)Скорее всего, 40 ГБ может и не хватить, я ставил так и на обычном ПК - природа написала "We need 1.5 GB of memory...". Не знаю, с чем это связано. Сейчас, к сожалению, на ПК не могу выделить больше. Но попрошу побольше места на кластере, спасибо за совет!
С этим проблем нет, если path не указано, то временные файлы создаются в той же директории, где лежит *.in файл. К слову, я попробовал и с папкой tmp - всё равно та же ошибка записи файла.
Код: Выделить всё
0: malloc( цифры ) failedВероятно с тем, что ей надо 1.5 Гб памяти, а 40 Гб диска на их наличие не влияют.KuznetsovSM писал(а): ↑Пт ноя 06, 2020 2:41 amСкорее всего, 40 ГБ может и не хватить, я ставил так и на обычном ПК - природа написала "We need 1.5 GB of memory...". Не знаю, с чем это связано.
По какой-то причине не удается зарезервировать указанный объем памяти.KuznetsovSM писал(а): ↑Пт ноя 06, 2020 2:41 amРаз уж зашла речь про это, Вы знаете, что за ошибка такая malloc failed?
malloc - это функция такая, если интересуют подробности о ней, гугл их знает.Действительно, так, но только если $TMPDIR не задана. И судя по имени /tmp/tmp9633.11 из вашего первого поста, она была задана. Но в любом случае, ни /tmp, ни текущая директория - не подходящие места на кластере для больших временных файлов. На кластере, на котором я считаю, задачка с таким инпутом тоже вылетела бы.KuznetsovSM писал(а): ↑Пт ноя 06, 2020 2:41 amесли path не указано, то временные файлы создаются в той же директории, где лежит *.in файл.
И кстати да, вы уверены, что disk=40 означает именно 40 Гигабайт? Что-то, исходя из того, что писал вам выше amge, мне сдается, что это всё же 40 Мегабайт:
Я предупреждал изначально, что с Природой дела не имею, поэтому не в курсе и могу быть неправ. Просто обратите внимание на этот момент.
https://monitor.hpc.umanitoba.ca/doc/Pr ... NCWiki.pdfdisk=%d positive: disk space in gigabytes
negative: amount of memory in megabytes to use as disk emulation
за то, что, благодаря ему, я заметил, что накосоручил настолько, что радикально покорёжился мой пост от 6 ноября.). memory=9000 disk=-14000
Столкнулась с проблемой. На дворе 2021 год, и инструкция от 2018 годе перестала работать. Операционка Win10-64.Любитель_Манниха писал(а): ↑Пн ноя 12, 2018 5:13 pmВо-первых, нужна версия Природы, которая это поддерживает.
Во-вторых, идёте качаете цыгвин:
https://cygwin.com/setup-x86_64.exe
и в установщике выбираете (там есть поиск сверху) пакет openmpi (ставите галочку), установку дефолтных пакетов не отменяете.
Цыгвин ставится. Далее цитирую EvgeniX, только из-за того, что версия openmpi будет постарше, там нет файлов cygopen-pal-13.dll cygopen-rte-12.dll а есть ...pal40 и rte-40, берёте их.
Примечание. Если у вас комп подключён через WiFi, при этом в списке устройств есть LAN-адаптер - отключите его.Для запуска параллельной 64-разрядной версии нужно скачать 64-разрядную CygWin, установить базовую поставку, плюс библиотеку OpenMPI, оттуда перекачать следующие модули (больше CygWin будет не нужен):
1) cygwin1.dll
2) cyggcc_s-seh-1.dll
3) cygmpi-12.dll
4) cygopen-pal-13.dll
5) cygopen-rte-12.dll
6) orterun.exe
cygwin1.dll нужно брать именно из поставки CygWin, т.к. версии остальных DLL работают только с ней.
Чтобы не запускать из-под терминала CygWin, нужно на директорию выше, из которой запускается ПРИРОДА создать директорию dev, а внутри поддиректории shm и mqueue. (Когда библиотеки CygWin не находят установленное окружение, они считают, что корень окружения / находится на директорию выше, чем то место, откуда происходит запуск.) Если программа лежит в системных директориях, вроде C:\Program Files, то запуск нужно вести от администратора.
Сам запуск ведётся командой вида:
orterun.exe -np 2 p.exe "C:\Work\file.in" "C:\Work\file.out"
Иначе тупой Openmpi будет вываливаться с ошибкой
"tcp_peer_send_blocking: send() to socket 12 failed: Transport endpoint is not connected (128)"
Не совсем так. В таблице с термодинамическими величинами, в числе которых и G, будут поправки к электронно-ядерной энергии (уже с учетом ZPE). Т.е. для выдачиYellow21chem писал(а): ↑Ср дек 08, 2021 8:52 pmПодскажите, пожалуйста, правильно ли я понимаю, чтобы посчитать с помощью программы Природа свободную энергию Гиббса нужно сначала задать task=oprimize, а после достижения сходимости рассчитать task=hessian - тогда программа Природа выдаст в выходном файле свободную энергию Гиббса для рассмотренной системы?
Код: Выделить всё
E = -196.328936 E0 = -196.191669
ZPVE = 0.137267 a.u. = 86.1366 kcal/mol
----------------------------------------------------------------------
T = 298.000 K ln(Q) S U H G
cal/mol*K kcal/mol kcal/mol kcal/mol
----------------------------------------------------------------------
translational 16.9514 38.6542 0.8883 1.4805 -10.0385
rotational 11.1465 25.1313 0.8883 0.8883 -6.6008
vibrational 0.6842 4.7490 87.1466 87.1466 85.7314
total 28.7821 68.5345 88.9232 89.5154 69.0921
----------------------------------------------------------------------task=optimize+hessianYellow21chem писал(а): ↑Ср дек 08, 2021 8:52 pmсначала задать task=oprimize, а после достижения сходимости рассчитать task=hessian
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 6 гостей