*.SDF или *.MOL форматы для очень больших молекул, (больше 999 атомов или связей)

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
chemigor
Сообщения: 563
Зарегистрирован: Вс июн 21, 2015 5:29 pm
Контактная информация:

*.SDF или *.MOL форматы для очень больших молекул, (больше 999 атомов или связей)

Сообщение chemigor » Ср окт 28, 2020 5:58 pm

Добрый день,

есть очень распространенные форматы представления геометрии молекул *.SDF или *.MOL (*.SDF - обобщение *.MOL). Описание ним есть например тут: http://www.nonlinear.com/progenesis/sdf ... dance.aspx

У меня совсем глупый вопрос, подскажите, пожалуйста, кто знает, а как этот формат записывается в случае с большими молекулами, где число атомов или число связей нельзя представить трехзначным числом?

Спасибо!

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 2997
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: *.SDF или *.MOL форматы для очень больших молекул, (больше 999 атомов или связей)

Сообщение Ahha » Ср окт 28, 2020 8:22 pm

Не знаю, насколько это именно то, что вас интересует, но вот. SDF и MOL созданы бабелью из PDB. Правда, с ними есть проблема: их не открывает молден. Но MarvinSpace открывает прекрасно. Исходный PDB открывается и тем, и другим.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

chemigor
Сообщения: 563
Зарегистрирован: Вс июн 21, 2015 5:29 pm
Контактная информация:

Re: *.SDF или *.MOL форматы для очень больших молекул, (больше 999 атомов или связей)

Сообщение chemigor » Чт окт 29, 2020 12:54 am

Спасибо большое!!! Вы очень классно приаттачили пример правильного SDF, и я по содержимому понял, что есть старый (V20) и новый (V30) форматы, и в новом формате число атомов можно задать любое.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей