Природа

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
YuraM
Сообщения: 441
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Природа

Сообщение YuraM » Чт дек 13, 2018 8:06 am

Александр, я же такой скрипт со студенами написал для оптимизации в Декартовых координатах. Растворитель можно сделать SP в той же ORCA.
Кто смел тот и съел

YuraM
Сообщения: 441
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Природа

Сообщение YuraM » Чт дек 13, 2018 8:12 am

В ORCA можно использвовать любой базис и ECP. Формат базиза вроде GAMESS US. Но - я не знаю на сколько эффективен ECP в ORCA. На самом деле были бы интересны какие-то сравнения ECP vs DKH именно в Priroda. А вообще для всяких металлических систем с открытой оболочкой я бы больше задумался о спин-орбитальных эффектах, которые могут быть очень большие и могут даже поменять относительные энергии состояний с разной мультиплетностью. Есть возможность учета этого в Priroda?
Кто смел тот и съел

YuraM
Сообщения: 441
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Природа

Сообщение YuraM » Чт дек 13, 2018 8:14 am

Я сам часто задумываюсь о таких системах - но спин-орбитальное взаимодействие меня как-то всегда останавливает. Вроде black-box можно посчитать это в ADF,
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт дек 13, 2018 9:31 am

EvgeniX писал(а):
Чт дек 13, 2018 7:45 am
Посчитать градиенты, сделать внешний оптимизатор? )))
YuraM писал(а):
Чт дек 13, 2018 8:06 am
Александр, я же такой скрипт со студенами написал для оптимизации в Декартовых координатах.
А скорость его работы по сравнению с нормальным расчетом не замеряли? Я тоже думал и чем-то таком, но боюсь, с подобными костылями исчезнет главное (для меня) преимущество Природы - скорость.
YuraM писал(а):
Чт дек 13, 2018 8:06 am
Растворитель можно сделать SP в той же ORCA.
Иногда можно. Но попробуй какую-нибудь аминокислоту в цвиттер-ионной форме. Высока вероятность, что в процессе оптимизации в вакууме протон у тебя радостно перескочит, и что толку будет считать SP.

YuraM
Сообщения: 441
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Природа

Сообщение YuraM » Чт дек 13, 2018 10:29 am

если не достаточно SP расчета континуальной моделью - значит надо применять явный растворитель, хотя бы 1-2 молекулы
оптимизировать в континуальной модели - треш как мне кажется, я вообще не в курсе насколько это правдоподобно и численно стабильно
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт дек 13, 2018 11:11 am

YuraM писал(а):
Чт дек 13, 2018 10:29 am
если не достаточно SP расчета континуальной моделью - значит надо применять явный растворитель
Вовсе не всегда. Во многих случаях и континуальная модель может сильно помочь. Например, система ион-противоион. В вакууме, скорее всего, будет ковалентная связь между ними. По простой причине - закон Кулона. Разноименные заряды притягиваются, и энергия такого взаимодействия на обычных химических расстояниях порядка 50 ккал/моль, т.е. охрененно много, всё перебарывает. В диэлектрической среде, которую предоставляет континуальная модель, эта энергия уменьшается (например, в воде - до менее чем 1 ккал, уже совсем немного).
YuraM писал(а):
Чт дек 13, 2018 10:29 am
хотя бы 1-2 молекулы оптимизировать в континуальной модели
С этим совершенно согласен! Правда добавление молекул растворителя сильно увеличивает объем расчетов (отдельный расчет становится тяжелее, но это мелочь, главное - приходится проверять все множество мест координации растворителя). Но в том то и дело, что здесь мы говорим о Природе, в которой нет континуальной модели. А без диэлектрической среды добавление 1-2 молекул растворителя не спасает от закона Кулона (хотя, конечно, его действие становится существенно мягче).

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Чт дек 13, 2018 11:35 am

amge писал(а):
Чт дек 13, 2018 11:11 am
(отдельный расчет становится тяжелее, но это мелочь, главное - приходится проверять все множество мест координации растворителя).
Ну вот это я так понимаю Лайков недавно алгоритмизировал.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт дек 14, 2018 8:30 am

По сравнению производительности Природы с Оркой люди нарыли любопытную статейку. Из неё следует, что Природа действительно в разы быстрее. И что важно, разрыв тем сильнее, чем больше система. Там еще гауссиан фигурировал, но он был без RI, поэтому безбожно отставал (сейчас не актуально).
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

YuraM
Сообщения: 441
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Природа

Сообщение YuraM » Пт дек 14, 2018 10:55 am

Изумительная статья!

Убедительная просьба к администраторам, блоггерам, модераторам данного форума! Если это возможно, удалите пожалуйста мою учетную запись с данного портала.

Заранее благодарен!
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пт дек 14, 2018 10:57 am

Там Орка 2.8, сейчас орка 4.0, авторы справедливо отмечают что
"Однако, варьируя различные параметры оптимизации (уменьшив сетку интегрирования и критерии сходимости), можно добиться практически одинакового времени расчетов для программных пакетов Priroda и Orca" - надо очень внимательно проверять точность полученного результата, потому как у них наверняка разные сетки и отсечки. И дай бог еще чтоб хоть алгоритмы их построения были одинаковыми. Природа на сетках Лебедева? Сколько радиальных и слоевых точек?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт дек 14, 2018 11:35 am

Посмотрел свой последний тест.
У природы сначала Grid: 44184 points, ближе к концу каждого SCF переключается на 292728 points.
У Орки (умолчаемый Grid) вначале Total number of grid points 29744, к концу оптимизации переключается на 115877

Т.е. дело не в том, что у Природы сетка слишком редкая.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт дек 14, 2018 11:45 am

Гесс писал(а):
Пт дек 14, 2018 10:57 am
Природа на сетках Лебедева?
Было бы странно, если бы программа Лайкова была не на сетках Лебедева-Лайкова, а на чьих-то чужих :)

Metalian
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Природа

Сообщение Metalian » Пт дек 14, 2018 5:11 pm

Рисковые люди... За такую статью ведь лишают лицензии на Гауссиан (т.к. в лицензионном соглашении запрещено публиковать любые сравнения с другими программами, а за нарушение предполагается отзыв лицензии), дальше автоматически все статьи с упоминанием Гауссиана становятся незаконными с их точки зрения, после чего гауссиановцы по своим каналам, переправив данные в Госдеп, пожизненно лишат авторов и всех их соавторов во всех статьях права въезда в США (а то и еще в ряд стран).

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пт дек 14, 2018 7:10 pm

Metalian писал(а):
Пт дек 14, 2018 5:11 pm
Рисковые люди... За такую статью ведь лишают лицензии на Гауссиан (т.к. в лицензионном соглашении запрещено публиковать любые сравнения с другими программами, а за нарушение предполагается отзыв лицензии), дальше автоматически все статьи с упоминанием Гауссиана становятся незаконными с их точки зрения, после чего гауссиановцы по своим каналам, переправив данные в Госдеп, пожизненно лишат авторов и всех их соавторов во всех статьях права въезда в США (а то и еще в ряд стран).
На своей странице гауссиан утверждает что все эти Banned by Gaussian это фигня и они такого не делают. http://gaussian.com/silly/

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пт дек 14, 2018 7:19 pm

amge писал(а):
Пт дек 14, 2018 11:35 am
Т.е. дело не в том, что у Природы сетка слишком редкая.
amge писал(а):
Пт дек 14, 2018 11:45 am
Было бы странно, если бы программа Лайкова была не на сетках Лебедева-Лайкова, а на чьих-то чужих :)
На это я особо не расчитывал, у Орки уже аномально редкая сетка по сравнению с большинством других программ https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic ... 272#p17673 и далее, причем разница в radial shells.
Но я незнал что Лайков приложил руки к созданию этих сеток (уже знаю http://www.ccl.net/cca/software/SOURCES ... v-Laikov.F)

EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Сб дек 15, 2018 8:29 am

Гесс писал(а):
Пт дек 14, 2018 7:19 pm
Но я незнал что Лайков приложил руки к созданию этих сеток (уже знаю http://www.ccl.net/cca/software/SOURCES ... v-Laikov.F)
А в орке какая сетка?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Сб дек 15, 2018 10:49 am

Radial Grid Type RadialGrid ... Gauss-Chebyshev
Angular Grid (max. acc.) AngularGrid ... Lebedev-110

EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Пн дек 17, 2018 1:08 am

YuraM писал(а):
Пт дек 14, 2018 10:55 am
Убедительная просьба к администраторам, блоггерам, модераторам данного форума! Если это возможно, удалите пожалуйста мою учетную запись с данного портала.
Аналогичная просьба. Прошу удалить мой аккаунт на кемпорте.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пн дек 17, 2018 1:42 am

А может мне ктото обьяснить что происходит?

EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Пн дек 17, 2018 6:06 am

Гесс писал(а):
Пн дек 17, 2018 1:42 am
А может мне ктото обьяснить что происходит?
Трейман. "Этот странный квантовый мир"
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя