Природа

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Вик
Сообщения: 40
Зарегистрирован: Чт апр 21, 2005 7:43 am
Контактная информация:

Природа

Сообщение Вик » Пт фев 13, 2009 2:52 am

Здравствуйте,

Хотелось бы узнать о ограничениях на максимальное количество атомов и базисных функций в программе. Есть ли у кого-нибудь эти данные ?
Также был бы благодарен, если подскажите линк, по которой можно скачать сие чудо.
No Pains, No Gains.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт фев 13, 2009 11:49 am

Вик писал(а):Хотелось бы узнать о ограничениях на максимальное количество атомов и базисных функций в программе. Есть ли у кого-нибудь эти данные ?
Насколько я знаю, ограничений нет (кроме оперативки и др. hardware, конечно).

Насчет скачать. Хотя программа и выложена автором в свободном доступе, обычно у него спрашивают разрешения, он и скажет, откуда скачать. Почтовый адрес Д. Лайкова laikov@physto.se

buraten
Сообщения: 148
Зарегистрирован: Ср апр 04, 2007 4:12 pm

Re: Природа

Сообщение buraten » Пт фев 13, 2009 12:20 pm

Код: Выделить всё

http://www.physto.se/~laikov/p/

Вик
Сообщения: 40
Зарегистрирован: Чт апр 21, 2005 7:43 am
Контактная информация:

Re: Природа

Сообщение Вик » Сб фев 14, 2009 1:15 am

Спасибо большое !
No Pains, No Gains.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2579
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Природа

Сообщение Droog_Andrey » Сб фев 14, 2009 11:24 pm

А как обстоят дела с симметрией? Учитывается ли симметрия системы в расчётах, как определить симметрии орбиталей и т.д.? В документации по этому поводу ничего не нашёл...
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Вс фев 15, 2009 3:13 pm

Droog_Andrey писал(а):А как обстоят дела с симметрией? Учитывается ли симметрия системы в расчётах, как определить симметрии орбиталей и т.д.? В документации по этому поводу ничего не нашёл...
К сожалению, нет. Все в С1. По моему, это главный недостаток "Природы". И вовсе не потому, что с учетом симметрии расчет быстрее. Он и так быстр (самое тяжелое, что мне приходилось считать (~70 углеродов, ~1700 базисных фенкций) -- несколько часов для оптимизации геометрии на однопроцессорном компьютере; гессиан таких молекул дольше, но в ночь укладывается, что тоже терпимо, если речь не идет о поиске переходных состояний, где эти гессианы нужно считать много раз. Отсутствие возможности наложить симметрию является недостатком прежде всего потому что эта возможность была бы чрезвычайно полезна для поиска переходных состояний.
Другой значимый для меня недостаток -- отсутствие многих интересных функционалов.
Базисов тоже немного, но это, как раз, ничего страшного, как мне кажется. Потому что стандартные природовские базисы серии L (аналоги cc-pVnZ) очень немаленькие, и за счет этого покрывается их возможное несовершенство (если оно есть).

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Природа

Сообщение VTur » Чт фев 26, 2009 9:34 pm

Пробежал глазами диссертацию Лайкова. Он придумал что-то среднее между неэмпирическими расчетами и полуэмпирическим. Часть обменных интегралов не рассчитывается (четырехцентровые), другая часть оценивается рекурентными формулами. Кулоновские и трехцентровые интегралы для удаленных ядер или зануляются или вычисляются с помощью мультипольного разложения. Из-за этого такая быстрота. За это пришлось заплатить перепараметризацией базисов - подгонять гауссовы базисы к своей программе (стандартные не идут). И не всякий функционал подойдет к таким расчетам.
Еще интересно, как будут рассчитываться молекулы с сопряжением - там же долгоиграющие эффекты.
Для работы с этой программой надо набивать руку - смотреть какие функционалы подходят и какие молекулы ей можно считать.
После отстоя требуйте долива

EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Чт фев 26, 2009 9:50 pm

VTur писал(а):Пробежал глазами диссертацию Лайкова. Он придумал что-то среднее между неэмпирическими расчетами и полуэмпирическим. Часть обменных интегралов не рассчитывается (четырехцентровые), другая часть оценивается рекурентными формулами. Кулоновские и трехцентровые интегралы для удаленных ядер или зануляются или вычисляются с помощью мультипольного разложения. Из-за этого такая быстрота. За это пришлось заплатить перепараметризацией базисов - подгонять гауссовы базисы к своей программе (стандартные не идут). И не всякий функционал подойдет к таким расчетам.
Еще интересно, как будут рассчитываться молекулы с сопряжением - там же долгоиграющие эффекты.
Для работы с этой программой надо набивать руку - смотреть какие функционалы подходят и какие молекулы ей можно считать.
Эта программа и MP2 умеет считать. Активно использую. :-)
Правда по времени вроде как от гауссиана сильно не отличается (специально не сравнивал).

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2579
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Природа

Сообщение Droog_Andrey » Чт фев 26, 2009 10:03 pm

VTur писал(а):Еще интересно, как будут рассчитываться молекулы с сопряжением - там же долгоиграющие эффекты.
Гмгмгм. То есть если у меня делокализация на полторы сотни атомов - Природа не покатит?
2^74207281-1 is prime!

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Природа

Сообщение VTur » Чт фев 26, 2009 10:52 pm

EvgeniX писал(а):Эта программа и MP2 умеет считать. Активно использую. :-)
Правда по времени вроде как от гауссиана сильно не отличается (специально не сравнивал).
А какая ей разница, способ расчета интегралов от способа учета поправок не зависит.
Гмгмгм писал(а): То есть если у меня делокализация на полторы сотни атомов - Природа не покатит?
Вот и хотелось бы проверить. Но если делокализация слабая и в межъядерном пространстве нет серьезного накопления электронной плотности, то пройдет. Опять же подбирайте функционалы по похожим молекулам.
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2579
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Природа

Сообщение Droog_Andrey » Чт фев 26, 2009 10:59 pm

То-то и оно, что в межъядерном...

Впрочем, скоро (через недельку) выложу результаты обсчёта Гауссианом... можно будет пересчитать Природой и сравнить...
2^74207281-1 is prime!

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Природа

Сообщение VTur » Чт фев 26, 2009 11:02 pm

А могли бы EvgeniX и amge выложить работающие наборы метод/базис и типы молекул, на которых они работают? Возможно, какие-то будут похожи на Ваши.
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2579
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Природа

Сообщение Droog_Andrey » Чт фев 26, 2009 11:13 pm

У меня - большие боргидридные кластеры...
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт фев 27, 2009 6:41 am

Droog_Andrey писал(а):Впрочем, скоро (через недельку) выложу результаты обсчёта Гауссианом... можно будет пересчитать Природой и сравнить...
Может, лучше сравнить оба расчета с экспериментом? (Хотя понимаю, что это не путь истинного квантового химика :D )

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт фев 27, 2009 10:22 am

VTur писал(а):А могли бы EvgeniX и amge выложить работающие наборы метод/базис и типы молекул, на которых они работают?
У меня -- функционал PBE, базисы L1, 3z, L2 (в пределах этих базисов результат почти одинаков).

Объекты -- углеводороды и карбокатионы (самые разнообразные). Считаются от "отлично" до "хорошо" (геометрия, ППЭ, ЯМР, ИК). На некоторых легких моделях сравнивал с B3LYP/6311++G** и МP2/6311++G**, результат PBE/3z где-то между ними (ППЭ).

Пробовал моделировать полимеризацию этилена на цирконоцене (ППЭ) -- выглядит так же, как и в классических расчетных работах (после этого по крайней мере разобрался, что такое back и front insertion, alpha-agostic H, а то на картинках в журналах ничего не понятно :D ).

