта штука будет сильно медленнее из-за этого. Кроме того сложения\умножения преобладают и в интегральном коде.
Мне больше не нравится, что там вроде только 32 битные числа с плавающей точкой.

В общем да, но за 10 тактов поделит точно, скорее всего меньше чем за 5. Тесла делит за 6 тактов. Попробовал найти софтверный эмулятор деления, нашел вот это и в ужасе закрыл. Может вы знаете что получше?
http://me.henri.net/fp-div.html

[kbob]

http://www.agner.org/optimize/instruction_tables.pdf

Nehalem, операция FDIV (7-27) тактов.

[darkchemist]

Добрый день!

Пытаюсь запустить NWChem 6.6 из репозитария Ubuntu. При запуске тестовой задачи (молекула воды) nwchem вылетает с сообщением:

Код: Выделить всё

Program received signal SIGILL: Illegal instruction.

Backtrace for this error:
#0  0x7FAFC616EE08
#1  0x7FAFC616DF90
#2  0x7FAFC527849F
#3  0x2D418E0 in mxinit_
#4  0x6635DC in nwchem_banner_
Недопустимая инструкция

Сталкивался ли кто-либо с такой проблемой?

[kbob]

Добрый день!

Пытаюсь запустить NWChem 6.6 из репозитария Ubuntu. При запуске тестовой задачи (молекула воды) nwchem вылетает с сообщением:

Код: Выделить всё

Program received signal SIGILL: Illegal instruction.

Backtrace for this error:
#0  0x7FAFC616EE08
#1  0x7FAFC616DF90
#2  0x7FAFC527849F
#3  0x2D418E0 in mxinit_
#4  0x6635DC in nwchem_banner_
Недопустимая инструкция

Сталкивался ли кто-либо с такой проблемой?

Я обычно компилирую из сырцов.
Можете попробовать запускать в Docker контейнере
http://www.nwchem-sw.org/index.php/Spec ... /sp/id7656

PS какая Ubuntu кстати, на 16.04 не компилится.