Природа

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Вт дек 11, 2018 1:21 am

KuznetsovSM писал(а):
Чт ноя 22, 2018 1:03 am
Как исправить?
Взять версию 17, которая поддерживает распараллеливание (начиная с 16) с сайта Лайкова Д.Н.
KuznetsovSM писал(а):
Чт ноя 22, 2018 1:03 am
Вроде Природа 6 должна параллелиться...
Никому ничего она не должна. Там всё внутрь вшито, уже не исправить. Например, гессиан в 6-й версии параллелится не более, чем на 2-х ядрах, в 17 версии можно и на 4-х и больше...

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Вт дек 11, 2018 1:45 am

В деталях эти базисы наверняка знает только сам Лайков, ну возможно еще ктото из этих авторов https://arxiv.org/ftp/physics/papers/0312/0312130.pdf
а конкатенацию для того же B2 наверняка можно посмотреть если не в аутпуте то в файле базисов.
Вон в вышеприложенной статье про B2 пишут:
Atoms ----- Orbital basis set ---------- Auxiliary basis set
C,O,N ---- (17s4p1d)/[3s2p1d] --- (25s11p6d1f)/[4s3p2d1f]
---H ---------(8s1p)/[2s1p] ----------------(8s1p)/[2s1p]
что означает что это даблзета базис, число функций для "тяжелых" элементов близко к cc-pVDZ, но он явно более диффузен на водороде.
Кстати количество S на водороде действительно удивляет, наскоро пролистав bse.pnl я нашел только 6-31++G**-J с такой диффузностью - базис под одну конкретную задачу. Впрочем наверняка у Лайкова есть какая то аргументация почему это было сделано так. Рассчитывать найти про них описание на уровне cc-pvXZ серии очень оптимистично. Я бы попробовал написать письмо Лайкову.

mizuchi
Сообщения: 78
Зарегистрирован: Ср фев 23, 2011 5:10 pm

Re: Природа

Сообщение mizuchi » Вт дек 11, 2018 3:15 am

Может кто-нибудь объяснить, зачем эта природа вообще нужна? И кому, кроме самого др. Лайкова? Разве мало внятных кодов?

EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Вт дек 11, 2018 3:35 am

mizuchi писал(а):
Вт дек 11, 2018 3:15 am
Может кто-нибудь объяснить, зачем эта природа вообще нужна? И кому, кроме самого др. Лайкова? Разве мало внятных кодов?
Импортозамещение! На прогу и свидетельство о регистрации в Росреестре есть.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Вт дек 11, 2018 6:39 am

Лично я плотно подсел на Природу лет 15 назад потому что в то время она была намного быстрее всего, что мне было доступно. Тогда я считал в основном гамессом, и в природе приятно удивило, кроме скорости, нетребовательность к ресурсам и к качеству начального приближения для оптимизации геометрии.

Metalian
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Природа

Сообщение Metalian » Вт дек 11, 2018 12:27 pm

За ссылку спасибо, изучаю. Лайков сильно занят основной работой обычно, так что на письма не всегда отвечает оперативно, и, тем более, подробно.
Скажем так... Если у вас есть достаточно вычислительных мощностей, то и используйте Firefly, ORCA или NWChem. А если еще и денег, то Gaussian, Gamess UK, VASP, ADF и иже с ними.
А мы чем богаты, тем и рады. На персоналке под убунтой (пусть и в режиме 24х7 без других задач) много другими программами не посчитаешь...

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Вт дек 11, 2018 12:34 pm

На мой взгляд орка с RI на данный момент не особо отстает от Природы. Впрочем я не бенчмарчил, могу и ошибаться.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12027
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Вт дек 11, 2018 12:40 pm

mizuchi писал(а):
Вт дек 11, 2018 3:15 am
Может кто-нибудь объяснить, зачем эта природа вообще нужна? И кому, кроме самого др. Лайкова? Разве мало внятных кодов?
Ну скажем там есть лайковская полуэмпирика QM, в некоторых вопросах показывающая очень хорошие результаты (на уровне GFN2-xTB и DFTB, то есть намного лучше чем PM7 и все его предшественники).
Там таки есть irc которого кажется до сих пор нет в орке ну и так, по мелочам. Природе на мой взгляд нехватает нормального мануала и избавиться от этого дурдома с применением ri "здесь только с RI, здесь только без RI". Традиционные базисы к ней таки прицепили. Ну касательно сольватационных моделей природа идет своим собственным путем, но не мне Лайкова упрекать.

Metalian
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Природа

Сообщение Metalian » Вт дек 11, 2018 1:13 pm

Гесс писал(а):
Вт дек 11, 2018 12:40 pm
Традиционные базисы к ней таки прицепили.
А другие ECP помимо SBK для нее есть?

Metalian
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Природа

Сообщение Metalian » Вт дек 11, 2018 1:32 pm

Статью прочитал, насколько хватило моих знаний. Но совершенно не понял, в чем разница между b2u, b2un, b4s и b4sn.

Metalian
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Природа

Сообщение Metalian » Вт дек 11, 2018 4:06 pm

Да, есть ли какие-то готовые скрипты (работающие без платных программ), чтобы из взятого из https://bse.pnl.gov/bse/portal базиса с ECP получить базис для Природы?

YuraM
Сообщения: 441
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Природа

Сообщение YuraM » Ср дек 12, 2018 10:43 am

На самом деле не совсем понятно, чем не нравятся скалярно-релятивистские полноэлектронные базисы в Природе типа L1, L2. Возмоность полноэлектронных расчетов и учета скалярных релятивистских эффектов я считал одним из основных достоинств данного пакета.
Кто смел тот и съел

YuraM
Сообщения: 441
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Природа

Сообщение YuraM » Ср дек 12, 2018 10:51 am

Получить базисы для Природы наверное можно - надо только понять как записываются псевдопотенциалы, посмотреть формат записи в Природе. Дальше переписать базисы в формате Природы и получить auxiliary базисы также в формате Природы - можно их сгенерировать свободной программой ORCA. Тут вроде все сделано и описано.

http://limor1.nioch.nsc.ru/priroda.html
Кто смел тот и съел

Metalian
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Природа

Сообщение Metalian » Ср дек 12, 2018 1:10 pm

YuraM писал(а):
Ср дек 12, 2018 10:43 am
На самом деле не совсем понятно, чем не нравятся скалярно-релятивистские полноэлектронные базисы в Природе типа L1, L2.
Тем, что расчеты требуют больше машинного времени, чем в случае с ECP-базисами.
YuraM писал(а):
Ср дек 12, 2018 10:51 am
Получить базисы для Природы наверное можно - надо только понять как записываются псевдопотенциалы, посмотреть формат записи в Природе. Дальше переписать базисы в формате Природы и получить auxiliary базисы также в формате Природы - можно их сгенерировать свободной программой ORCA. Тут вроде все сделано и описано.
http://limor1.nioch.nsc.ru/priroda.html
Сгенерировать при помощи ORCA можно те базисы, что в нее зашиты, насколько я понимаю. А в нее вроде как CRENBL ECP, LANL2DZ и еще некоторые ECP-базисы не зашиты. Впрочем, ORCA я только собираюсь ставить и изучать, руки не доходят.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Ср дек 12, 2018 1:25 pm

Гесс писал(а):
Вт дек 11, 2018 12:34 pm
На мой взгляд орка с RI на данный момент не особо отстает от Природы. Впрочем я не бенчмарчил, могу и ошибаться.
Счас специально проверил оптимизацию геометрии в PBE/cc-pVDZ. Шаг оптимизации у природы раза в три быстрее.

mizuchi
Сообщения: 78
Зарегистрирован: Ср фев 23, 2011 5:10 pm

Re: Природа

Сообщение mizuchi » Ср дек 12, 2018 11:20 pm

amge писал(а):
Ср дек 12, 2018 1:25 pm
Счас специально проверил оптимизацию геометрии в PBE/cc-pVDZ. Шаг оптимизации у природы раза в три быстрее.
А что за молекула и на чём считана? Трехкратная разница -- это сильно.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт дек 13, 2018 5:32 am

Это еще, похоже, орка подтянулась. Лет 10 назад была пятикратная разница.
Молекула была C10H17NO. Считал на одном ядре, т.к. у меня никак не получается запинать мультиядерную орку (There are not enough slots available...). Но природа хорошо параллелится (у меня, правда, только в пределах одной ноды), так что на нескольких ядрах, уверен, ситуация кардинально не изменится.

Что досадно, это отсутствие в природе растворителя и DFT-D3.

EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Чт дек 13, 2018 6:29 am

amge писал(а):
Чт дек 13, 2018 5:32 am
и DFT-D3.
Оно внешней утилитой делается.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт дек 13, 2018 7:39 am

Знаю, и у меня даже скрипт есть, погоняющий эту утилиту и записывающий дисперсионную коррекцию во 2-ю строку xyz-файлов. Но это точечный расчет, а бывают случаи (к счастью, немногочисленные), когда от D3 существенно зависит геометрия.

EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Чт дек 13, 2018 7:45 am

amge писал(а):
Чт дек 13, 2018 7:39 am
Знаю, и у меня даже скрипт есть, погоняющий эту утилиту и записывающий дисперсионную коррекцию во 2-ю строку xyz-файлов. Но это точечный расчет, а бывают случаи (к счастью, немногочисленные), когда от D3 существенно зависит геометрия.
Посчитать градиенты, сделать внешний оптимизатор? )))

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей