Природа

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пн дек 17, 2018 9:59 am

Нет, ну я понимаю что вы решили по каким то внутренним причинам уйти. (Но занятно почему 2 квантовика за 3 дня). Люди приходят и уходят. sanya вон или Nord. Но зачем вам удаление аккаунта? Чтоб ничего из ваших старых постов врагам не досталось? Я удалять не буду. Можете вон как Ртея, пройти по всем своим старым постам редактируя их в точку, если вы настолько принципиальны. :roll: :dontknow: :? :shock:

Metalian
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Природа

Сообщение Metalian » Пн дек 17, 2018 1:54 pm

А толку? У наших спецслужб в базах все наши посты и так хранятся, а моссаду, госдепу и т.д. мы вряд ли интересны (а если вдруг интересны, то и у них тоже все ходы записаны)...

EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Вт дек 18, 2018 12:03 pm

Вопрос возник, у ПРИРОДы Д.Н.Лайкова есть лицензионное соглашение?

Metalian
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Природа

Сообщение Metalian » Вт дек 18, 2018 1:17 pm

EvgeniX писал(а):
Вт дек 18, 2018 12:03 pm
Вопрос возник, у ПРИРОДы Д.Н.Лайкова есть лицензионное соглашение?
Задай ему этот вопрос что ли... Раз она выложена на официальном сайте для свободного скачивания, то, видимо, никаких негативных последствий ее использование и ссылки на ее использование понести не должны. Но таки-да, соглашения никто из пользователей, думаю, не подписывал + сомнительно, что ее разработчик имеет юрлицо или даже ИП.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 817
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Природа

Сообщение madschumacher » Чт дек 20, 2018 1:53 am

EvgeniX писал(а):
Вт дек 18, 2018 12:03 pm
Вопрос возник, у ПРИРОДы Д.Н.Лайкова есть лицензионное соглашение?
Пару лет назад не имело. Это Д.Н.Л. ответил в личной переписке (что у него руки на тот момент не дошли до этого).
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Сб дек 14, 2019 3:00 pm

.

Аватара пользователя
Tasha
Сообщения: 1118
Зарегистрирован: Вт дек 27, 2005 10:04 pm

Re: Природа

Сообщение Tasha » Ср фев 19, 2020 3:11 pm

Случайно обнаружила, что перестали воспроизводиться расчеты. Один и тот же входной файл в одной и той же версии программы перестал давать идентичные результаты. Расчет спектра ЯМР с использованием псевдопотенциалов раньше приводит к отличным результатам - все грамотно считалось, сейчас, на момент начала 2020 года, перестало вообще что-то считаться. Никаких сообщений об ошибках или чего-то похожего. С какого момента сказать не могу, т.к. между лем 2011 года и настоящим моментом прошло немало времени. Такое впечатление, что перестали считываться базисные наборы, которые раньше успешно именно этой версией программы считывались и использовались.
Для сравнения два выходных файла: было: https://yadi.sk/d/3YQzVHtf6PSClQ стало: https://yadi.sk/d/Bs_0nLlsvIdgEQ

Базис: https://yadi.sk/i/e4Y_HpcZSQIw5Q

PS Базис не "родной", предоставлен в давние времена Sanya1024, но он абсолютно точно читался исполняемым файлом программы (см. выше).
Нельзя уйти от своей судьбы, - другими словами, нельзя уйти от неизбежных последствий своих собственных действий. Ф.Энгельс

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Ср фев 19, 2020 5:16 pm

Ну оно попробовало прочитать базисы, причем два раза, как и в прошлый заход, но с разным результатом. В прошлый раз при первом прочтении у лютеция функции были, а в этот раз там нули. Кроме того невидно попытки прочитать ECP, которая ранее проводилась перед чтением базиса.
Вопрос:
20+St-rsc-97.bas абсолютно досимвольно идентичен с 20+sbk.bas или там есть какая то разница?

Аватара пользователя
Tasha
Сообщения: 1118
Зарегистрирован: Вт дек 27, 2005 10:04 pm

Re: Природа

Сообщение Tasha » Ср фев 19, 2020 5:27 pm

Идентичен, не изменяла его. Все лежало в одной директории с доисторических времен.
Спасибо за идею. Сейчас сравниваю с похожим базисом 20+sbk.bas
PS При использовании альтернативного родственного базиса 20+sbk.bas все работает, ECP считывается когда надо.
PPS Проблема решена. Сама недоглядела. Огромное спасибо Гессу за наводку!
Нельзя уйти от своей судьбы, - другими словами, нельзя уйти от неизбежных последствий своих собственных действий. Ф.Энгельс

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Чт фев 20, 2020 1:53 am

Если выложите 20+sbk.bas можно попробовать найти проблему в 20+St-rsc-97.bas

Аватара пользователя
Tasha
Сообщения: 1118
Зарегистрирован: Вт дек 27, 2005 10:04 pm

Re: Природа

Сообщение Tasha » Сб фев 22, 2020 3:46 pm

Спасибо большое! Проблему нашла. Дополнительно при ее решении решила проблему вставки псевдополтенциалов для актинидов))
Нельзя уйти от своей судьбы, - другими словами, нельзя уйти от неизбежных последствий своих собственных действий. Ф.Энгельс

Аватара пользователя
Tasha
Сообщения: 1118
Зарегистрирован: Вт дек 27, 2005 10:04 pm

Re: Природа

Сообщение Tasha » Пт май 22, 2020 2:27 pm

Проблема решена.
"Грамотная формулировка проблемы есть половина ее решения"©
Нельзя уйти от своей судьбы, - другими словами, нельзя уйти от неизбежных последствий своих собственных действий. Ф.Энгельс

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пт май 22, 2020 3:19 pm

Tasha писал(а):
Пт май 22, 2020 2:27 pm
Проблема решена.
"Грамотная формулировка проблемы есть половина ее решения"©
А расскажите как! В инете не так много мест где люди обсуждают как работает Природа и что с ней делать чтоб она работала.
В отсутствие мануала опыт каждого бесценен.

Аватара пользователя
Tasha
Сообщения: 1118
Зарегистрирован: Вт дек 27, 2005 10:04 pm

Re: Природа

Сообщение Tasha » Пт май 22, 2020 6:00 pm

Решение, как и прошлый раз пришло с заменой базиса, но остался очень интересующий меня вопрос.
Считаем химсдвиги [PtCl6]2- в двух базисах с псевдопотенциалами (почти одинаковые), получаем результаты только для базиса 2:
1) https://yadi.sk/d/mNFJZjhS-1Ljnw
2) https://yadi.sk/d/cIL77tdZHQ2XQQ
Делаем тест отдельно Pt в этих базисах:
1) https://yadi.sk/d/TkMvJc45dK3_OQ
2) https://yadi.sk/d/HZuMreQjf1k4oA
Отдельно хлор:
1) https://yadi.sk/d/o37LcP2vE44CiQ
2) https://yadi.sk/d/b2hB5shdEdfLNg
Как видно, для отдельных атомов все отлично работает, как только соединяем атомы вместе - не работает. В чем причина - мне пока не понятно.
Базис 1: https://yadi.sk/i/e4Y_HpcZSQIw5Q
Базис 2: https://yadi.sk/d/pn6D1429l3ps0g
Нельзя уйти от своей судьбы, - другими словами, нельзя уйти от неизбежных последствий своих собственных действий. Ф.Энгельс

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пт май 22, 2020 6:31 pm

Увлекательно.
Ну с хлором все хорошо, он абсолютно идентичен.
Платина имеет очень разные базисы и ЕСР, при этом sbku на 4 функции больше, а его энергия для атома заметно ниже.
В случае PtCl6 St-rsc-97 не справляется с первой электронной итерацией и выдает NAN (Not A Number).
Надеюсь это поможет кому то локализовать проблему.

Аватара пользователя
Tasha
Сообщения: 1118
Зарегистрирован: Вт дек 27, 2005 10:04 pm

Re: Природа

Сообщение Tasha » Пт май 22, 2020 6:43 pm

Мне пока непонятно, почему не справляется с первой итерацией, хотя во втором базисе все выглядит вполне достоверно.
Нельзя уйти от своей судьбы, - другими словами, нельзя уйти от неизбежных последствий своих собственных действий. Ф.Энгельс

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт май 22, 2020 8:07 pm

Коллега, бросайте вы это темное дело - считать ямр тяжелых ядер Природой. Я тоже когда-то давно пробовал (и кажется, как раз платину) - не было никакой корреляции с реальностью. А буквально вчера один наш ямр-щик попросил соединения теллура попробовать (он их пишет и считает дираком). Попробовал 3z и 3z-sbk - фигня полная. Более того так называемый эффект тяжелого атома на соседних ядрах тоже совершенно не воспроизводится. В дираке все гораздо лучше (за исключением времени счета :) ).

Аватара пользователя
Tasha
Сообщения: 1118
Зарегистрирован: Вт дек 27, 2005 10:04 pm

Re: Природа

Сообщение Tasha » Пт май 22, 2020 8:35 pm

Кстати, обратили внимание, что все атомы хлора в симметричном платинате имеют разные(!) химсдвиги?!!!!
Нельзя уйти от своей судьбы, - другими словами, нельзя уйти от неизбежных последствий своих собственных действий. Ф.Энгельс

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пт май 22, 2020 8:58 pm

Я до ЯМРа недосматривал, я пытался найти откуда начинается фигня.

KuznetsovSM
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Ср апр 04, 2018 1:13 am

Re: Природа

Сообщение KuznetsovSM » Вт ноя 03, 2020 12:03 am

Здравствуйте!

Я хочу получить спектр КР углеводородной молекулы: 142 атома, простая линейная ровная молекула, состоящая из CH групп. Работаю на кластере.
Природа начинает считать вторые производные (ANALYTIC SECOND DERIVATIVES OF SCF ENERGY), через несколько итераций останавливается и выдаёт следующее:

Код: Выделить всё

0: write file /tmp/tmp9633.11 (leAX): fd=21 buf=0x2aaaae307e80 siz=9525120,3885400 lpos=996398760
Кто-нибудь сталкивался с аналогичной ошибкой?
Что это означает и как это побороть?

Заранее огромное спасибо!

P.S. Вот входные параметры на всякий случай:

Код: Выделить всё

$system memory=9000 disk=40 $end
$control
	task=hessian
	basis=4z.bas
	print=-internals+molden
$end
$optimize
	tolerance=1e-7
	trust=0.005
	steps=5000
$end
$dft func=OLYP $end
$scf conv=1e-8 proc=bfgs $end
$grid accur=1e-9 $end

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя