USPEX

[kbob]

USPEX (Universal Structure Predictor: Evolutionary Xtallography)
http://han.ess.sunysb.edu/~USPEX/

На русском
http://www.scientific.ru/trv/2008/004/oganov_uspex.html

[Himera]

А в чём вопрос?

[kbob]

не могу скачать

[Marxist]

А зарегистрироваться пробовали? А Оганову написать?

Notification: Some users tell me that they could not download the source code successfully. Maybe it's because of the incompatibility with internet explorer. Please try to use Google Chrome or Firefox if you meet such situation.

[Love]

Добрый день.

У меня вопрос к пользователям УСПЕХа, если есть такие.
Пытаюсь освоить програмку, но что-то получается не очень. Поэтому вопросы наверно глупые...
Пытаюсь провести тестовый расчет на основе файлов, которые идут вместе с кодами USPEXa. В частности тестовая задача на GULP. В результате расчетов мне выдается куча файлов, среди которых gatheredPOSCARS с 40 структурами и enthalpies с 40 цифрами равными 10000000 в столбик. Подскажите, что я делаю не так.
И еще, в файле запуска в разделе POPULATION стоит отметка 50 numGenerations, однако в результате расчета создается только 1 папка /generation1/ с двумя матлабовскими файлами. Чую, что тут что-то не так... Может знающие люди помогут...
Файл запуска USPEX:

[Лечащий Врач]

А у вас VASP есть? POSCAR — это файл ввода данных для VASP, его предполагается, видимо, в ней обсчитывать.

[Лечащий Врач]

И вообще, просьба к модератору перенести это в "Квантовую химию".

[himdim2012]

Love, а Вы не могли бы поделиться программкой? Например, ссылкой на скачивание, буду очень признателен.

Не знаю наверняка, но скорее всего 40 струтктур на выдаче, это одно из поколений струтктур, он же генерирует струткуры методом перебора пока не найдет оптимальные, обладающие минимум энергии, попробуйте увеличить число итераций, или ввести какие-нибудь дополнительные параметры для отсева струткур. Поглядел Ваш инпут, а как нибудь в более читабельный вид его можно перевести? По моему он косячный.

А файлы выдачи не покажите?

[Love]

Лечащий Врач, данный файл сделан для GULP, это вообще файл из примера.
Может я не правильно поняла, но сам файл для разных программ не отличается, кроме кусочка

abinitioCode (which code shall be used for calculation? Up to now: vasp, siesta, gulp)
3 3 3 3 3 3 3
ENDabinit

в котором и указывается, какую программу использовать.

himdim2012, программа бесплатная, надо просто написать Оганову с какого-нибудь институтского e-mail, он сам ее пришлет, или даст ссылку на скачивание. Т.к. связывалась с Огановым не лично я, а мой руководитель, не уверена, что он одобрит, что я программу раздаю. Извините
А по поводу файла - он его считывает нормально, но не хочет считать, как я поняла, второе поколение, толи ГАЛП глючит, толи сама программа. Пишет в логе "PROBLEM_read_gulp". Вот я и не понимаю, почему он считывал галп в начале, для расчета первых 40 структур, а потом вышла проблема... Собственно, по этому поводу и хотела тут проконсультироваться, может кто знает.

В архиве лежат выходные файлы.

[himdim2012]

Конечно я не специалист по этой проге, но прокомментируйте пожалуйста строку из вашего log-файла:

Temperature of configuration = 0.000 K

Во вторых, Ваш инпут или так называемый ГАЛП вы сами изменяли? Соединение Ваше?
В третьих, с другими инпутами не пробывали?
В четвертых прога мне нужна была что-бы проверить в чем дело с инпутом или с прогой, ведь судя по всему она не сильно отличается от других квантовохимических прог.
Мое мнение, проблема однозначно с инпутом, он у вас явно косячный, а вот как его изменить или что-то ещё придумать, без проги у меня не получится.
Да и чуть не забыл для поиска ВСЕХ возможных струтктур (собственно USPEX всего лишь это сделал, по-моему не солидно для такой программы) можно пользоваться прогами и попроще.

[starless]

Да и чуть не забыл для поиска ВСЕХ возможных струтктур (собственно USPEX всего лишь это сделал, по-моему не солидно для такой программы) можно пользоваться прогами и попроще.

Я уж не знаю, что в успексе сложного, но задача поиска всех возможных структур аццки сложная.

[himdim2012]

Я имел ввиду: взять и посчитать можно любой набор атомов и структур (т.е. все возможные структуры)
А вот сгенерировать все возможные структуры, а уж тем более вычислить наиболее устойчивые, действительно архисложная задача.

[starless]

Извините, в вашем ответе слова все знакомые, а вот смысл уловить не получается

[himdim2012]

Буду учиться выражаться яснее!)))

[Love]

Уважаемый himdim2012, я "не специалист" в этой программе еще наверно поболее вашего, и вопросов у меня к данной проге ОЧЕНЬ много. Однако, я разобралась со своим первым вопросом (ошибка была очень глупая ). Так что спасибо за участие и помощь. Теперь к Вашим вопросам:

прокомментируйте пожалуйста строку из вашего log-файла:

Temperature of configuration = 0.000 K

Да черт ее знает. Только начала разбираться, для этого и запускаю тесты

Во вторых, Ваш инпут или так называемый ГАЛП вы сами изменяли? Соединение Ваше?

Нет, не изменяла. И что он берет за начальное соединение - это большой вопрос. Я никаких координат начальных ему не задаю. Там есть отдельная функция для расчета с заданной начальной структурой.

В третьих, с другими инпутами не пробывали?

Пробовала с Quantum Espresso, уткнулась в ошибку, не поняла совсем чего он выводит, и перешла на тесты. По карайней мере они, по заверению команды Оганова, рабочие. Понять хотя бы как должно быть, а потом самой чего-то ваять

В четвертых прога мне нужна была что-бы проверить в чем дело с инпутом или с прогой, ведь судя по всему она не сильно отличается от других квантовохимических прог.

Прога сделана для матлаба. Она работает через матлаб под линуксом с другими квантовохимическими программами, ГАЛП, ВАСП, Экспрессо, Сиеста... Так что инпут - это матлабовский файл, который потом генерит общий инпут для заданной расчетной программы и начинает исследование.

проблема однозначно с инпутом, он у вас явно косячный

Повторюсь - инпут с теста, предложенного разработчиками, не меняла. Также смотрела на форуме - инпуты у них именно такие. Перерыра весь мануал - увы, именно так косячно он и составляется.

для поиска ВСЕХ возможных струтктур (собственно USPEX всего лишь это сделал, по-моему не солидно для такой программы) можно пользоваться прогами и попроще.

Например? Нет, правда, посоветуйте, что еще может "сгенерировать все возможные структуры, а уж тем более вычислить наиболее устойчивые", как мне обещает сделать УСПЕХ? Мне самой он не очень нравится в плане удобства составления. Однако, я, увы, больше не знаю программ подобного плана.

[himdim2012]

Я имел ввиду: взять и посчитать можно любой набор атомов и структур (т.е. все возможные структуры)
А вот сгенерировать все возможные структуры, а уж тем более вычислить наиболее устойчивые, действительно архисложная задача.

Насчет просто посчитать, можно попробывать HyperChem у неё интутитивно понятный интерфейс и хорошие возможности для рисования и последующей оптимизации в том числе и кристаллических струтктур, однако качество расчетов, на мой взгляд, не на высоте.

А вот насчет генерации структуры и вычисления наиболее устойчивых задача ооооооочень сложная. Но т.к. не знаю какая конкретно задача перед Вами стоит, поэтому не могу посоветовать более точно, посмотрите здесь может что-то для себя выберете:

http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_qu ... s_software

А какая была ошибка у вас в Uspexe?

[Love]

HyperChem у неё интутитивно понятный интерфейс и хорошие возможности для рисования...

Боюсь, это все плюсы HyperChem.

А какая была ошибка у вас в Uspexe?

Забыла в строке запуска программы написать "> output". Увы, банальная ошибка до безобразия...

[himdim2012]

Кстати, Love еще несколько вопросов:

1. Почему USPEX работает только под линуксом? на сайте про это нечего не нашел.

2. И что у вас на выдаче получилось, нормальная структура?
3. Выходной файл у него какой? все-таки log?
4. в какой проге будете делать визуализацию?
5. не знаете кто-нибудь в России кроме Вас использует ещё USPEX?

Заранее спасибо!

[Love]

1. Почему USPEX работает только под линуксом? на сайте про это нечего не нашел.

Он через матлаб вызывает собственно программу для расчета, которая работает под линуксом. Расчеты то все равно ведутся через GULP, VASP и пр. под линуксом. Соответственно и матлаб должен стоять на Вашем кластере/суперкомпьютере линусовский.

2. И что у вас на выдаче получилось, нормальная структура?

Ну мне че-то не очень понравилась. Я приложила два файла - начальная (supercell_str1.xyz) и конечная (supercell_fin.xyz), в архиве.

3. Выходной файл у него какой? все-таки log?

Там куча файлов. Структуры выдаются в POSCAR-е, отдельно файл для энтальпий (записанны по номеру структуры в поколении столбиком) и прочего добра (объемы, жесткость, которая у меня не расчиталась).

4. в какой проге будете делать визуализацию?

Это вообще отдельная песня. Сами разработчики предлагают некую програмулину под названием STM4. Однако чтоб ее установить, надо установить дополнительно визуализатор AVS/Express (http://personal.cscs.ch/~mvalle/STM4/install.html). Сам он платный, а бесплатную 7-дневную лицензию он видеть не хочет. Видимо буду биться с помощью Excel и ChemCraft.

5. не знаете кто-нибудь в России кроме Вас использует ещё USPEX?

Увы, лично не знаю. Могу только накопать несколько ученых через страничку Оганова, судя по его публикациям. Надеялась, что на форуме будут люди, кто знаком с этой программкой и мог бы проконсультировать по вопросам.
Не всегда удается нормально изложить свой вопрос по-русски, чтоб переводить его на английский для отправки на форум

[himdim2012]

Не знаю, но вашу струтктуру нарисовал в diamond. Собственно, чем не нравиться полученный Вами структура? Хотя str 1 выглядит более предпочтительней.

Надеялась, что на форуме будут люди, кто знаком с этой программкой и мог бы проконсультировать по вопросам.

Пока для России эта прога экзотика, несмотря на то что её автор наш соотечественник. Слышал про эту программу, и согласен что она пока уникальна в своем классе. Ну читая про Ваши мытарства с этой прогой думаю "окупит" ли она время и трудозатраты?

Кстати а какую Вы задачу хотите решить с помощью неё? Хотя бы в общем, очень интересно.