Выбор оптимального базиса и метода расчета.

[N_A_B]

Уважаемые граждане-товарищи.
Подскажите по такому вопросу.
Интересует рассчет биологических систем таких как комплексы полипептид-углевод, полипептид-металл-углевод.
Реально взять такую систему можно только QMMM, где почти весь белок- описан молекулярно-механически, а ab inicio-лишь один-два аминокислотных остатка+ углевод(+катион металла).
С выбором силового поля дело обстоит еще более-или-менее понятно.
А вот как мне выбрать подходящий базис и метод расчета?
Сейчас пробую считать B3LYP/6-311(3p,3d,f).
Как я понимаю- если в КМ части молекулы будут заряженные группы- стоит добавить диффузные орбитали?

Как результат такого расчета- меня интересует геометрия комплекса и энергия такого взаимодействия.
Слышал о варианте, когда 1 часть системы задается ММ, вторая- КМ на низком уровне теории(или полуэмперически) и небольшая часть системы на высоком уровне теории. Есть ли программы, поддерживающие такое?
В данный момент использую PC GAMESS, разбивая систему на 2 части- ММ и КМ.

И последнее- а в явном виде вручную можно ли для каждого атома расписать базис? В таком случае предыдущий вопрос отпадает сам по себе. Если да- посоветуйте, как, желательно на примере PC GAMESS.

С уважением- Николай.

[Yurii]

...И последнее- а в явном виде вручную можно ли для каждого атома расписать базис?

Можно - читайте help. Не получится - найду старый расчет и пришлю.



_________________________________
Шакал - умный и хитрый хищник.

[N_A_B]

Хм..

..И последнее- а в явном виде вручную можно ли для каждого атома расписать базис?

Не совсем корректно задал вопрос. Что в явном виде базис можно задать- в примерх видно( те, что с PC GAMESS идут).
Вопрос в другом- можно ли задать базис для части атомов в группе $BASIS
для остальных- вручную.

В любом случае- если Вас не затруднит- выложите, пожалуйста, input-файл к подобному рассчету.
Заранее спасибо.

[Marxist]

Напишите Немухину.

[amge]

а в явном виде вручную можно ли для каждого атома расписать базис?

Не знаю как PC GAMESS, а обычный GAMESS в результате расчета создает файл с расширением .dat, в котором повторяет группу $data с базисом для каждого атома. Вот как он выглядит для 6G311**+ (кажется) (привожу только по одному CH):

Код: Выделить всё

 $DATA  
                                                                                
C1       0
C           6.0     -0.0277513100     -1.6874480900     -0.2148909700
   N311    6
   L       1
     1              0.0438000000  1.00000000  1.00000000
   D       1
     1              0.6260000000  1.00000000
        
H           1.0      2.8805433800      1.4599156500     -1.4557713000
   N311    6
        
 $END 

[helicase]

Напишите Немухину.

думаю, хороший совет, он как раз занимался (ется) моделированием биологических систем с помощью QМ/ММ

[Yurii]

Хм..

..И последнее- а в явном виде вручную можно ли для каждого атома расписать базис?

Не совсем корректно задал вопрос. Что в явном виде базис можно задать- в примерх видно( те, что с PC GAMESS идут).
Вопрос в другом- можно ли задать базис для части атомов в группе $BASIS
для остальных- вручную.

В любом случае- если Вас не затруднит- выложите, пожалуйста, input-файл к подобному рассчету.
Заранее спасибо.

Я работаю с исходным кодом gamess'а (см. тему "Сравнение gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов.") и участков кода, реализующих Ваше предположение, не встречал. Думаю, что не имеет смысла теперь выкладывать input-файл (информация о файле .dat уже выложена).


_________________________________
Шакал - умный и хитрый хищник.

[N_A_B]

За помощь с базисом- спасибо.

В PC GAMESS выходной файл имеет разрешение .gms

Нужный отрывок- это, как понимаю:
ATOMIC BASIS SET
----------------
THE CONTRACTED PRIMITIVE FUNCTIONS HAVE BEEN UNNORMALIZED
THE CONTRACTED BASIS FUNCTIONS ARE NOW NORMALIZED TO UNITY

SHELL TYPE PRIM EXPONENT CONTRACTION COEFFICIENTS

C1

1 S 1 172.256000 2.093132 ( 0.061767)
1 S 2 25.910900 2.936751 ( 0.358794)
1 S 3 5.533350 1.801737 ( 0.700713)

2 L 4 3.664980 -0.747384 ( -0.395897) 1.709178 ( 0.236460)
2 L 5 0.770545 0.712661 ( 1.215840) 0.885622 ( 0.860619)

3 L 6 0.195857 0.209828 ( 1.000000) 0.185722 ( 1.000000)

Теперь разобрался.

Про Немухина- знаю..читал его статьи.. ну ОЧЕНЬ интересно.. подход довольно оригинальный..но.. он где то сверху и далеко..а я тут.

Он использует Tinker и PC GAMESS. Качественно-я понял как он сопрягает результаты этих программ, а вот так, что бы самому такое сделать..

[Marxist]

Про Немухина- знаю..читал его статьи.. ну ОЧЕНЬ интересно.. подход довольно оригинальный..но.. он где то сверху и далеко..а я тут.

Он использует Tinker и PC GAMESS. Качественно-я понял как он сопрягает результаты этих программ, а вот так, что бы самому такое сделать..

Послушайте, неужели Вам действительно кажется, что это сложно и недоступно? Зря. Он Вас перенаправит к какому-нибудь человеку, который знает всё в подробностях и расскажет.

[N_A_B]

Тогда подскажи-как с ним связаться?

Читал статью
A QM/MM approach with effective fragment potentials applied to the dipeptide-water structurs.

Писал одному из авторов этой статьи(среди них есть и Немухин)
- А.В. Боченковой.. она ничего не ответила.

[helicase]

anem(гав)lcc.chem.msu.ru
nemukhin(гав)ncisgi.ncifcrf.gov

helicase, поправил адреса, чтоб хороших людей лишний раз спамеры не доставали . amik

[N_A_B]

Спасибо.
Послезавтра поползу к науч руку..будем письмо писать...

[N_A_B]

Давно уже написал..
А ответа нет..
эх..
То ли написали не то..то ли - я прав был..