Еще немного считал N-оксиды (ППЭ, ЯМР) -- "удовлетворительно", фторированные карбокатионы (ЯМР) -- "плохо". Коллеги пробовали считать "Природой" фторированные катион и анион-радикалы (ППЭ) -- не понравилось, азотистые гетероциклы (ЯМР) -- довольны. Больше не вспомнил у нас каких-либо систематических проверок на совпадение с экспериментом, хотя отдельных случаев -- не перечислить.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2579
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Природа

Сообщение Droog_Andrey » Пт фев 27, 2009 12:19 pm

amge писал(а):
Droog_Andrey писал(а):Впрочем, скоро (через недельку) выложу результаты обсчёта Гауссианом... можно будет пересчитать Природой и сравнить...
Может, лучше сравнить оба расчета с экспериментом? (Хотя понимаю, что это не путь истинного квантового химика :D )
В том-то и дело, что экспериментально они не получены пока. По поводу одного из них я контачил с Крисом Ридом (Chris Reed) - он подтвердил отсутствие экспериментальных данных. Два остальных, хоть и больше, должны, по идее, легче сшиваться. Потом подробнее о них расскажу :-)
2^74207281-1 is prime!

EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Пт фев 27, 2009 12:25 pm

VTur писал(а):А могли бы EvgeniX и amge выложить работающие наборы метод/базис и типы молекул, на которых они работают? Возможно, какие-то будут похожи на Ваши.
В ПРИРОДе (да и вроде в других программах) все DFT-функционалы занижают энергии мостиковых связей (вроде C-Al-C, H-Al-H, Zr-H-Al, Zr-Cl-Al и подобные). MP2/L2 вроде хорошо воспроизводит экспериментальные значения.

Расчётные значения ЯМР 13C для циклопентадиенильных колец (и их производных) в металлоценах получается выше на 3-7 м.д. (в среднем, как говорил выше amge, примерно 5 м.д.); ЯМР 1H ~ 0.1 м.д.

Для карбокатионов с бромом DFT-функционалы не смогли оптимизировать кое-какие структуры, зато оптимизировали каких нет (но тут и Gaussian то же самое выдал с B3LYP). MP2/L1 хорошо справился, дал энергетические характеристики практически такие же как MP2/L2

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1830
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт фев 27, 2009 1:35 pm

EvgeniX писал(а):Расчётные значения ЯМР 13C для циклопентадиенильных колец (и их производных) в металлоценах получается выше на 3-7 м.д. (в среднем, как говорил выше amge, примерно 5 м.д.); ЯМР 1H ~ 0.1 м.д.
У меня, кстати, тоже ароматические углероды стабильно на 5-7 м.д. завышены, другие меньше, но тоже завышены (если отсчиваться от ТМС). В конце концов я просто от сигмы ТМС вычел 5 м.д., и стало гораздо лучше :D

P.S. Кстати, EvgeniX, а что с qchem.ru, не знаете?

EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Пт фев 27, 2009 4:32 pm

amge писал(а):P.S. Кстати, EvgeniX, а что с qchem.ru, не знаете?
Сайт переезжает с одного хостинга на другой. В ближайшее время заработает.

_Andrey_
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Чт фев 19, 2009 6:35 pm

Re: Природа

Сообщение _Andrey_ » Пт фев 27, 2009 4:58 pm

Здравствуйте!
Подскажите, пожалуйста, а как запускать оптимизацию молекул (только не смейтесь громко :oops: )?
buraten писал(а):Код:
http://www.physto.se/~laikov/p/
Оттуда все скачал, положил в одну папку (c:/priroda), запустил с командной строки:
p6.exe H2OHOH.df.b1.in H2OHOH.df.b1.out
а в файле .out мне и пишет:
node 0: 'god1'

System options:
Memory: 128 (128) MB
Disk: 1 GB '/tmp'

0: opening file /tmp/tmp2960.0

Что я не так делаю?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя