[кристаллография] Утилиты для работы с разупорядоченными .cif файлами

[Vit Nhoc]

Добрый день коллеги, просьба протестировать новую версию Chemcraft, в которую добавлены фичи для работы с разупорядоченными .cif файлами:

https://chemcraftprog.com/files/Chemcra ... _win64.zip

Наверно пока эти фичи скорее временные, им не хватает “концептуальности” и я буду ещё это всё переделывать; но мне для этого нужно понять, какие вообще бывают разупорядоченные кристаллы. В любом случае уже в нынешнем варианты фичи могут быть полезны. Сейчас Chemcraft читает из .cif файлов блоки _atom_site_occupancy и _atom_site_disorder_group, их можно отобразить как надписи на атомах.
Если в файле есть группы разупорядочения (_atom_site_disorder_group), Chemcraft может построить несколько структур по каждой из групп.
Часто по заселённостям (_atom_site_occupancy) легко восстановить группы разупорядочения, например у одной группы заселённость всегда 0.36, у второй всегда 0.64. По этому принципу Chemcraft может добавить сам себе блок _atom_site_disorder_group и далее можно нарисовать отдельные структуры. Кроме того, вы можете вручную покликать на атомы и добавить надписи вроде “1”, “2” и так далее (если выделить несколько атомов, опция “Edit/Operations with all selected atoms/Set the captions…” позволяет разом придать им единую надпись), и по этим надписям программа опять же распознает группы разупорядочения, по которым сможет построить отдельные структуры.